相关申请
本申请要求2022年9月29日提交的美国临时申请号63/411,222的优先权。前述申请的全部内容,包括任何附图和序列表,均通过引用明确并入本文。
联合研究协议
开发了本文披露的主题内容,并且所要求保护的发明由联合研究协议(JRA)的一方或多方或代表该联合研究协议(JRA)的一方或多方在35U.S.C.§100(h)和37C.F.R.§1.9(e)的含义内作出,该协议在该要求保护的发明的有效申请日当日或之前已生效。所述JRA的一方或多方包括肽梦公司(PeptiDream,Inc.)(神奈川县,日本)和瑞泽生物科技公司(RayzeBio,Inc.)(圣地亚哥市,加利福尼亚州,美国)。所要求保护的发明是在所述联合研究协议范围内开展活动的成果。
技术领域
本技术涉及与Eph受体酪氨酸激酶A2(EphA2)结合的肽以及涉及包含此类肽的组合物。本发明还包括包含所述肽的缀合物(所述肽与一个或多个效应子和/或官能团缀合)、任何物质例如药物组合物缀合(所述药物组合物包含所述肽配体和物质缀合物)、以及所述肽配体和物质缀合物在预防、抑制或治疗以病变组织中(例如当EphA2过度表达时的肿瘤中)EphA2过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍中的用途。
背景信息
Eph受体A2(肝配蛋白A型受体2;EphA2)是受体型酪氨酸激酶的成员。肝配蛋白A(EphA2的配体)是膜蛋白,因此已知细胞间相互作用是经由EphA2传递信号所必需的。已知EphA2相关信号在细胞增殖或分化中起着重要作用。此外,EphA2被认为是重要的癌症相关蛋白之一;EphA2在人肿瘤细胞中的一些中过度表达,并且使用抗EphA2抗体降低EphA2表达水平导致癌细胞增殖(JP 2010246546)。因此,与EphA2结合的抗体有望成为针对癌症的药物组分。此外,预计包括抗EphA2抗体和抗癌药物的抗体-药物缀合物将成为针对癌症的药物组分,例如Medimmune(英商梅迪缪思公司(MedImmune LLC))。然而,此类抗体-药物缀合物(ADC)尚未进入医药市场。
近年来,药物缀合肽(PDC)被认为是一种解决方案。由于肽的特性(插入PD的科学论文),肽,尤其是环状肽,将弥补ADC的弱点,并成为ADC的可替代药物组分。
因此,它有可能成为针对与EphA2过度表达或表达减少相关的疾病的药物组分。另外地,使用与EphA2结合/对EphA2具有亲合力的肽(EphA2结合肽)以靶向并转运对EphA2具有药理作用的对象,例如低分子量化合物、中分子量化合物、高分子量化合物、肽、蛋白质、抗体和核酸。
使用EphA2结合肽,可以例如通过测量经荧光标记的或带荧光标签的肽与EphA2的结合来确认EphA2表达的分布和量。此外,可以通过使用EphA2结合肽来确定配体对EphA2的亲和力,或配体对不同种类EphA2的亲和力。
因此,新型EphA2结合肽和包含该EphA2结合肽的组合物既有用又是期望的。
发明内容
本文所述的发明尤其提供了与EphA2(特别是人EphA2)结合的肽(例如,环状肽);其接头附接肽;其缀合物;其试剂盒(例如,用于在通过确定EphA2的表达水平来诊断以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的方法中使用的试剂盒);包含此类EphA2结合肽或其缀合物的组合物(例如,药物组合物);及其使用方法。
本文所述的本发明的具体的、非限制性的和说明性的方面和实施例在下文中提供为编号为实施例。如本文所用,“(环)肽”是指“肽,例如环状肽”。
1.一种(环)肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽包含氨基酸序列,该氨基酸序列包括以下中的一个或几个(例如,1-6个)氨基酸的缺失、取代和/或添加:SEQ ID NO:1的氨基酸序列
da-MeF-N-L-Hgl-MeF-W1Me-V-W1Me-T-E-C(SEQ ID NO:1)
或其药学上可接受的盐,其中该(环)肽由10至12个氨基酸残基组成。
2.如实施例1所述的(环)肽,其中选自由以下组成的组的1-5个氨基酸被缺失:SEQID NO:1的第3位N、第4位L、第6位MeF、第10位T和第11位E,任选地没有另外的添加和/或取代。
3.如实施例1或2所述的(环)肽,其中添加一个至几个(例如,1、2、3、4或5个)氨基酸。
4.如实施例1至3中任一项所述的(环)肽,其中选自以下的一个或多个氨基酸残基被取代:第2位MeF、第6位MeF、第8位V和第11位E。
5.如实施例1至4中任一项所述的(环)肽,其中该肽包含氨基酸序列,该氨基酸序列在氨基酸SEQ ID NO:1中缺失2个或更少氨基酸,任选地没有另外的添加和/或取代。
6.如实施例5所述的(环)肽,其中选自由以下组成的组的1-2个氨基酸被缺失:SEQID NO:1的第10位T和第11位E,任选地没有另外的添加和/或取代。
7.一种(环)肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽包含式(I)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是氨基酸;
X2是包含芳香族环的氨基酸、其N-甲基化氨基酸、或其变体;
X3是亲水性氨基酸(例如N、Q、Cit、K或其变体)、甘氨酸(G)、丙氨酸(A)或其变体(例如,da、2-氨基异丁酸(Aib));
X4是疏水性氨基酸(例如,亮氨酸(L))、亲水性氨基酸(例如,瓜氨酸(Cit))或其变体;
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是亲水性氨基酸、包含芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X7是包含芳香族环的氨基酸(例如,W、F、或其变体);
X8是疏水性氨基酸、亲水性氨基酸、N-甲基化氨基酸、或其变体;
X9是包含芳香族环的氨基酸(例如,W或其变体);
X10不存在或是亲水性氨基酸(例如,苏氨酸(T)或其变体);
X11不存在或是亲水性氨基酸;并且
X12是半胱氨酸(C)或其变体。
8.如实施例7所述的(环)肽,其中X3是亲水性氨基酸。
9.如实施例8所述的(环)肽,其中X3是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,K或其变体)、包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、N、或其变体)、或G、A或其变体。
10.如实施例7-9中任一项所述的(环)肽,其中X4是疏水性氨基酸。
11.如实施例10所述的(环)肽,其中X4是包含疏水性侧链的氨基酸(例如,L)、包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Cit或其变体)。
12.如实施例7-11中任一项所述的(环)肽,其中X5是亲水性氨基酸。
13.如实施例12所述的(环)肽,其中X5是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,E、Hgl、D、或其变体)或包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、Hgn、N、或其变体)。
14.如实施例7-13中任一项所述的(环)肽,其中X6是亲水性氨基酸。
15.如实施例14所述的(环)肽,其中X6是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,E、Hgl、D、或其变体)或包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、Hgn、N或其变体)。
16.如实施例7-15中任一项所述的(环)肽,其中X11是亲水性氨基酸。
17.如实施例16所述的(环)肽,其中X11是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,E、Hgl、D、R、hArg、K或其变体)或包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、Hgn、N、或其变体)。
18.如实施例1-17中任一项所述的(环)肽,其中该肽具有式(I)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
X1是氨基酸;
X2是F、或其变体,该变体将F的未取代苯基环用以下取代:
(i)被各自独立地选自以下的1或2个取代基取代的苯基环:-OH、-CN、-C1-3烷基(例如,-CH3),或
(ii)任选地被各自独立地选自以下的1或2个取代基取代的6元杂芳基环:-OH、-CN、-C1-3烷基(例如,-CH3),
其中该F或其结构变体任选地被N-甲基化;
X3是亲水性氨基酸(例如N、Q、Cit、K或其变体)、G、Aib、Hgn、Ala、或其变体(例如,da);
X4是疏水性氨基酸(例如,在包含直链、支链或环状碳链的侧链中具有4个或更多个碳原子的氨基酸),并且其中X4任选地被N-甲基化(例如,Cit或其变体);
X5是氨基酸(例如,亲水性氨基酸;Dab、Dap、R、E或其变体;或带有官能侧链的氨基酸(例如,非甘氨酸));
X6是其N-甲基化氨基酸;
X7是W、Y、或其变体(例如,具有6元芳基或杂芳基、或者通过碳(例如,亚甲基基团)与α-碳连接的9元或10元双环芳基或杂芳基的氨基酸,其中该6元、9元和10元杂芳基具有一个杂原子(例如,N),并且其中该6元、9元和10元芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1或2个取代基取代:–CH3、-乙基、-Cl和-F);
X8是在α-氨基基团上带有–H的氨基酸;
X9是W或Y或其变体;(例如,W或其变体);
X10是不存在、或极性氨基酸(例如,T或其变体);
X11是不存在、或氨基酸(例如,亲水性氨基酸;Dab、Dap、R、E或其变体;或带有官能侧链的氨基酸(例如,非甘氨酸));并且
X12是C或其变体。
19.如实施例1至18中任一项所述的(环)肽,其中该肽具有式(Ia)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X12
式(Ia)
其中,
X1是氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是包含芳香族环的氨基酸、其N-甲基化氨基酸、或其变体;
X3是亲水性氨基酸(例如,N、Q、Cit、K或其变体)、G、A、或其变体(例如,da、Aib);X4是疏水性氨基酸、或亲水性氨基酸(例如,Cit或其变体);
X5是亲水性氨基酸(例如,Dab、Dap、R、E、Q、D、K)或其变体;
X6是亲水性氨基酸、包含芳香族环的氨基酸(例如,W、或F、或其变体)或其N-甲基化氨基酸;
X7是包含芳香族环的氨基酸(例如,W、F、或其变体);
X8是疏水性氨基酸、亲水性氨基酸、或N-甲基化氨基酸;
X9是包含芳香族环的氨基酸(例如,W、F或其变体);并且
X12是C或其变体。
20.如实施例1至18中任一项所述的(环)肽,其中该肽具有根据式(I)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是包含芳香族环的氨基酸、其N-甲基化氨基酸、或其变体;
X3是亲水性氨基酸(例如,N、Q、Cit、K或其变体)、G、A、或其变体(例如,da、Aib);
X4是疏水性氨基酸、或亲水性氨基酸(例如,Cit或其变体);
X5是亲水性氨基酸(例如,Dab、Dap、R、E、Q、D、K)或其变体;
X6是亲水性氨基酸、包含芳香族环的氨基酸(例如,W、或F、或其变体)或其N-甲基化氨基酸;
X7是包含芳香族环的氨基酸(例如,W、F、或其变体);
X8是疏水性氨基酸、亲水性氨基酸、或N-甲基化氨基酸;
X9是包含芳香族环的氨基酸(例如,W、F或其变体);
X10是亲水性氨基酸(例如,T、S、N、Q、K、Cit、或其变体);
X11是亲水性氨基酸;并且
X12是C或其变体。
21.如实施例1至20中任一项所述的(环)肽,其中
X1是氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是F、Y、W、其变体、或其N-甲基化氨基酸;
X3是N、Q、Cit、G、Aib、K、A、或其变体;
X4是G、A、Cit、或其变体(例如,被直链或支链C1-5烷基取代的G、被C3-7环烷基取代的G、或被C3-7环烷基取代的A);
X5是亲水性L-氨基酸,其中该L-氨基酸包含选自以下的官能团:-NH2、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2和-NHC(O)CH3;
X6是亲水性氨基酸,F、Y、W、其N-甲基化氨基酸、或其变体,其中该亲水性氨基酸包含选自以下的官能团:-C(O)OH、-C(O)NH2和-NHC(O)CH3;
X7是F、W或其变体;X8是被一个或两个直链或支链C1-5烷基取代的G、被C3-7环烷基取代的G、被C3-7环烷基取代的A、或亲水性L-氨基酸,其中该亲水性L-氨基酸包含-NH2、一个或多个-OH、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3;或该亲水性氨基酸包含两性离子;
X9是F、W、或其变体;
X10是不存在、Q、S、K、Cit、N、T、或其变体(例如,任选地被直链或支链C1-5烷基取代的Q、S、K、Cit、N或T)或包含-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3的L-氨基酸;
X11是不存在、E、Q、R、Cit、K、D或N、或其变体;并且
X12是C或其变体。
22.如实施例1至21中任一项所述的(环)肽,其中该肽具有根据式(I)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是da、df3CON、dkCOpipzaa、dahp、dDab-NH2-Ph3-SO2F、dDap-NH2-Ph3-SO2F、dDap-NH2-Ph4-SO2F、dCit、Aib、G、正缬氨酸、正亮氨酸、d4PyCON或dhAla;
X2是MeF、Me3Py、MeF3CON、MeF3F、Me4Py或MeY(Me);
X3是不存在、N、Q、Cit、G、Aib、Hgn、hCit、norCit、LysAc、OrnAc、Ala或da;
X4是L、Cbg、Chg、Cba、Cha、Ahx、Dahp、Cit、I、V、正亮氨酸或正缬氨酸;
X5是Hgl、Hgn、Dab、Dap、DabAc、DapAc、R、hArg、E或D;
X6是不存在、MeF、MeE、Me3Py、Me4Py、MeF4F、MeF4F、MeF4C或MeY;
X7是W1Me、W1Me7Cl、W1Me7N、W、F、7-AzaTrp、W7Me、W1Et、W1Me7Br、W1Me7OMe或W1Me6O7Cl;
X8是V、KCOpipzaa、N、Cit、Q还原葡糖胺(Qglucamine)、hCit、K、KAc、Aib、Alb、DapAc、OrnAc、A、T、alT、正亮氨酸、正缬氨酸、Hgl、E、Hgn、Q、I或L;
X9是W1Me、W1Me7Cl、W1Me7N、F23dMe、W1Et、W7Me、W、F或7-AzaTrp;
X10是不存在、T、Q、S、Hgn、α-甲基丝氨酸、hSer、hThr、N、OrnAc、LysAc、Cit或hCit;
X11是不存在、E、Hgn、R、hArg、Cit、hCit、Hgl、Orn、D、N、Q、DapAc、OrnAc、DabAc、norCit;并且
X12是C、hCys、CdMe、C3RMe、C3SMe、硒代半胱氨酸、dc或青霉胺。
23.如实施例18-22中任一所述的(环)肽,其中
X7是W1Me或其变体;并且
X9是W1Me或其变体。
24.如实施例18-23中任一所述的(环)肽,其中
X7是W1Me、W1MeCl、W1MeBr、Nal1、Nal2、W1Et、3Bzf、3Bzt、F23dC、W1Me7N或F23dMe;
X8是V、KCOpipzaa、N、Cit、hCit、KAc、DapAc、OrnAc、A、T、alT、Aib、Alb、Q还原葡糖胺、Hgl、Q、E、Hgn或K;并且
X9是W1Me、Nal1、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal18N、F23dMe或F23dC。
25.如实施例1至17中任一项所述的(环)肽,其中该肽包含根据式(I)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是任何氨基酸,
X2是具有芳香族环的氨基酸或其变体,
X3是N,
X4是疏水性氨基酸或其变体;
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸;
X7是W或其变体;
X8是V或亲水性氨基酸或其变体,
X9是W或其变体;
X10是T或其变体;
X11是亲水性氨基酸;
X12是C或其变体(例如C)。
26.如实施例1至17中任一项所述的(环)肽,其中该肽具有根据式(Ia)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X12
式(Ia)
其中,
X1是任何氨基酸;
X2是具有芳香族环的氨基酸或其变体;
X3是N或其变体;
X4是疏水性氨基酸或其变体,
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸;
X7是W或其变体;
X8是亲水性氨基酸或其变体,
X9是W或其变体;并且
X12是C或其变体。
27.一种(环)肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽由以下组成:式(I)的序列,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
或其药学上可接受的盐,
其中
X1、X2、X3、X4、X5、X6和X8中的每一个独立地是氨基酸;
X7是W1Me或其变体;
X9是W1Me或其变体;
X10和X11中的每一个独立地不存在或是氨基酸;并且
X12是半胱氨酸(C)或其变体;以及,
任选地,将该肽与有效载荷分子连接的接头。
28.如实施例7-27中任一项所述的(环)肽,其中该氨基酸的变体选自具有基于该氨基酸的一个、两个或三个取代基的氨基酸,并且其中这些取代基独立地选自卤素、-CN、-NH2、-NH(C1-C3烷基)、-N(C1-C3烷基)2、氧代、-OH、-CO2H、-CO2-C1-C3烷基、-C(=O)NH2、-C(=O)NH(C1-C3烷基)、-C(=O)N(C1-C3烷基)2、-S(=O)2NH2、-S(=O)2NH(C1-C3烷基)、-S(=O)2N(C1-C3烷基)2、C1-C6烷基、C1-C6杂烷基、C1-C6烷氧基、C6-C10芳基、C3-C6环烷基、6-10元杂环烷基和6-10元杂芳基。
29.如实施例28所述的(环)肽,其中该变体选自具有基于该氨基酸的一个或两个取代基的氨基酸,并且其中这些取代基独立地选自卤素、-CN、-NH2、-NH(C1-C3烷基)、-N(C1-C3烷基)2、氧代、-OH、-CO2H、-CO2-C1-C3烷基、-C(=O)NH2、-C(=O)NH(C1-C3烷基)、-C(=O)N(C1-C3烷基)2和C1-C6烷基。
30.如实施例7-29中任一项所述的(环)肽,其中该变体选自与参考氨基酸相比具有类似亲水性或疏水性的氨基酸。
31.如实施例7-29中任一项所述的(环)肽,其中该变体选自具有与参考氨基酸相同的官能团的氨基酸,并且其中该变体与参考氨基酸相比具有不同的侧链长度。
32.如实施例7-31中任一项所述的(环)肽,其中该变体与参考氨基酸相比具有变化不超过14、28、30、45或60g/mol的分子量。
33.一种(环)肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽具有式(I)的氨基酸序列,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是任何D-或L-氨基酸;
X2具有
环A2是苯基或6元杂芳基(例如,具有1或2个N的杂芳基);
RX2各自独立地是卤素、-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基或杂环烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基、杂烷基、烯基、炔基、环烷基或杂环烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
kx2是0、1、2或3;
mx2是0、1、2、3或4;
RNX2是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
*X1表示与X1的附接点;以及,
*X3表示与X3的附接点;
X3具有
kx3是0、1、2或3;
NX3是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
RX3是H、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基;
*X2表示与X2的附接点;以及,
*X4表示与X4的附接点;
X4是疏水性氨基酸(例如,在包含直链、支链或环状碳链的侧链中具有4个或更多个碳原子的氨基酸),并且其中X4任选地被C1-3烷基基团N-烷基化;
X5是亲水性L-氨基酸,例如具有
RNX5是H、-CN、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基或杂烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
RX5是-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=NRb)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基或杂烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
条件是RNX5和RX5中的至少一个包含选自以下的部分:-OH、-NH2和-NH-(例如,-NH-C(=NH)-NH2、-CO-NH2、-NH2、-COOH、-C(OH)-C0-6烷基、-NH-CO-C1-6烷基);
*X4表示与X4的附接点;以及,
*X6表示与X6的附接点;
X6是
RNX6是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
RX6是-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=NRb)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
*X5表示与X5的附接点;以及,
*X7表示与X7的附接点;
X7具有
RNX7是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
环A7是芳基或杂芳基;
RX7各自独立地是卤素、-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2-halogen、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基或杂环烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基、杂烷基、烯基、炔基、环烷基或杂环烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
kx7是0、1、2或3;
mx7是0、1、2、3、4或5;
*X6表示与X6的附接点;以及,
*X8表示与X8的附接点;
X8是在α-氨基基团上带有-H的L-氨基酸;
X9具有
RNX9是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
环A9是芳基或杂芳基;
RX9各自独立地是卤素、-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基或杂环烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基、杂烷基、烯基、炔基、环烷基或杂环烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
kx9是0、1、2或3;
mx9是0、1、2、3、4或5;
*X8表示与X8的附接点;以及,
*XC表示与(i)X10或(i)当X10和X11均不存在时X12的附接点;
X10不存在或是L-氨基酸;
X11不存在或是L-氨基酸;条件是,当X10不存在时,那么X11也不存在;并且
X12是具有反应性硫醇基团的L-氨基酸,例如Cys及Cys变体;
每个Ra独立地是C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、C1-C6烷基(环烷基)、C1-C6烷基(杂环烷基)、C1-C6烷基(芳基)或C1-C6烷基(杂芳基);其中每个烷基、烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基独立地任选地被一个或多个R取代;
每个Rb独立地是氢、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、C1-C6烷基(环烷基)、C1-C6烷基(杂环烷基)、C1-C6烷基(芳基)、或C1-C6烷基(杂芳基);其中每个烷基、烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基独立地任选地被一个或多个R取代;
每个Rc和Rd独立地是氢、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、C1-C6烷基(环烷基)、C1-C6烷基(杂环烷基)、C1-C6烷基(芳基)或C1-C6烷基(杂芳基);其中每个烷基、烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基独立地任选地被一个或多个R取代;
或者Rc和Rd与它们所附接的原子一起形成任选地被一个或多个R取代的杂环烷基;并且
每个R和RXA独立地是卤素、-CN、-OH、-OC1-C6烷基、SF5、-S(=O)C1-C6烷基、-S(=O)2C1-C6烷基、-S(=O)2NH2、-S(=O)2-卤素、-S(=O)2NHC1-C6烷基、-S(=O)2N(C1-C6烷基)2、-NH2、-NHC1-C6烷基、-N(C1-C6烷基)2、-NRbC(=NRb)NRcRd、-NHC(=O)OC1-C6烷基、-C(=O)C1-C6烷基、-C(=O)OH、-C(=O)OC1-C6烷基、-C(=O)NH2、-C(=O)N(C1-C6烷基)2、-C(=O)NHC1-C6烷基、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基;
任选地,该肽通过接头连接至有效载荷分子。
34.如实施例33所述的(环)肽,其中环A7是6元芳基或杂芳基、或9元或10元双环芳基或杂芳基,其中该6元、9元或10元杂芳基具有选自N、O和S的一个杂原子。
35.如实施例33或34所述的(环)肽,其中RNX7是H。
36.如实施例33至35中任一项所述的(环)肽,其中每个RX7独立地选自-CH3、-乙基、-Cl和-F,并且mx7是0、1或2。
37.如实施例33所述的(环)肽,其中X7是W1Me、Nal1、Nal2、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal15N、Nal14N、Nal24N、Nal28N、F23dMe、F23dC、W1Me7N或W1Me7Cl。
38.如实施例37所述的(环)肽,其中X7是W1Me、F23dMe或W1Me7Cl。
39.如实施例33至38中任一项所述的(环)肽,其中X9是
40.如实施例33至39中任一项所述的(环)肽,其中
41.如实施例33至40中任一项所述的(环)肽,其中RX9各自独立地是卤素、-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-SH、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基。
42.如实施例33至38中任一项所述的(环)肽,其中X9是W1Me、W、Nal1、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal14N、Nal18N、F23dMe、F23dC、或W1Et。
43.如实施例42所述的(环)肽,其中X9是W1Me或F23dMe。
44.如实施例33至43中任一项所述的(环)肽,其中环A2是含有1或2个N的6元杂芳基。
45.如实施例33至44中任一项所述的(环)肽,其中RX5是C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、-C0-6亚烷基-NH-C(=NH)-NH2、-C0-6亚烷基-CO-NH2、-C0-6亚烷基-COOH或-NH-CO-C1-6烷基。
46.如实施例27-33中任一所述的(环)肽,其中
X7是W1Me、W1MeCl、W1MeBr、Nal1、Nal2、W1Et、3Bzf、3Bzt、F23dC、W1Me7N或F23dMe;
X8是V、KCOpipzaa、Hse、N、Cit、hCit、KAc、DapAc、OrnAc、T、alT、Aib、Alb、Q还原葡糖胺、Hgl、E、Hgn、MeF、3Py6NH2、W1Me、A、Q或K;并且
X9是W1Me、Nal1、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal18N、F23dMe或F23dC。
47.如实施例24或46所述的(环)肽,其中
X7是W1Me;
X8是V;并且,
X9是W1Me。
48.如实施例1-47中任一项所述的(环)肽,其中该肽或其药学上可接受的盐具有环状结构,其中第一个氨基酸(或X1)与最后一个氨基酸(或X12)共价连接。
49.如实施例1-48中任一项所述的(环)肽,其中该肽或其药学上可接受的盐具有环状结构,该环状结构具有在第一个残基X1处的氨基酸和半胱氨酸残基或其变体,并且其中该在X1处的氨基酸与该半胱氨酸残基或其变体形成共价键。
50.如实施例1-49中任一项的(环)肽,其中该肽具有单环结构。
51.如实施例50所述的(环)肽,其中该氨基酸X1与半胱氨酸或其变体形成共价键。
52.如实施例1-51中任一项所述的(环)肽,其中该肽具有式(I-1)的结构,
其中
R1选自由以下组成的组:NH2和OH;
R2选自由以下组成的组:H或C1-3烷基;
R3选自由以下组成的组:H或C1-3烷基;
其中X1至X11具有式(I)中所述的定义。
53.如实施例52所述的(环)肽或其药学上可接受的盐,其中该具有式(I-1)的肽具有式(I-2)的结构,
54.如实施例1-53中任一项所述的(环)肽,其中该肽或其盐包含与选自SEQ IDNO:1-171的序列至少95%同一的氨基酸序列,或与选自SEQ ID NO:1-171的序列中的任一个相比通过保守变体具有多达1、2、3、4或5个取代的序列。
55.如实施例1-54中任一项所述的(环)肽,其中该肽或其盐(a)由选自SEQ ID NO:1-171的氨基酸序列组成;或(b)不是SEQ ID NO:1。
56.如实施例55所述的(环)肽,其中该肽由选自SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的氨基酸序列组成,并且该肽具有环状结构,该环状结构在第12位残基处具有半胱氨酸残基或其变体,并且其中在X1处的氨基酸(例如,氯乙酰化氨基酸)与在第12位残基处的半胱氨酸残基或其变体形成共价键(例如,通过将X1氨基酸中的氯乙酰基基团与半胱氨酸残基或其变体反应)。
57.如实施例55所述的(环)肽,其中该肽由选自SEQ ID NO:123-149和164的氨基酸序列组成,并且该肽具有环状结构,该环状结构在第10位残基处具有半胱氨酸残基或其变体,并且其中在X1处的氨基酸(例如,氯乙酰化氨基酸)与在第10位残基处的半胱氨酸残基或其变体形成共价键。
58.如实施例1-57中任一项所述的(环)肽,其中如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,该肽具有至多100nM的对人EphA2的结合亲和力。
59.如实施例58所述的(环)肽,其中如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,该肽具有至多1nM的对人EphA2的结合亲和力。
60.如实施例1-59中任一项所述的(环)肽,其中该肽与该EphA2的配体结合结构域(LBD)结构域结合。
61.如实施例1-60中任一项所述的(环)肽,其中该肽与人EphA2在选自以下的一个或多个氨基酸残基处相互作用:Asp53、Met55、Asn57、Met59、Met66、Thr101、Arg103、Phe156、Glu157、Arg159、Val161、Val189和Ala190。
62.如实施例1-61中任一项的(环)肽,其中该肽与人EphA2在Asp53和Glu157处相互作用。
63.如实施例1-62中任一项所述的(环)肽,其中该肽具有如在37℃下在人血浆中体外确定的至少50、100、150、200、250、300、350、400、450或500分钟的血浆半衰期(T1/2)。
64.如实施例63所述的(环)肽,其中该肽具有如在37℃下在人血浆中体外确定的至少250分钟的血浆半衰期(T1/2)。
65.如实施例1-64中任一项所述的(环)肽,其与接头共价连接,该接头连接该肽与有效载荷分子。
66.如实施例65所述的(环)肽,其中该接头经由该肽的非末端氨基酸残基与该肽附接。
67.如实施例66所述的(环)肽,其中该接头与第5位氨基酸残基或X5附接。
68.如实施例66所述的(环)肽,其中该接头与第8位氨基酸残基或X8附接。
69.如实施例66所述的(环)肽,其中该接头与第11位氨基酸残基或X11附接。
70.如实施例65至69中任一项所述的(环)肽,其中接头与该肽的赖氨酸附接。
71.如实施例65至70中任一项所述的(环)肽,其中该接头经由该肽的N末端与该肽附接。
72.如实施例65至70中任一项所述的(环)肽,其中该接头经由该肽的C末端与该肽附接。
73.如实施例65至72中任一项所述的(环)肽,其中该接头是键。
74.如实施例65至72中任一项所述的(环)肽,其中该接头包含在该有效载荷分子和该肽之间的3至30个间隔原子。
75.如实施例65至72中任一项所述的(环)肽,其中该接头包含在该有效载荷分子和该肽之间的6至18个间隔原子。
76.如实施例74或75所述的(环)肽,其中这些间隔原子包含1至6个氮和0至4个氧。
77.如实施例65-72和74-76中任一项所述的(环)肽,其中该接头包含一个或多个氨基酸残基。
78.如实施例77所述的(环)肽,其中该接头包含选自赖氨酸残基、丙氨酸残基或苯丙氨酸残基的一个或多个氨基酸。
79.如实施例65-72和74-78中任一项所述的(环)肽,其中该接头包含选自以下的一个或多个结构:AEEA、AEEP、AEEEP和AEEEEP。
80.如实施例65-72中任一项所述的(环)肽,其中该接头具有式(II-1)的结构
其中每个L独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、=CH-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-CRL=N-、-N=CRL、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C3-C15环烷基、取代的或未取代的C1-C12杂环烷基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、取代的或未取代的C2-C30亚烯基、取代的或未取代的C2-C30亚炔基、取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基、-(C1-C30亚烷基)-O-、-O-(C1-C30亚烷基)-、-(C1-C30亚烷基)-NRL-、-NRL-(C1-C30亚烷基)-、-(C1-C30亚烷基)-N(RL)2-或-N(RL)2-(C1-C30亚烷基)-;并且
每个RL独立地是氢、取代的或未取代的C1-C4烷基、取代的或未取代的C1-C4杂烷基、取代的或未取代的C2-C6烯基、取代的或未取代的C2-C5炔基、取代的或未取代的C3-C8环烷基、取代的或未取代的C2-C7杂环烷基、取代的或未取代的芳基、或取代的或未取代的杂芳基;并且
n是1至20。
81.如实施例80所述的(环)肽,其中该接头包含式(II-1a)的结构,
其中L1和L3中的每一个独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-CH=CH-、=CH-、-C≡C-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-或-S(=O)2NRLC(=O)-;并且
L2是不存在、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。
82.如实施例81所述的(环)肽,其中L1是-NH-。
83.如实施例81或82所述的(环)肽,其中L2是取代的或未取代的C1-C30亚烷基、或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。
84.如实施例81或82所述的(环)肽,其中L2是取代的或未取代的C1-C18亚烷基、或取代的或未取代的C1-C18亚杂烷基。
85.如实施例81至84中任一项所述的(环)肽,其中L2任选地被选自以下的一个或多个取代基取代:-OH、-SH、氧代、氨基、C1-C6烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6氨基烷基、-C(=O)ORL、-OC(=O)RL、-OC(=O)ORL、-C(=O)N(RL)2、-NRLC(=O)RL、-OC(=O)N(RL)2和-NRLC(=O)ORL;并且该C1-C6烷基进一步任选地被选自以下的一个或多个取代基取代:-OH、-SH、氧代、氨基、C6-C10芳基、6元至10元杂芳基、-C(=O)ORL、-OC(=O)RL、-OC(=O)ORL、-C(=O)N(RL)2、-NRLC(=O)RL、-OC(=O)N(RL)2和-NRLC(=O)ORL。
86.如实施例81-85中任一项所述的(环)肽,其中L3是-NH-。
87.如实施例81所述的(环)肽,其中该接头具有以下的结构:
88.如实施例81所述的(环)肽,其中该接头具有以下的结构
89.如实施例1-88中任一项所述的(环)肽,其中该肽是具有式(I)的肽,并且其中当该肽与该人EphA2结合时,氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Phe156小于
90.如实施例89所述的(环)肽,其中氨基酸残基X7位于距Phe156小于
91.如实施例89所述的(环)肽,其中氨基酸残基X7位于距Phe156小于
92.如实施例1-91中任一项所述的(环)肽,其中该肽是具有式(I)的肽,并且其中当该肽与该人EphA2结合时,氨基酸残基X9位于距该人EphA2的Phe156小于
93.如实施例92所述的(环)肽,其中氨基酸残基X9位于距Phe156小于
94.如实施例93所述的(环)肽,其中氨基酸残基X9位于距Phe156小于
95.如实施例1-94中任一项所述的(环)肽,其中该肽是具有式(I)的肽,并且其中当该肽与该人EphA2结合时,氨基酸残基X8位于距该人EphA2的Phe156小于
96.如实施例89至95中任一项所述的(环)肽,其中该人EphA2包含SEQ ID NO:276或SEQ ID NO:277的序列。
97.一种(环)肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,并且与具有包括以下中一个或几个氨基酸的缺失、取代或添加的氨基酸序列的肽竞争结合人EphA2:SEQ IDNO:1的氨基酸
da-MeF-N-L-Hgl-MeF-W1Me-V-W1Me-T-E-C(SEQ ID NO:1)
或其药学上可接受的盐。
98.一种(环)肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽与具有式(I)的结构的肽或其药学上可接受的盐竞争结合人EphA2,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是氨基酸;
X2是包含芳香族环的氨基酸、其N-甲基化氨基酸、或其变体;
X3是亲水性氨基酸(例如N、Q、Cit、K或其变体)、甘氨酸(G)、丙氨酸(A)或其变体(例如,da、2-氨基异丁酸(Aib));
X4是疏水性氨基酸(例如,亮氨酸(L))、亲水性氨基酸(例如,瓜氨酸(Cit))或其变体;
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是亲水性氨基酸、包含芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X7是包含芳香族环的氨基酸(例如,W、F、或其变体);
X8是疏水性氨基酸、亲水性氨基酸、N-甲基化氨基酸、或其变体;
X9是包含芳香族环的氨基酸(例如,W或其变体);
X10不存在或是亲水性氨基酸(例如,苏氨酸(T)或其变体);
X11不存在或是亲水性氨基酸;并且
X12是半胱氨酸(C)或其变体。
99.一种(环)肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽由以下组成:式(I)的序列,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
或其药学上可接受的盐,
其中
X1、X2、X3、X4、X5、X6和X8中的每一个独立地是氨基酸;
X7是W1Me或其变体;
X9是W1Me或其变体;
X10和X11中的每一个独立地不存在或是氨基酸;并且
X12是半胱氨酸(C)或其变体;并且,
其中该肽任选地通过接头连接至有效载荷分子。
100.如实施例97至99中任一项所述的(环)肽,其中该肽在选自以下的一个或多个氨基酸残基处竞争结合人EphA2:Asp53、Met55、Asn57、Met59、Met66、Thr101、Arg103、Phe156、Glu157、Arg159、Val161、Val189和Ala190。
101.如实施例100所述的(环)肽,其中该肽在选自以下的一个或多个氨基酸残基处竞争结合人EphA2:Asp53、Phe156和Glu157。
102.如实施例97至101中任一项所述的(环)肽,其中该人EphA2包含SEQ ID NO:276或SEQ ID NO:277的序列。
103.一种药物组合物,其包含如实施例1-102中任一项所述的肽或其盐、以及药学上可接受的赋形剂或载剂。
104.一种缀合物,其包含如前述实施例中任一项所述的肽或其盐、和物质,其中该物质选自由以下组成的组:核苷酸、小分子、中等尺寸的分子(例如,具有约1,000-2,500Da的M.W.)、大尺寸的分子(例如,具有>2,500Da的M.W.)、聚合物化合物、蛋白质、肽、标签、生物片段、包括药物化合物的载剂、或其组合。
105.一种治疗以EphA2的过度表达为特征的疾病或障碍的方法,该方法包括向受试者施用如实施例1-102中任一项所述的肽或其盐、如实施例103所述的缀合物或如实施例104所述的药物组合物。
106.如实施例105所述的方法,其中该疾病或障碍是癌症。
107.如实施例106所述的方法,其中该癌症选自胶质母细胞瘤、前列腺癌、肺癌、乳腺癌、胃癌、卵巢癌、膀胱癌、结肠癌、食管癌、多发性骨髓瘤和纤维肉瘤。
108.如权利要求106所述的方法,其中该癌症是非小细胞肺癌(NSCLC)。
109.如实施例106所述的方法,其中该癌症是三阴性乳腺癌。
110.一种用于确定样品中EphA2表达水平的试剂盒、测试剂或组合物,其中该试剂盒、测试剂或组合物包含如实施例1-102中任一项所述的肽或其盐、如实施例103所述的缀合物或如实施例104所述的药物组合物。
111.如实施例110所述的试剂盒、测试剂或组合物,其适用于在诊断以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的方法中使用。
112.如实施例110或111所述的试剂盒、测试剂或组合物,其中该样品来自患有以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的受试者。
113.如前述权利要求中任一项所述的肽或其盐在制造药物中的用途,该药物用于诊断和/或治疗以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍。
114.如前述实施例中任一项所述的肽或其盐,用于在诊断和/或治疗以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍中使用。
在一些实施例中,本技术的肽是分离的肽。
在一些实施例中,本技术的肽是纯化的肽。
然而,在本披露的所有方面,该物质或有效载荷分子排除任何放射性材料。被排除的物质的实例如下:放射性同位素、放射性药物或任何具有放射性组分的化合物。在本披露的所有方面中,该物质进一步排除用于放射性同位素缀合的任何螯合剂,无论该螯合剂直接与肽连接还是经由接头与肽连接。因此,本文所述的复合物、缀合物或PDC不涵盖含有用于放射性同位素缀合的螯合剂的任何化合物,并且不涵盖放射性同位素。
由于本技术的肽具有与EphA2结合的能力,因此该肽有可能靶向并转运对EphA2具有药理作用的化合物,例如低分子量化合物、中分子量化合物、高分子量化合物、肽、蛋白质、抗体和核酸。
在结合附图阅读以下对具体实施例的描述后,本披露的其他方面和特征对于本领域普通技术人员将变得显而易见。
附图说明
本披露中描述的实施例所有特征并不相互排斥,并且可以相互组合。例如,一个实施例的要素可以用于另一个实施例,无需进一步说明。以下参考附图对特定实施例进行详细描述,在这些附图中:
图1示出了本披露的示例性PDC,其中
图2示出了本发明大环状肽I的通用合成方案A。
图3示出了本发明大环状肽II的通用合成方案B。
图4示出了本发明大环状肽III的通用合成方案C。
图5示出了PDC_EphA2-00007196-C004(SEQ ID NO:224)的合成方案。
图6示出了PDC_EphA2-00007196-C010(SEQ ID NO:231)的合成方案。图6披露了作为SEQ ID NO:279的“bA-MeG-MeG-MeG-MeG-MeG-MeG-MeG-MeG-MeG-MeG”。
具体实施方式
应当理解,以下的一般描述和详细描述均仅是说明性和描述性的,并不限制本申请的本技术。在本说明书中,除非另有说明,否则单数形式也包括复数形式。在本说明书中,除非另有说明,“或(或者)”表示“和/或(并且/或者)”。此外,除非另有说明,否则术语例如“要素”或“组分”涵盖包括一个单元的要素和组分以及包括两个或更多个子单元的要素和组分两者。
本说明书中使用的标题仅是为了结构的目的,并且一定不能被解释为限制所述的主题内容。本申请中引用的文件的全部或文件的部分,包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍和论文,均明确地通过引用以来自本说明书中所讨论的文件中的部分或整体并入。
这里通过端点表述的数值范围旨在包括该范围内包含的所有数字(例如,1至5的叙述包括1、1.5、2、2.75、3、3.80、4、4.32和5)。
当在本文和附带的权利要求中使用时,单数形式“一个/种(a/an)”以及“该(the)”包括复数指代物,除非上下文明确地指示其他的情况。因此,例如,提及“一种药剂”时包括多种此类药剂,并且提及“该细胞”时包括提及一个或多个细胞(或多个细胞)和本领域技术人员已知的其等价表述,等等。当本文将范围用于物理特性(例如分子量)或化学特性(例如化学式)时,旨在包括范围的所有组合和子组合及其中的特定实施例。
术语“约(about)”或“大约(approximately)”可是指由本领域普通技术人员确定的特定值在可接受的误差范围之内,这将部分地取决于该值是怎样测定或确定的,即,受到测量系统的限制。例如,按照本领域的实践,“约”可以意指在1个或多于1个标准偏差范围内。可替代地,“约”可以意指给定值的高达20%、高达15%、高达10%、高达5%或高达1%的范围。可替代地,特别是对于生物学系统和方法,该术语可以意思是在某个值的一个数量级内,在5倍内或在2倍内。
术语“包含(comprising)”(以及相关术语,例如“包含(comprise)”或“包含(comprises)”或“具有”或“包括”)应以开放、包括性含义解释,即解释为“包括但不限于”。术语“包含(comprising)”(以及相关术语,例如“包含(comprise)”或“包含(comprises)”或“具有”或“包括”)并非旨在排除在其他某些实施例中,例如本文所述的任何物质组合物、组合物、方法或工艺等的实施例中“由所述特征组成”或“基本上由所述特征组成”的情况。
“氨基”指–NH2游离基。
“氰基”指-CN游离基。
“硝基”指-NO2游离基。
“氧代”指=O游离基。
“亚氨基”指=N-H游离基。
“肟基”指=N-OH游离基。
“肼基”指=N-NH2游离基。
“羟基”指-OH游离基。
“羟基氨基”指-NH-OH游离基。
“酰基”是指取代的或未取代的烷基羰基、取代的或未取代的烯基羰基、取代的或未取代的炔基羰基、取代的或未取代的环烷基羰基、取代的或未取代的杂环烷基羰基、取代的或未取代的芳基羰基、取代的或未取代的杂芳基羰基、酰胺或酯,其中该羰基基团的羰基原子是附接点。除非说明书中另有明确说明,否则烷基羰基基团、烯基羰基基团、炔基羰基基团、环烷基羰基基团、酰胺基或酯基任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。
“烷基”指任选取代的直链或任选取代的支链饱和烃单价游离基。烷基基团可以具有一至约二十个碳原子、一至约十个碳原子或一至六个碳原子。实例包括但不限于甲基、乙基、正丙基、异丙基、2-甲基-1-丙基、2-甲基-2-丙基、2-甲基-1-丁基、3-甲基-1-丁基、2-甲基-3-丁基、2,2-二甲基-1-丙基、2-甲基-1-戊基、3-甲基-1-戊基、4-甲基-1-戊基、2-甲基-2-戊基、3-甲基-2-戊基、4-甲基-2-戊基、2,2-二甲基-1-丁基、3,3-二甲基-1-丁基、2-乙基-1-丁基、正丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、正戊基、异戊基、新戊基、叔戊基和己基,以及更长的烷基基团,例如庚基、辛基等。每当在此出现时,数值范围例如“C1-C6烷基”意指烷基基团由1个碳原子、2个碳原子、3个碳原子、4个碳原子、5个碳原子或6个碳原子组成,但是本定义还涵盖没有指定数值范围的术语“烷基”的出现。在一些实施例中,烷基是C1-C10烷基、C1-C9烷基、C1-C8烷基、C1-C7烷基、C1-C6烷基、C1-C5烷基、C1-C4烷基、C1-C3烷基、C1-C2烷基或C1烷基。除非说明书中另有明确说明,否则烷基基团任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,烷基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2、-NO2或-C≡CH取代。在一些实施例中,烷基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,烷基任选地被卤素取代。
“亚烷基”是指直链或支链的二价烃链。除非说明书中另有明确说明,否则亚烷基基团可任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,亚烷基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。在一些实施例中,亚烷基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,亚烷基任选地被卤素取代。在一些实施例中,亚烷基是-CH2-、-CH2CH2-、-CH2CH2CH2-或-CH2CH(CH3)CH2-。在一些实施例中,亚烷基是-CH2-。在一些实施例中,亚烷基是-CH2CH2-。在一些实施例中,亚烷基是-CH2CH2CH2-。
“烯基”是指任选取代的直链或任选取代的支链烃单价游离基,其具有一个或多个碳碳双键。在一些实施例中,烯基基团具有二至约十个碳原子,或二至约六个碳原子。该基团在一个或多个双键周围可呈顺式或反式构型,并且应理解为包括两种异构体。实例包括但不限于乙烯基(-CH=CH2)、1-丙烯基(-CH2CH=CH2)、异丙烯基[-C(CH3)=CH2]、丁烯基、1,3-丁二烯基等。每当在本文中出现时,数值范围例如“C2-C6烯基”意指烯基基团可以由2个碳原子、3个碳原子、4个碳原子、5个碳原子或6个碳原子组成,但是本定义还涵盖没有指定数值范围的术语“烯基”的出现。在一些实施例中,烯基是C2-C10烯基、C2-C9烯基、C2-C8烯基、C2-C7烯基、C2-C6烯基、C2-C5烯基、C2-C4烯基、C2-C3烯基或C2烯基。除非说明书中另有明确说明,否则烯基基团任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,烯基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。在一些实施例中,烯基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,烯基任选被卤素取代。
术语“亚烯基”或“亚烯基链”是指任选取代的直链或支链二价烃链,其中存在至少一个碳碳双键,将分子的其余部分与游离基基团连接。在一些实施例中,亚烯基是–CH=CH-、-CH2CH=CH-或–CH=CHCH2-。在一些实施例中,亚烯基是–CH=CH-。在一些实施例中,亚烯基是–CH2CH=CH-。在一些实施例中,亚烯基是–CH=CHCH2-。
“炔基”是指任选取代的直链或任选取代的支链烃单价游离基,其具有一个或多个碳碳三键。在一些实施例中,炔基基团具有二至约十个碳原子,更优选二至约六个碳原子。实例包括但不限于乙炔基、2-丙炔基、2-丁炔基、1,3-丁二炔基等。每当在本文中出现时,数值范围例如“C2-C6炔基”意指炔基基团可以由2个碳原子、3个碳原子、4个碳原子、5个碳原子或6个碳原子组成,但是本定义还涵盖没有指定数值范围的术语“炔基”的出现。在一些实施例中,炔基是C2-C10炔基、C2-C9炔基、C2-C8炔基、C2-C7炔基、C2-C6炔基、C2-C5炔基、C2-C4炔基、C2-C3炔基或C2炔基。除非说明书中另有明确说明,否则炔基基团任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,炔基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。在一些实施例中,炔基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,炔基任选被卤素取代。术语“亚炔基”是指任选取代的直链或任选取代的支链二价烃,其具有一个或多个碳碳三键。
“烷基氨基”是指具有式-N(Ra)2的游离基,其中Ra是如所定义的烷基游离基,或者两个Ra与氮原子一起可形成取代的或未取代的C2-C7杂环烷基环。除非说明书中另有明确说明,否则烷基氨基基团可任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,烷基氨基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。在一些实施例中,烷基氨基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,烷基氨基任选被卤素取代。
“烷氧基”是指具有式-ORa的游离基,其中Ra是如所定义的烷基游离基。除非说明书中另有明确说明,否则烷氧基基团可任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,烷氧基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。在一些实施例中,烷氧基任选地被氧代、卤素、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,烷氧基任选被卤素取代。
“氨基烷基”是指被一个或多个胺取代的如上文所定义的烷基游离基。在一些实施例中,烷基被一个胺取代。在一些实施例中,烷基被一个、两个或三个胺取代。羟基烷基包括例如氨基甲基、氨基乙基、氨基丙基、氨基丁基或氨基戊基。在一些实施例中,羟基烷基是氨基甲基。
术语“芳基”是指包含至少一个芳香族环的游离基,其中形成环的原子中的每一个均是碳原子。芳基基团可任选被取代。芳基基团的实例包括但不限于苯基和萘基。在一些实施例中,芳基是苯基。取决于结构,芳基基团可以是单价游离基或二价游离基(即,亚芳基基团)。除非说明书中另有明确说明,否则术语“芳基”或前缀“芳(ar-)”(例如“芳烷基”)旨在包括任选取代的芳基游离基。在一些实施例中,芳基基团包括本文定义的部分还原环烷基基团(例如,1,2-二氢萘)。在一些实施例中,芳基基团包括本文定义的完全还原环烷基基团(例如,1,2,3,4-四氢萘)。当芳基包含环烷基基团时,该芳基通过芳香族环碳原子与分子的其余部分键合。芳基游离基可以是单环或多环(例如,双环、三环或四环)的环系统,其可包括稠合、螺或桥接环系统。除非说明书中另有明确说明,否则芳基可任选地被取代,例如,被卤素、氨基、烷基氨基、氨基烷基、腈、硝基、羟基、烷基、烯基、炔基、卤代烷基、杂烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基、-S(O)2NH-C1-C6烷基等取代。在一些实施例中,芳基任选地被以下取代:卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2、-NO2、-S(O)2NH2、-S(O)2NHCH3、-S(O)2NHCH2CH3、-S(O)2NHCH(CH3)2、-S(O)2N(CH3)2或-S(O)2NHC(CH3)3。在一些实施例中,芳基任选地被卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,芳基任选地被卤素取代。在一些实施例中,芳基被烷基、烯基、炔基、卤代烷基或杂烷基取代,其中每个烷基、烯基、炔基、卤代烷基、杂烷基独立地是未取代的,或被卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。
术语“环烷基”是指单环或多环非芳香族游离基,其中形成环的原子中的每一个(即,骨架原子)均为碳原子。在一些实施例中,环烷基是饱和的或部分不饱和的。在一些实施例中,环烷基是螺环或桥接化合物。在一些实施例中,环烷基与芳香族环稠合(在这种情况下,环烷基通过非芳香族环碳原子键合)。环烷基基团包括具有3至10环原子的基团。代表性环烷基包括但不限于具有三至十个碳原子、三至八个碳原子、三至六个碳原子或三至五个碳原子的环烷基。单环环烷基游离基包括例如环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基和环辛基。在一些实施例中,单环环烷基是环戊基。在一些实施例中,单环环烷基是环戊烯基或环己烯基。在一些实施例中,单环环烷基是环戊烯基。多环游离基包括例如金刚烷基、1,2-二氢萘基、1,4-二氢萘基、四氢萘基(tetrainyl)、十氢萘基(decalinyl)、3,4-二氢萘基-1(2H)-酮、螺[2.2]戊基、降冰片基和双[1.1.1]戊基。除非说明书中另有明确说明,否则环烷基基团可以是任选取代的。代表性环烷基包括但不限于具有三至十五个碳原子的环烷基(C3-C15环烷基)、三至十个碳原子的环烷基(C3-C10环烷基)、三至八个碳原子的环烷基(C3-C8环烷基)、三至六个碳原子的环烷基(C3-C6环烷基)、三至五个碳原子的环烷基(C3-C5环烷基)或三至四个碳原子的环烷基(C3-C4环烷基)。在一些实施例中,环烷基是3至6元环烷基。在一些实施例中,环烷基是5至6元环烷基。单环环烷基包括例如环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基和环辛基。多环环烷基或碳环包括例如金刚烷基、降冰片基、十氢萘基、双环[3.3.0]辛烷、双环[4.3.0]壬烷、顺式十氢萘、反式十氢萘、双环[2.1.1]己烷、双环[2.2.1]庚烷、双环[2.2.2]辛烷、双环[3.2.2]壬烷、和双环[3.3.2]癸烷及7,7-二甲基-双环[2.2.1]庚烷基。部分饱和环烷基包括例如环戊烯基、环己烯基、环庚烯基和环辛烯基。除非说明书中另有明确说明,否则环烷基任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、烷基、烯基、炔基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,环烷基任选地被氧代、卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。在一些实施例中,环烷基任选地被氧代、卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,环烷基任选地被卤素取代。
“卤代”或“卤素”是指溴、氯、氟或碘。在一些实施例中,卤素是氟或氯。在一些实施例中,卤素是氟。
“卤代烷基”是指被一个或多个卤素取代的如上文所定义的烷基游离基。在一些实施例中,烷基被一个、两个或三个卤素取代。在一些实施例中,烷基被一个、两个、三个、四个、五个或六个卤素取代。卤代烷基可以包括例如碘烷基、溴烷基、氯烷基和氟烷基。例如,“氟烷基”是指被一个或多个如上文所定义的氟游离基取代的如上文所定义的烷基游离基,例如,三氟甲基、二氟甲基、氟甲基、2,2,2-三氟乙基、1-氟甲基-2-氟乙基等。在一些实施例中,氟烷基游离基的烷基部分可任选地被取代,如上文对烷基的定义。
“杂烷基”是指烷基基团,其中烷基的一个或多个骨架原子选自非碳的原子,例如氧、氮(例如,-NH-、-N(烷基)-)、硫或其组合。杂烷基通过杂烷基的碳原子与分子的其余部分附接。在一方面,杂烷基是C1-C6杂烷基,其中杂烷基由以下构成:1至6个碳原子和一个或多个非碳的原子,例如氧、氮(例如-NH-、-N(烷基)-)、硫或其组合,其中杂烷基在杂烷基的碳原子处与分子的其余部分附接。此类杂烷基的实例包括:–CH2-O-CH2-、–CH2-N(烷基)-CH2-、–CH2-N(芳基)-CH2-、-OCH2CH2O-、–OCH2CH2OCH2CH2O-或–OCH2CH2OCH2CH2OCH2CH2O-。除非说明书中另有明确说明,否则杂烷基任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、烷基、烯基、炔基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,杂烷基任选地被氧代、卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。在一些实施例中,杂烷基任选地被氧代、卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,杂烷基任选地被卤素取代。
如本文所用,“亚杂烷基”是指二价杂烷基基团。此类亚杂烷基的实例是,例如,-CH2-O-CH2-、-CH2-N(烷基)-CH2-、-CH2-N(芳基)-CH2-、-OCH2CH2O-、-OCH2CH2OCH2CH2O-或-OCH2CH2OCH2CH2OCH2CH2O-。
术语“杂环烷基”是指包括至少一个杂环原子(例如,选自氮、氧和硫的杂原子)的环烷基基团。除非说明书中另有明确说明,否则杂环烷基游离基可以是单环或双环的环系统,其可以包括稠合(当与芳基或杂芳基环稠合时,该杂环烷基通过非芳香族环原子键合)或桥接环系统。杂环基中的氮、碳或硫原子可任选地被氧化。氮原子可任选地被季铵化。杂环烷基游离基是部分饱和的或完全饱和的。杂环烷基游离基的实例包括但不限于二氧戊环基、噻吩基[1,3]二噻烷基、四氢喹啉基、四氢异喹啉基、十氢喹啉基、十氢异喹啉基、咪唑啉基、咪唑烷基、异噻唑烷基、异恶唑烷基、吗啉基、八氢吲哚基、八氢异吲哚基、2-氧代哌嗪基、2-氧代哌啶基、2-氧代吡咯烷基、噁唑烷基、哌啶基、哌嗪基、4-哌啶酮基、吡咯烷基、吡唑烷基、奎宁环基、噻唑烷基、四氢呋喃基、三噻烷基、四氢吡喃基、硫代吗啉基、硫吗啉基、1-氧代-硫代吗啉基、1,1-二氧代-硫代吗啉基。术语“杂环烷基”还包括所有环形式的碳水化合物,包括但不限于单糖、二糖和低聚糖。除非另有说明,杂环烷基在环中具有2至12个碳原子。在一些实施例中,杂环烷基在环中具有2至10个碳原子。在一些实施例中,杂环烷基在环中具有2至10个碳原子和1或2个N原子。在一些实施例中,杂环烷基在环中具有2至10个碳原子和3或4个N原子。在一些实施例中,杂环烷基在环中具有2至12个碳、0-2个N原子、0-2个O原子、0-2个P原子和0-1个S原子。在一些实施例中,杂环烷基在环中具有2至12个碳、1-3个N原子、0-1个O原子和0-1个S原子。应理解,当提及杂环烷基中的碳原子数时,该杂环烷基中的碳原子数不同于构成该杂环烷基的原子(包括杂原子)总数(即杂环烷基环的骨架原子)。除非说明书中另有明确说明,否则杂环烷基任选地被取代,例如,被氧代、卤素、氨基、腈、硝基、羟基、烷基、烯基、炔基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,杂环烷基任选地被氧代、卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。在一些实施例中,杂环烷基任选地被氧代、卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,杂环烷基任选地被卤素取代。
“杂芳基”是指包含一个或多个碳原子和一个或多个选自由以下组成的组的环杂原子以及至少一个芳香族环的环系统游离基:氮、氧、磷和硫。在一些实施例中,杂芳基是单环、双环或多环的。单环杂芳基的说明性实例包括吡啶基、咪唑基、嘧啶基、吡唑基、三唑基、吡嗪基、四唑基、呋喃基、噻吩基、异噁唑基、噻唑基、噁唑基、异噻唑基、吡咯基、哒嗪基、三嗪基、噁二唑基、噻二唑基、呋咱基、吲哚嗪、吲哚、苯并呋喃、苯并噻吩、吲唑、苯并咪唑、嘌呤、喹嗪、喹啉、异喹啉、噌啉、酞嗪、喹唑啉、喹喔啉、1,8-萘啶和蝶啶。单环杂芳基的说明性实例包括吡啶基、咪唑基、嘧啶基、吡唑基、三唑基、吡嗪基、四唑基、呋喃基、噻吩基、异噁唑基、噻唑基、噁唑基、异噻唑基、吡咯基、哒嗪基、三嗪基、噁二唑基、噻二唑基、和呋咱基。双环杂芳基的说明性实例包括吲哚嗪、吲哚、苯并呋喃、苯并噻吩、吲唑、苯并咪唑、嘌呤、喹嗪、喹啉、异喹啉、噌啉、酞嗪、喹唑啉、喹喔啉、1,8-萘啶和蝶啶。在一些实施例中,杂芳基是吡啶基、吡嗪基、嘧啶基、噻唑基、噻吩基、噻二唑基或呋喃基。在一些实施例中,杂芳基在环中含有0-6个N原子。在一些实施例中,杂芳基在环中含有1-4个N原子。在一些实施例中,杂芳基在环中含有4-6个N原子。在一些实施例中,杂芳基在环中含有0-4个N原子、0-1个O原子、0-1个P原子和0-1个S原子。在一些实施例中,杂芳基在环中含有1-4个N原子、0-1个O原子和0-1个S原子。在一些实施例中,杂芳基是C1-C9杂芳基。在一些实施例中,单环杂芳基是C1-C5杂芳基。在一些实施例中,单环杂芳基是5元或6元杂芳基。在一些实施例中,双环杂芳基是C6-C9杂芳基。在一些实施例中,杂芳基基团包括本文定义的部分还原的环烷基或杂环烷基基团(例如,7,8-二氢喹啉)。在一些实施例中,杂芳基包括本文定义的完全还原的环烷基或杂环烷基基团(例如,5,6,7,8-四氢喹啉)。当杂芳基包含环烷基或杂环烷基基团时,该杂芳基通过杂芳香族环碳或杂原子与分子的其余部分键合。杂芳基游离基可以是单环或多环(例如,双环、三环或四环)的环系统,其可包括稠合、螺或桥接环系统。除非说明书中另有明确说明,否则杂芳基任选地被取代,例如,被卤素、氨基、腈、硝基、羟基、烷基、烯基、炔基、卤代烷基、烷氧基、芳基、环烷基、杂环烷基、杂芳基等取代。在一些实施例中,杂芳基任选地被卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH、-OMe、-NH2或-NO2取代。在一些实施例中,杂芳基任选地被卤素、甲基、乙基、-CN、-CF3、-OH或-OMe取代。在一些实施例中,杂芳基任选地被卤素取代。
术语“部分”指分子的特定区段或官能团。化学部分通常被认为是嵌入或附加在分子上的化学实体。
如本文所用,术语“治疗”、“预防”、“改善”和“抑制”以及由此衍生的词语并不一定意味着100%或完全治疗、预防、改善或抑制。相反,存在本领域普通技术人员认为具有潜在益处或治疗效果的不同程度的治疗、预防、改善和抑制。在这方面,所披露的方法可以提供哺乳动物中障碍的任何量的任何水平的治疗、预防、改善或抑制。例如,障碍(包括其症状或病症)可以被减轻例如约100%、约90%、约80%、约70%、约60%、约50%、约40%、约30%、约20%或约10%。此外,由本文披露的方法提供的治疗、预防、改善或抑制可以包括治疗、预防、改善或抑制障碍(例如,癌症或炎症性疾病)的一种或多种病症或症状。
在某些实施例中,“治疗”包括“缓和”的概念,其是指减轻与障碍和/或相关副作用相关的任何症状或其他不良作用的发生或复发频率或严重程度。在某些实施例中,术语“治疗”还涵盖“管理”的概念,其是指降低患者中特定疾病或障碍的严重程度或延迟其复发,例如,延长已患有该疾病的患者的缓解期。
在某些实施例中,与疾病或障碍相关的术语“预防(prevent)”或“预防(preventing)”可以指在统计样品中的化合物,该化合物相对于未处理的对照样品减少经处理的样品中障碍或病症的发生,或相对于未处理的对照样品延迟该障碍或病症的一种或多种症状的发作或降低其严重程度。
如本文所用的术语“治疗有效量”是指在必要的剂量和持续时间内有效达到所期望治疗结果的量。组合物的治疗有效量可能根据因素例如个体状况、年龄、性别和体重以及蛋白质引发个体所期望应答的能力而变化。治疗有效量也可以是超过将对治疗产生有益作用的组合物的任何毒性或有害作用的量。
术语“任选的”或“任选地”表示随后描述的事件或情况可能发生或不发生,并且该描述包括该事件或情况发生的情况和不发生的情况。例如,“任选取代的烷基”是指如上文所定义的“烷基”或“取代的烷基”。进一步地,任选取代的基团可以是未取代的(例如,-CH2CH3)、完全取代的(例如,-CF2CF3),单取代的(例如,-CH2CH2F)或以介于完全取代的和单取代的之间的任何水平取代的(例如,-CH2CHF2、-CH2CF3、-CF2CH3、-CFHCHF2等)。
如本文所用,“取代基”意指核心分子原子上的位置变量,这些变量在指定的原子位置上取代,代替指定原子上的一个或多个氢,条件是不超过指定原子的正常化合价,并且取代会产生稳定的化合物。仅当取代基和/或变量的组合能够形成稳定的化合物时,才允许此类组合。本领域普通技术人员应当注意,如本文所述或所示的任何化合价似乎未满足的碳原子以及杂原子,均假定具有足够数量的一个或多个氢原子以满足所述或所示的化合价。在某些情况下,在取代基基团中具有双键(例如,“氧代”或“=O”)作为附接点的一个或多个取代基可在本文中描述、显示或列出,其中结构可能仅显示单键作为与核心结构的附接点。本领域技术人员应当理解,虽然仅显示了单键,但双键意在用于这些取代基。
出于本披露的目的,氨基酸或氨基序列的一个“取代”事件不被视为一个缺失加一个添加的两个独立事件。因此,为避免疑义,作为实例,“多达两个缺失、取代和/或添加”的序列变化包括一个缺失和一个取代、一个缺失和一个添加(在不同位置)、一个取代和一个添加、仅一个缺失、仅一个取代、仅一个添加、两个缺失、两个取代、两个添加等。缺失、添加或取代位置可以位于肽的一端或两端,或在肽的中间。
术语“任选取代的”或“取代的”意指所引用的基团任选地被一个或多个另外的基团取代,该另外的基团单独地且独立地选自D、卤素、-CN、-NH2、-NH(烷基)、-N(烷基)2、-OH、-CO2H、-CO2烷基、-C(=O)NH2、-C(=O)NH(烷基)、-C(=O)N(烷基)2、-S(=O)2NH2、-S(=O)2NH(烷基)、-S(=O)2N(烷基)2、烷基、环烷基、氟烷基、杂烷基、烷氧基、氟烷氧基、杂环烷基、芳基、杂芳基、芳氧基、烷硫基、芳硫基、烷基亚砜、芳基亚砜、烷基砜和芳基砜。在一些其他实施例中,任选的取代基独立地选自D、卤素、-CN、-NH2、-NH(CH3)、-N(CH3)2、-OH、-CO2H、-CO2(C1-C4烷基)、-C(=O)NH2、-C(=O)NH(C1-C4烷基)、-C(=O)N(C1-C4烷基)2、-S(=O)2NH2、-S(=O)2NH(C1-C4烷基)、-S(=O)2N(C1-C4烷基)2、C1-C4烷基、C3-C6环烷基、C1-C4氟烷基、C1-C4杂烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4氟烷氧基、-SC1-C4烷基、-S(=O)C1-C4烷基和-S(=O)2C1-C4烷基。在一些实施例中,任选的取代基独立地选自D、卤素、-CN、-NH2、-OH、-NH(CH3)、-N(CH3)2、-NH(环丙基)、-CH3、-CH2CH3、-CF3、-OCH3和-OCF3。在一些实施例中,取代的基团被一个或两个前述基团取代。在一些实施例中,脂肪族碳原子(非环状或环状)上的任选取代基包括氧代(=O)。当指示取代基的数量时,术语“一个或多个”意指从一个取代基至最高可能的取代数量,即一个氢的替代直至所有氢被取代基替代。
术语“未取代的”意指指定的基团不带有取代基。
本文所述的某些化合物可能以互变异构形式存在,并且化合物的所有此类互变异构形式均在本披露的范围内。
除非另有说明,本文所描绘的结构还意味着包括该结构的所有立体化学形式;即,每个不对称中心的R和S构型。因此,本发明化合物的单一立体化学异构体以及对映异构体和非对映异构体混合物均在本披露的范围内。
如本文所用的术语“肽”是指包含两个或更多个氨基酸的化合物。本文所述的肽可以包含一个或多个非天然氨基酸。术语“肽”也涵盖肽模拟物。在本披露中,术语“氨基酸”以其最广泛的含义使用,并且其不仅包括天然氨基酸,还包含其衍生物和人工氨基酸。例如,术语“氨基酸”涵盖非天然氨基酸。
如本文所用,术语“非天然氨基酸”是指除20种标准氨基酸以外的氨基酸。20种标准氨基酸是指丙氨酸(ala或A)、精氨酸(arg或R)、天冬酰胺(asn或N)、天冬氨酸(asp或D)、半胱氨酸(cys或C)、谷氨酰胺(gln或Q)、谷氨酸(glu或E)、甘氨酸(gly或G)、组氨酸(his或H)、异亮氨酸(ile或I)、亮氨酸(leu或L)、赖氨酸(lys或K)、甲硫氨酸(met或M)、苯丙氨酸(phe或F)、脯氨酸(pro或P)、丝氨酸(ser或S)、苏氨酸(thr或T)、色氨酸(trp或W)、酪氨酸(tyr或Y)和缬氨酸(val或V)。
如本文所用的术语“蛋白质”是指多肽(即,通过肽键彼此连接的一串至少3个氨基酸)。蛋白质可以包含除了氨基酸以外的部分(例如,可以是糖蛋白、蛋白聚糖、等),和/或可以通过其他方式进行加工或修饰。蛋白质可以是由细胞产生和/或在细胞中有活性的完整多肽(带有或不带有信号序列)。在一些实施例中,蛋白质是或包含特征部分,例如由细胞产生和/或在细胞中有活性的多肽。蛋白质可以包含多于一个多肽链。例如,多肽链可以通过一个或多个二硫键连接,或通过其他方式缔合。
术语“肽模拟物”或“模拟物”是指模拟肽或蛋白质的生物活性但在化学性质上不再完全是肽的生物活性化合物,例如,它们可以含有非肽键(即,氨基酸之间除酰胺键之外的键)。如本文所用,术语肽模拟物以更广泛的含义使用,以包括性质上不再完全是肽的分子,例如假肽、半肽和类肽。无论完全或部分非肽,本文所述的肽模拟物可以提供反应性化学部分的空间排列,其与肽模拟物所基于的主题氨基酸序列或主题分子中活性基团的三维排列极为相似。由于这种类似的活性位点几何结构,肽模拟物可以对生物系统产生与主题实体的生物活性类似的作用。
在一些实施例中,肽模拟物在三维形状和生物活性方面与肽模拟物所基于的主题氨基酸序列或主题分子基本相似。实例描述于论文“Tritiated D-ala1-Peptide TBinding[氚化D-ala1-肽T结合]”,Smith C.S.等人,Drug Development Res.[药物开发研究],15,第371-379页(1988)中。第二种方法是针对稳定性改变环状结构,例如N至C链间酰亚胺和内酰胺(Ede等人载于Smith和Rivier(编辑)“Peptides:Chemistry and Biology[肽:化学与生物学]”,Escom,Leiden(1991),第268-270页)。其实例提供于构象受限的胸腺五肽类化合物,例如US 4457489中披露的化合物。第三种方法是用赋予对蛋白水解的抗性的假肽键取代主题实体中的肽键。
将本文提供的范围理解为该范围内的所有值的简略表达。例如,1至50的范围被理解为包括来自下组的任何数、数的组合或亚范围,该组由以下各项组成:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50,以及在以上提到的整数之间的所有中间的十进制值,例如像1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8以及1.9。关于亚范围,确切地考虑了从该范围的任一终点延伸的“嵌套式亚范围”。例如,1至50的示例性范围的嵌套式亚范围可以包括一个方向上的1至10、1至20、1至30以及1至40,或另一个方向上的50至40、50至30、50至20以及50至10。
如本文所用,C1-Cx(或C1-x)包括C1-C2、C1-C3...C1-Cx。仅通过实例的方式,指定为“C1-C4”的基团指示该部分中存在一至四个碳原子,即基团含有1个碳原子、2个碳原子、3个碳原子或4个碳原子。因此,仅通过实例的方式,“C1-C4烷基”指示烷基基团中存在一至四个碳原子,即,烷基基团选自以下:甲基、乙基、丙基、异丙基、正丁基、异丁基、仲丁基和叔丁基。另外,例如,C0-C2亚烷基包括直接键、-CH2-和-CH2CH2-连接。
如本文所用的术语“环化的”或“环化”意指彼此相距至少一个氨基酸的两个氨基酸在一个肽中与彼此直接结合或间接结合,以在分子中形成环状结构。在一些情况下,两个氨基酸通过接头等连接。
术语“受试者”或“患者”涵盖哺乳动物。哺乳动物的实例包括但不限于哺乳动物类的任何成员:人、非人灵长类动物,诸如黑猩猩,以及其他类人猿和猴物种;农场动物,诸如牛、马、绵羊、山羊、猪;家畜,诸如兔、狗和猫;实验动物,包括啮齿动物,例如大鼠、小鼠和豚鼠等。在一方面,哺乳动物是伴侣动物,例如狗或猫。在一方面,哺乳动物是人。
如本文所用的术语“治疗有效量”是指在剂量下有效达到所期望治疗结果的量。组合物的治疗有效量可能根据因素例如个体状况(例如,年龄、性别和体重)、缀合物和施用方法(例如,口服或肠胃外)而变化。
序列同一性百分比可以使用计算机程序或直接序列比较来计算。确定两个序列之间同一性的优选计算机程序方法包括但不限于GCG程序包、FASTA、BLASTP和TBLASTN(参见,例如,D.W.Mount,2001,Bioinformatics:Sequence and Genome Analysis[生物信息学:序列和基因组分析],冷泉港实验室出版社,冷泉港,纽约州)。BLASTP和TBLASTN程序可从NCBI和其他来源公开获取。Smith Waterman算法也可用于确定同一性百分比。用于氨基酸序列比较的示例性参数包括以下:1)Needleman和Wunsch算法(J.Mol.Biol.[分子生物学杂志],48:443-453(1970));2)Hentikoff和Hentikoff的BLOSSUM62比较矩阵(Proc.Nat.Acad.Sci.USA.[美国国家科学院院刊],89:10915-10919(1992))3)缺口罚分=12;以及4)缺口长度罚分=4。可以使用这些参数的程序作为“缺口(gap)”程序(遗传学计算机小组(Genetics Computer Group),麦迪逊,威斯康星州)公开获取。上述参数是多肽比较的默认参数(末端缺口无罚分)。可替代地,可以使用以下等式计算多肽序列同一性:同一性百分比-(相同残基的数量)/(氨基酸残基的比对长度)*100。对于该计算,比对长度包括内部缺口,但不包括末端缺口。
应当理解,为清楚起见在单独的实施例的上下文中描述的本披露的某些特征也可以在单个实施例中组合提供。相反,为简洁起见而描述于单个实施例的背景下的本披露的不同特征也可以分开地或以任何合适的子组合形式提供。例如,本披露的缀合物可以包含本文所述的任何肽配体(例如,具有式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、或(Ic)的肽配体或表1的肽配体),本文所述的任何有效载荷分子,任选地本文所述的接头(例如,具有式(II-1)、(II-1a)、(II-1b)或(II-2)的接头),以及任选地本文所述的有效载荷分子。再例如,具有式(I)(或任何其他式,例如(III-1)和(III-2))的肽可以包含如本文所述的X1至X12氨基酸,并且氨基酸的实施例的任何组合均涵盖在本披露中(即使,在一些情况下,它们描述于单独的实施例的上下文中)。
除非给出特殊定义,否则本说明书中描述的与分析化学、合成有机化学、医学化学和药物化学相关的所用术语及其程序和技术均是本领域的技术领域中众所周知且常用的。对于化学合成和化学分析可以使用标准技术。这些技术和程序中的定义的那些可以在以下中找到:例如“K.J.Jensen,P.T.Shelton,S.L.Pedersen,Peptide Synthesis andApplications[肽合成与应用],第2版,施普林格公司(Springer),2013”等,并且这些出于所有目的通过引用并入本说明书中。所有专利、申请、已发布的申请、和其他出版物以及整个披露中引用的其他数据,当被允许时,均通过引用并入本说明书中。
缩写:
除非本说明书中另有明确说明,否则以下缩写将按照以下含义使用:
Alloc烯丙氧基羰基
aq.水性
Biotin-OSu 生物素N-羟基琥珀酰亚胺酯(CAS 35013-72-0)
Boc叔丁氧基羰基
ClAcOH 氯乙酸
ClAcOSu2-氯乙酸N-琥珀酰亚胺基酯(CAS27243-15-8)
DCM二氯甲烷(CAS 75-09-2)
DICN,N′-二异丙基碳二亚胺(CAS 693-13-0)
DIPEA,DIEA N,N-二异丙基乙胺(CAS 7087-68-5)
DMFN,N-二甲基甲酰胺(CAS 68-12-2)
DODT 2,2′-(亚乙基二氧基)二乙硫醇(CAS14970-87-7)
EDCI-HCl N-(3-二甲氨基丙基)-N'-乙基碳二亚胺盐酸盐(CAS25952-53-8)
eq 当量
Et 乙基
Et3N,TEA 三乙胺(CAS121-44-8)
Fmoc 9-芴基甲氧基羰基
hr 小时
HATU 1-[双(二甲基氨基)亚甲基]-1H-1,2,3-三唑并[4,5-b]吡啶鎓-3-氧化物六氟磷酸盐(CAS148893-10-1)
HOSu N-羟基琥珀酰亚胺(CAS 6066-82-6)
iPrOH/IPA异丙醇
M摩尔
min分钟
NHSN-羟基琥珀酰亚胺(CAS 6066-82-6)
NMPN-甲基吡咯烷酮(CAS 872-50-4)
Pd(PPh3)4四(三苯基膦)钯(0)(CAS:14221-01-3)
Ph 苯基
rpm每分钟转数
rt 室温
SPPS 固相肽合成
Su 琥珀酰亚胺
SulfoCy5 磺基菁5
tert 叔
TFA三氟乙酸(CAS 76-05-1)
TIS三异丙基硅烷(CAS 6485-79-6)
TR 保留时间
Trt三苯甲基。
肽:
在一方面,本披露涉及一种对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力的肽(例如,结合肽)。EphA2可以是哺乳动物EphA2。EphA2可以是人EphA2。EphA2可以是野生型或突变型EphA2。在一些实施例中,本披露的缀合物包含两个或更多个肽,这些肽可以相同或不同。肽可以是线性的或环状的。在一些实施例中,肽是单环的。肽可以包含任何合适数量的氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含5至50、6至40、7至30、8至25、12至25、或9至20个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含5至14个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含7至12个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含8至12个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含8至10个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含7至13个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含12至15个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含13至14个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含6个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含7个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含8个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含9个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含10个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含11个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含12个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含13个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含14个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含15个氨基酸残基。在一些实施例中,肽包含16个氨基酸残基。在一些实施例中,肽由6个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由7个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由8个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由9个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由10个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由11个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由12个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由13个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由14个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由15个氨基酸残基组成。在一些实施例中,肽由16个氨基酸残基组成。在一些实施例中,缀合物包含具有6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个氨基酸残基的单环肽。本文所述的肽可以是结合EphA2的结合肽。在一些实施例中,结合肽由6至20个氨基酸残基组成。在一些实施例中,结合肽由7至12个氨基酸残基组成。在一些实施例中,结合肽由10至12个氨基酸残基组成。在一些实施例中,结合肽由8至12个氨基酸残基组成。在一些实施例中,结合肽是单环的。在一些实施例中,本技术的肽是分离的肽。在一些实施例中,本技术的肽是纯化的肽。
在一方面,本文描述了一种肽(例如,环状肽),其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽包含氨基酸序列,该氨基酸序列包括以下中的一个或几个(例如,1-6个)氨基酸的缺失、取代和/或添加:SEQ ID NO:1的氨基酸序列
da-MeF-N-L-Hgl-MeF-W1Me-V-W1Me-T-E-C(SEQ ID NO:1)。
或其药学上可接受的盐。任选地,(环)肽由10至12个氨基酸残基组成。
在一些实施例中,(环)肽由10至12个氨基酸残基组成。
在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,该氨基酸序列包括SEQ ID NO:1的氨基酸中的一个或几个氨基酸的总共至多6个缺失、取代和/或添加。在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,该氨基酸序列包括SEQ ID NO:1的氨基酸中的一个或几个氨基酸的总共至多5个缺失、取代和/或添加。在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,该氨基酸序列包括SEQ ID NO:1的氨基酸中的一个或几个氨基酸的总共至多4个缺失、取代和/或添加。在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,该氨基酸序列包括SEQ ID NO:1的氨基酸中的一个或几个氨基酸的总共至多3个缺失、取代和/或添加。在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,该氨基酸序列包括SEQID NO:1的氨基酸中的一个或几个氨基酸的总共至多2个缺失、取代和/或添加。在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,该氨基酸序列包括SEQ ID NO:1的氨基酸中的一个或几个氨基酸的总共至多1个缺失、取代和/或添加。在一些实施例中,氨基酸取代是保守性氨基酸取代。缺失、添加或取代位置可以位于肽的一端或两端,或在肽的中间。
在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,其中选自由以下组成的组的1-5个氨基酸在该肽中被缺失:SEQ ID NO:1中的第3位N、第4位L、第5位Hgl、第6位MeF、第10位T和第11位E。在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,其中选自由以下组成的组的1、2、3、4或5个氨基酸在该肽中被缺失:SEQ ID NO:1中的第3位N、第4位L、第5位Hgl、第6位MeF、第10位T和第11位E。在一些实施例中,第3位N被缺失。在一些实施例中,第4位L被缺失。在一些实施例中,第5位Hgl被缺失。在一些实施例中,第6位MeF被缺失。在一些实施例中,第11位E被缺失。在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,其中选自由以下组成的组的1-5个氨基酸在肽中被缺失:SEQID NO:1的第3位、第4位、第5位、第6位、第10位和第11位处的氨基酸。在一些实施例中,肽包含氨基酸序列,其中选自由以下组成的组的1、2、3、4或5个氨基酸在肽中被缺失:SEQ IDNO:1的第3位、第4位、第5位、第6位、第10位和第11位处的氨基酸。在一些实施例中,第3位氨基酸被缺失。在一些实施例中,第4位氨基酸被缺失。在一些实施例中,第5位氨基酸被缺失。在一些实施例中,第6位氨基酸被缺失。在一些实施例中,第10位氨基酸被缺失。在一些实施例中,第11位氨基酸被缺失。在某些实施例中,肽具有SEQ ID NO:1的1-5个氨基酸的缺失,并且没有另外的残基添加。在某些实施例中,肽具有SEQ ID NO:1的1-5个氨基酸的缺失,并且没有另外的残基取代。在某些实施例中,肽具有SEQ ID NO:1的1-5个氨基酸的缺失,并且没有另外的残基添加或取代。在某些实施例中,肽具有SEQ ID NO:1的1-5个氨基酸残基的缺失,并且没有残基添加。在某些实施例中,肽具有SEQ ID NO:1的1-5个氨基酸残基的缺失,并且没有残基取代。在某些实施例中,肽具有SEQ ID NO:1的1-5个氨基酸残基的缺失,并且没有残基添加或取代。
在一方面,本文描述了一种肽(例如,环状肽),其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽具有根据式(I)的氨基酸序列,或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
X1是氨基酸;
X2是包含芳香族环的氨基酸、其N-甲基化氨基酸、或其变体;
X3是亲水性氨基酸(例如N、Q、Cit、K或其变体)、甘氨酸(G)、丙氨酸(A)或其变体(例如,da、2-氨基异丁酸(Aib));
X4是疏水性氨基酸(例如,亮氨酸(L))、亲水性氨基酸(例如,瓜氨酸(Cit))或其变体;
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是亲水性氨基酸、包含芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X7是包含芳香族环的氨基酸(例如,W、F、或其变体);
X8是疏水性氨基酸、亲水性氨基酸、N-甲基化氨基酸、或其变体;
X9是包含芳香族环的氨基酸(例如,W或其变体);
X10不存在或是亲水性氨基酸(例如,苏氨酸(T)或其变体);
X11不存在或是亲水性氨基酸;并且
X12是半胱氨酸(C)或其变体。
在某些实施例中,X3是亲水性氨基酸。在某些实施例中,X3是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,K或其变体)、包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、N、或其变体)、或G、A或其变体。在某些实施例中,X4是疏水性氨基酸。在某些实施例中,X4是包含疏水性侧链的氨基酸(例如,L)、包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Cit或其变体)。在某些实施例中,X5是亲水性氨基酸。在某些实施例中,X5是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,E、Hgl、D、或其变体)或包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、Hgn、N、或其变体)。在某些实施例中,X6是亲水性氨基酸。在某些实施例中,X6是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,E、Hgl、D、或其变体)或包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、Hgn、N或其变体)。在某些实施例中,X11是亲水性氨基酸。在某些实施例中,X11是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,E、Hgl、D、R、hArg、K或其变体)或包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、Hgn、N、或其变体)。
在一方面,本文描述了一种肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽具有根据式(I)的氨基酸序列,或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是氨基酸;
X2是F、或其变体,该变体将F的未取代苯基环用以下取代:
(i)被各自独立地选自以下的1或2个取代基取代的苯基环:-OH、-CN、-C1-3烷基(例如,-CH3),或
(ii)任选地被各自独立地选自以下的1或2个取代基取代的6元杂芳基环:–OH、-CN、-C1-3烷基(例如,-CH3),
其中该F或其结构变体任选地被N-甲基化;
X3是亲水性氨基酸(例如N、Q、Cit、K或其变体)、G、Aib、Hgn、Ala、或其变体(例如,da);
X4是疏水性氨基酸(例如,在包含直链、支链或环状碳链的侧链中具有4个或更多个碳原子的氨基酸),并且其中X4任选地被N-甲基化(例如,Cit或其变体);
X5是氨基酸(例如,亲水性氨基酸;或具有官能侧链的氨基酸(例如,非甘氨酸);
X6是其N-甲基化氨基酸;
X7是W、Y、或其变体(例如,具有6元芳基或杂芳基、或者通过碳(例如,亚甲基基团)与α-碳连接的9元或10元双环芳基或杂芳基的氨基酸,其中该6元、9元和10元杂芳基具有一个杂原子(例如,N),并且其中该6元、9元和10元芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1或2个取代基取代:–CH3、-乙基、-Cl和-F);
X8是在α-氨基基团上带有–H的氨基酸;
X9是W或Y或其变体;(例如,W或其变体);
X10是不存在、或极性氨基酸(例如,T或其变体);
X11是不存在、或氨基酸(例如,亲水性氨基酸;Dab、Dap、R、E或其变体;或带有官能侧链的氨基酸(例如,非甘氨酸));并且
X12是C或其变体。
在式(I)的一些实施例中,X10和X11都存在。在式(I)的一些实施例中,X10和X11都不存在。
在一些实施例中,本文描述了一种具有式(I)的肽(例如,环状肽)或其药学上可接受的盐,其中
X1是氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是F或其变体、Y或其变体、或W或其变体,或其N-甲基化氨基酸;
X3是不存在、N、Q、Cit或其变体、G、Aib、Hgn、K或其变体、Ala或da;
X4是不存在、被直链或支链C1-5烷基取代的G、被C3-7环烷基取代的A、或Cit或其变体;
X5是不存在、亲水性氨基酸或具有官能侧链的氨基酸(例如,Dab、Dap、R、E),其中该亲水性氨基酸包含含有以下的L-氨基酸:-NH2、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3;
X6是不存在、亲水性氨基酸、F或其变体、Y或其变体、W或其变体,或其N-甲基化氨基酸,其中该亲水性氨基酸包含选自由以下组成的组的取代基:-C(O)OH、-C(O)NH2和-NHC(O)CH3;
X7是F或其变体、或W或其变体;
X8是被一个或两个直链或支链C1-5烷基取代的G、被C3-7环烷基取代的G、被C3-7环烷基取代的A、或亲水性氨基酸,其中该亲水性氨基酸包括包含以下的L-氨基酸:-NH2、一个或多个-OH、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2、-NHC(O)CH3;或该亲水性氨基酸包含两性离子;
X9是F或其变体、或W或其变体;
X10是不存在、Q、Hgn、S或其变体、T或其变体(例如,任选地被直链或支链C1-5烷基取代的T)、K或其变体、Cit或其变体,或被-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3取代的L-氨基酸;
X11是不存在、E、Hgn、R或其变体、Cit或其变体、Hgl、K或其变体、D、N或Q;并且
X12是C或其变体。
在具有式(I)的肽或其药学上可接受的盐的一些实施例中,其中:
X1是da、df3CON、dkCOpipzaa、dahp、dDab-NH2-Ph3-SO2F、dDap-NH2-Ph3-SO2F、dDap-NH2-Ph4-SO2F、dCit、Aib、G、正缬氨酸、正亮氨酸或dhAla;
X2是MeF、Me3Py、MeF3CON、MeF3F、Me4Py、MeY(Me)或其N-甲基化氨基酸;
X3是不存在、N、Q、Cit、G、Aib、Hgn、hCit、norCit、LysAc、OrnAc、Ala或da;
X4是L、Cbg、Chg、Cba、Cha、Ahx、Dahp、Cit、I、V、正亮氨酸或正缬氨酸;
X5是Hgl、Hgn、Dab、Dap、DabAc、DapAc、R、hArg、E或D;
X6是不存在、MeF、MeE、Me3Py、Me4Py、MeF4F、MeF4F、MeF4C或MeY;
X7是W1Me、W1Me7Cl、W1Me7N、W、F、7-AzaTrp、W7Me或W1Et;
X8是V、KCOpipzaa、Cit、Q还原葡糖胺、hCit、Aib、正亮氨酸或正缬氨酸;
X9是W1Me、W1Me7Cl、W1Me7N、F23dMe、W1Et、W7Me、W、F或7-AzaTrp;
X10是不存在、T、Q、S、Hgn、α-甲基丝氨酸、hSer、hThr、N、OrnAc、LysAc、Cit或hCit;
X11是不存在、E、Hgn、R、hArg、Cit、hCit、Hgl、Orn、D、N、Q、DapAc、OrnAc、DabAc、norCit;并且
X12是C、hCys、CdMe、C3RMe、C3SMe、硒代半胱氨酸、dc或青霉胺。
在具有式(I)的肽或其药学上可接受的盐的一些实施例中,
X7是W1Me或其变体;并且
X9是W1Me或其变体。
在具有式(I)的肽或其药学上可接受的盐的一些实施例中,其中:
X7是W1Me、W1MeCl、W1MeBr、Nal1、Nal2、W1Et、3Bzf、3Bzt、F23dC、W1Me7N或F23dMe;
X8是V、KCOpipzaa、N、Cit、hCit、KAc、DapAc、OrnAc、A、T、alT、Aib、Alb、Q还原葡糖胺、Hgl、Q、E、Hgn或K;并且
X9是W1Me、Nal1、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal18N、F23dMe或F23dC。
在具有式(I)的肽或其药学上可接受的盐的一些实施例中,其中:
X7是W1Me;
X8是V;并且,
X9是W1Me。
在一方面,本文所述的肽是一种对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力的肽(例如,环状肽),其中该肽具有根据式(I)的氨基酸序列,或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是任何氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是包含芳香族环的氨基酸或其取代、N-甲基化氨基酸、或其取代;
X3是不存在、N或其取代;
X4是不存在、任何疏水性氨基酸或其取代;
X5是不存在、亲水性氨基酸或其取代、或具有官能侧链的氨基酸(例如,Dab、Dap、K);
X6是不存在、亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸、其N-甲基化氨基酸、或其取代基;
X7是W或其取代基;
X8是V、亲水性氨基酸或其取代、N-甲基化氨基酸或具有官能侧链的氨基酸;
X9是W或其取代;
X10是不存在、T或其取代;
X11是不存在、任何亲水性氨基酸或具有官能侧链的氨基酸;并且
X12是C或其取代。
在一些实施例中,本文描述了一种具有根据式(I)的氨基酸序列的肽(例如,环状肽)或其药学上可接受的盐,其中
X1是任何氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是包含芳香族环的氨基酸或其变体、或其N-甲基化氨基酸;
X3是不存在、N或其变体;
X4是不存在、任何疏水性氨基酸或其变体;
X5是不存在、亲水性氨基酸或其变体、或具有官能侧链的氨基酸(例如,Dab、Dap、K);
X6是不存在、亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X7是W或其变体;
X8是V、亲水性氨基酸或其变体、N-甲基化氨基酸或具有官能侧链的氨基酸;
X9是W或其变体;
X10是不存在、T或其变体;
X11是不存在、任何亲水性氨基酸或具有官能侧链的氨基酸;并且
X12是C或其变体。
在一些实施例中,本文描述了具有式(I)的肽或其药学上可接受的盐,其中
X1是任何氨基酸;
X2是包含芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X3是不存在、亲水性氨基酸(例如N、Q、Cit、K或其变体)、G、Aib、Hgn、或Ala或其变体(例如,da);
X4是不存在、疏水性氨基酸、或亲水性氨基酸(例如,Cit或其变体);
X5是不存在、亲水性氨基酸或具有官能侧链的氨基酸;
X6是不存在、亲水性氨基酸、或具有芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X7是包含芳香族环的氨基酸(例如,W或其变体);
X8是疏水性氨基酸、亲水性氨基酸、N-甲基化氨基酸或具有官能侧链的氨基酸;
X9是包含芳香族环的氨基酸(例如,W或其变体);
X10是不存在、或极性氨基酸(例如,T或其变体);
X11是不存在、亲水性氨基酸或具有官能侧链的氨基酸;并且
X12是C或其变体。
在一些实施例中,本文描述了一种具有式(I)的肽(例如,环状肽)或其药学上可接受的盐,其中
X1是氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是包含芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X3是不存在、亲水性氨基酸(例如N、Q、Cit、K或其变体)、G、Aib、Hgn、或Ala或其变体(例如,da);
X4是疏水性氨基酸、或亲水性氨基酸(例如,Cit或其变体);
X5是亲水性氨基酸(例如Dab、Dap、R、E或其变体);
X6是不存在、亲水性氨基酸、具有芳香族环的氨基酸(例如,W)、或其N-甲基化氨基酸;
X7是包含芳香族环的氨基酸(例如,W或其变体);
X8是疏水性氨基酸、亲水性氨基酸、或N-甲基化氨基酸;
X9是包含芳香族环的氨基酸(例如,W或其变体);
X10是不存在、或亲水性氨基酸(例如,T或其变体);
X11是不存在、或亲水性氨基酸;并且
X12是C或其变体。
在一些实施例中,本文描述了一种具有式(I)的肽(例如,环状肽)或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是任何氨基酸,
X2是具有芳香族环的氨基酸或其变体,
X3是N,
X4是疏水性氨基酸或其变体;
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸;
X7是W或其变体;
X8是V或亲水性氨基酸或其变体,
X9是W或其变体;
X10是T或其变体;
X11是亲水性氨基酸;
X12是C或其变体(例如C)。
在一些实施例中,本文描述了一种具有式(Ia)的肽(例如,环状肽)或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X12
式(Ia)
其中,
X1是任何氨基酸;
X2是具有芳香族环的氨基酸或其变体;
X3是N或其变体;
X4是疏水性氨基酸或其变体,
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸;
X7是W或其变体;
X8是亲水性氨基酸或其变体,
X9是W或其变体;并且
X12是C或其变体。
在一些实施例中,本文描述了一种(环)肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽由以下组成:式(I)的序列,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
或其药学上可接受的盐,
其中
X1、X2、X3、X4、X5、X6和X8中的每一个独立地是氨基酸;
X7是W1Me或其变体;
X9是W1Me或其变体;
X10和X11中的每一个独立地不存在或是氨基酸;并且
X12是半胱氨酸(C)或其变体。
在一些实施例中,具有式(I)的肽或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是任何氨基酸;
X2是包含芳香族环的氨基酸或其变体、或其N-甲基化氨基酸;
X3是不存在、N或其变体;
X4是任何疏水性氨基酸或其变体;
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是不存在、亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X7是W或其变体;
X8是V、亲水性氨基酸或其变体、或N-甲基化氨基酸;
X9是W或其变体;
X10是不存在、T或其变体;
X11是不存在、任何亲水性氨基酸;并且
X12是C或其变体。
在一方面,本文描述了一种添加了接头的肽或缀合物,其包含:
(a)对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力的(环)肽,其中该肽具有式(I)的氨基酸序列,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是任何D-或L-氨基酸;
X2具有
环A2是苯基或6元杂芳基(例如,具有1或2个N的杂芳基);
RX2各自独立地是卤素、-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基或杂环烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基、杂烷基、烯基、炔基、环烷基或杂环烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
kx2是0、1、2或3;
mx2是0、1、2、3或4;
RNX2是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
*X1表示与X1的附接点;以及,
*X3表示与X3的附接点;
X3具有
kx3是0、1、2或3;
RNX3是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
RX3是H、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基;
*X2表示与X2的附接点;以及,
*X4表示与X4的附接点;
X4是疏水性氨基酸(例如,在包含直链、支链或环状碳链的侧链中具有4个或更多个碳原子的氨基酸),并且其中X4任选地被C1-3烷基基团N-烷基化;
X5是亲水性L-氨基酸,例如具有
RNX5是H、-CN、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基或杂烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
RX5是-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=NRb)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基或杂烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
条件是RNX5和RX5中的至少一个包含选自以下的部分:-OH、-NH2和-NH-(例如,-NH-C(=NH)-NH2、-CO-NH2、-NH2、-COOH、-C(OH)-C0-6烷基、-NH-CO-C1-6烷基);
*X4表示与X4的附接点;以及,
*X6表示与X6的附接点;
X6是
RNX6是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
RX6是-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=NRb)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
*X5表示与X5的附接点;并且,
*X7表示与X7的附接点;
X7具有
RNX7是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
环A7是芳基或杂芳基;
RX7各自独立地是卤素、-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2-halogen、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基或杂环烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基、杂烷基、烯基、炔基、环烷基或杂环烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
kx7是0、1、2或3;
mx7是0、1、2、3、4或5;
*X6表示与X6的附接点;并且,
*X8表示与X8的附接点;
X8是在α-氨基基团上带有-H的L-氨基酸;
X9具有
RNX9是H、C1-C6烷基或C1-C6卤代烷基;
环A9是芳基或杂芳基;
RX9各自独立地是卤素、-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-OC(=O)ORb、-OC(=O)NRcRd、-SH、SF5、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-NRbC(=O)ORb、-NRbS(=O)2Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基或杂环烷基;其中该烷基、卤代烷基、羟基烷基、氨基烷基、杂烷基、烯基、炔基、环烷基或杂环烷基任选地且独立地被一个或多个RXA取代;
kx9是0、1、2或3;
mx9是0、1、2、3、4或5;
*X8表示与X8的附接点;并且,
*XC表示与(i)X10或(i)当X10和X11均不存在时X12的附接点;
X10不存在或是L-氨基酸;
X11不存在或是L-氨基酸;条件是,当X10不存在时,那么X11也不存在;并且
X12是具有反应性硫醇基团的L-氨基酸,例如Cys及Cys变体;
每个Ra独立地是C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、C1-C6烷基(环烷基)、C1-C6烷基(杂环烷基)、C1-C6烷基(芳基)或C1-C6烷基(杂芳基);其中每个烷基、烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基独立地任选地被一个或多个R取代;
每个Rb独立地是氢、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、C1-C6烷基(环烷基)、C1-C6烷基(杂环烷基)、C1-C6烷基(芳基)、或C1-C6烷基(杂芳基);其中每个烷基、烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基独立地任选地被一个或多个R取代;
每个Rc和Rd独立地是氢、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、C1-C6杂烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、C1-C6烷基(环烷基)、C1-C6烷基(杂环烷基)、C1-C6烷基(芳基)或C1-C6烷基(杂芳基);其中每个烷基、烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、芳基和杂芳基独立地任选地被一个或多个R取代;
或者Rc和Rd与它们所附接的原子一起形成任选地被一个或多个R取代的杂环烷基;并且
每个R和RXA独立地是卤素、-CN、-OH、-OC1-C6烷基、SF5、-S(=O)C1-C6烷基、-S(=O)2C1-C6烷基、-S(=O)2NH2、-S(=O)2-卤素、-S(=O)2NHC1-C6烷基、-S(=O)2N(C1-C6烷基)2、-NH2、-NHC1-C6烷基、-N(C1-C6烷基)2、-NRbC(=NRb)NRcRd、-NHC(=O)OC1-C6烷基、-C(=O)C1-C6烷基、-C(=O)OH、-C(=O)OC1-C6烷基、-C(=O)NH2、-C(=O)N(C1-C6烷基)2、-C(=O)NHC1-C6烷基、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基;以及,
(b)任选地,将该肽与有效载荷分子连接的接头。
在一些实施例中,环A7是6元芳基或杂芳基。在一些实施例中,环A7是9元或10元双环芳基或杂芳基。在一些实施例中,6元、9元或10元杂芳基具有选自N、O和S的一个杂原子。在一些实施例中,RNX7是H。在一些实施例中,每个RX7独立地选自-CH3、-乙基、-Cl和-F,并且mx7是0、1或2。
在一些实施例中,X7是W1Me、Nal1、Nal2、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal15N、Nal14N、Nal24N、Nal28N、F23dMe、F23dC、W1Me7N、或W1Me7Cl。在一些实施例中,X7是W1Me、F23dMe或W1Me7Cl。
在一些实施例中,X9是
在一些实施例中,
在一些实施例中,RX9中的每一个独立地是卤素、-CN、-NO2、-OH、-ORa、-OC(=O)Ra、-SH、-SRa、-S(=O)Ra、-S(=O)2Ra、-S(=O)2NRcRd、-NRcRd、-NRbC(=O)Ra、-C(=O)Ra、-C(=O)ORb、-C(=O)NRcRd、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基或C1-C6杂烷基。
在一些实施例中,X9是W1Me、W、Nal1、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal14N、Nal18N、F23dMe、F23dC或W1Et。在一些实施例中,X9是W1Me或F23dMe。
在一些实施例中,环A2是含有1或2个N的6元杂芳基。
在一些实施例中,RX5是C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、-C0-6亚烷基-NH-C(=NH)-NH2、-C0-6亚烷基-CO-NH2、-C0-6亚烷基-COOH或-NH-CO-C1-6烷基。
在一些实施例中,X7是W1Me、W1MeCl、W1MeBr、Nal1、Nal2、W1Et、3Bzf、3Bzt、F23dC、W1Me7N或F23dMe;X8是V、KCOpipzaa、Hse、N、Cit、hCit、KAc、DapAc、OrnAc、T、alT、Aib、Alb、Q还原葡糖胺、Hgl、E、Hgn、MeF、3Py6NH2、W1Me、A、Q或K;并且X9是W1Me、Nal1、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal18N、F23dMe或F23dC。
在一些实施例中,X7是W1Me;X8是V;并且,X9是W1Me。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X1是任何氨基酸(例如,D-氨基酸)。在一些实施例中,X1是标准氨基酸中的任一个。在一些实施例中,X1是非天然氨基酸。在一些实施例中,X1是丙氨酸(A)。在一些实施例中,X1是D-丙氨酸。在一些实施例中,X1是df3CON。在一些实施例中,X1是dkCOpipzaa。在一些实施例中,X1是dahp。在一些实施例中,X1是F。在一些实施例中,X1是选自表5A至5F的氨基酸。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X1
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X1是任何氨基酸。在一些实施例中,X1是氨基酸(例如,D-氨基酸)。在一些实施例中,X1是da、df3CON、dkCOpipzaa、dahp、dDab-NH2-Ph3-SO2F、dDap-NH2-Ph3-SO2F、dDap-NH2-Ph4-SO2F、dCit、Aib、G、正缬氨酸、正亮氨酸或dhAla。X1是da。X1是df3CON。X1是dkCOpipzaa。X1是dahp。X1是dDab-NH2-Ph3-SO2F。X1是dDap-NH2-Ph3-SO2F。X1是dCit。X1是Aib。X1是G。X1是正缬氨酸。X1是正亮氨酸。X1是dhAla。在一些实施例中,X1是F。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X2是标准氨基酸。在一些实施例中,X2是非天然氨基酸。在一些实施例中,X2是芳香族氨基酸或其变体。在一些实施例中,X2是V。在一些实施例中,X2是N-甲基化氨基酸或其变体。在一些实施例中,X2是N-烷基化氨基酸或其变体。在一些实施例中,X2是包含芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X2是包含任选取代的苯基基团的氨基酸。在一些实施例中,X2是包含任选取代的萘基基团的氨基酸。在一些实施例中,X2是包含杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X2是包含任选取代的单环杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X2是包含任选取代的双环杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1、2或3个取代基取代:-CH3、-乙基、-Cl和-F。在一些实施例中,芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1、2或3个取代基取代:-OH、氧代、卤素、CN、氨基、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和C1-C6卤代烷基。在一些实施例中,X2是F或其变体,变体的F的未取代的苯基环被以下取代:(i)被各自独立地选自以下的1或2个取代基取代的苯基环:-OH、-CN、-C1-3烷基,或(ii)任选地被各自独立地选自以下的1或2个取代基取代的6元杂芳基环:-OH、-CN、-C1-3烷基,其中该F或其结构变体任选地被N-甲基化。在一些实施例中,X2是Me3Py。在一些实施例中,X2是在一些实施例中,X2是MeF。在一些实施例中,X2是MeF3H。在一些实施例中,X2是MeF3CN。在一些实施例中,X2是MeF3H。在一些实施例中,X2是Me4Py2NH2。在一些实施例中,X2是4Py2NH2。在一些实施例中,X2是4Py。在一些实施例中,X2是Me3Py。在一些实施例中,X2是被芳基或杂芳基取代的氨基酸。在一些实施例中,X2是组氨酸(H)。在一些实施例中,X2是苯丙氨酸、色氨酸、酪氨酸或其变体。在一些实施例中,X2是苯丙氨酸或其变体。在一些实施例中,X2是色氨酸或其变体。在一些实施例中,X2是W1Me。在一些实施例中,X2是酪氨酸或其变体。在一些实施例中,X2不存在。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X2。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)、(Ia)、(Ib)、(Ic)和(III-2)的一些实施例中,X2是包含芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸。在一些实施例中,X2是N-甲基化氨基酸。在一些实施例中,X2是包含芳香族环的氨基酸。在一些实施例中,X2是包含芳香族环的N-甲基化氨基酸。在一些实施例中,X2是F或其变体、Y或其变体、或W或其变体、或其N-甲基化氨基酸。在一些实施例中,X2是F或其变体。在一些实施例中,X2是N-甲基F或其变体。在一些实施例中,X2是Y或其变体。在一些实施例中,X2是N-甲基Y或其变体。在一些实施例中,X2是W或其变体。在一些实施例中,X2是N-甲基W或其变体。在一些实施例中,X2是MeF、Me3Py、MeF3CON、MeF3F、Me4Py或MeY(Me)。在一些实施例中,X2是MeF。在一些实施例中,X2是Me3Py。在一些实施例中,X2是MeF3CON。在一些实施例中,X2是MeF3F。在一些实施例中,X2是Me4Py。在一些实施例中,X2是MeY。在一些实施例中,X2是MeY(Me)。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X3是标准氨基酸。在一些实施例中,X3是非天然氨基酸。在一些实施例中,X3是天冬酰胺(N)。在一些实施例中,X3是天冬酰胺的取代物。在一些实施例中,X3不存在。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)、(Ia)和(III-2)的一些实施例中,X3不存在。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)、(Ia)和(III-2)的一些实施例中,X3是亲水性氨基酸(例如N、Hgn、Q、Cit、K或其变体)、甘氨酸(G)、丙氨酸(A)或其变体(例如,da、2-氨基异丁酸(Aib)。在一些实施例中,X3是亲水性氨基酸。在一些实施例中,X3是包含-OH、-NH2、-C(O)OH、-NHC(=NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3基团的氨基酸。在一些实施例中,X3具有带电荷侧链。在一些实施例中,X3具有带正电荷侧链。在一些实施例中,X3具有带负电荷侧链。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)、(Ia)和(III-2)的一些实施例中,X3是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,K或其变体)、包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、N、或其变体)、或G、A或其变体。在一些实施例中,X3是包含带电荷侧链的氨基酸。在一些实施例中,X3是包含极性不带电荷侧链的氨基酸。在一些实施例中,X3具有两性离子(例如,KCOpipzaa)侧链。在一些实施例中,X3是两性离子的。在一些实施例中,X3包含-OH、-COOH、-NH-或NH2部分。在一些实施例中,X3包含-OH、-C(O)OH、-NHC(=NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3。在一些实施例中,X3包含以下侧链:C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、-C0-6亚烷基-NH-C(=NH)-NH2、-C0-6亚烷基-CO-NH2、-C0-6亚烷基-COOH或-NH-CO-C1-6烷基。在一些实施例中,X3是不存在、亲水性氨基酸(例如N、Q、Hgn、Cit、K或其变体)、G、Ala、或其变体(例如,da、ib)。在一些实施例中,X3是N、Q、K、G、S、T、E、Aib、Hcit、Cit、Hgn、KCOpipzaa、Har、Nmm、Ndm、Ala、Hgl、3Py6NH2、或其变体,包括D-氨基酸(例如da)和变体(例如Q还原葡糖胺)。在一些实施例中,X3是不存在、N、Q、Cit或其变体、G、Aib、Hgn、K或其变体、或Ala或其变体(例如,da)。在一些实施例中,X3是不存在、N、Q、Cit、G、Aib、Hgn、hCit、norCit、LysAc、OrnAc、Ala或da。在一些实施例中,X3是N或其变体。在一些实施例中,X3是N。在一些实施例中,X3是Q或其变体。在一些实施例中,X3是Q。在一些实施例中,X3是Cit或其变体。在一些实施例中,X3是Cit、hCit或norCit。在一些实施例中,X3是Cit。在一些实施例中,X3是hCit。在一些实施例中,X3是norCit。在一些实施例中,X3是K或其取代。在一些实施例中,X3是K、LysAc或OrnAc。在一些实施例中,X3是K。在一些实施例中,X3是LysAc。在一些实施例中,X3是OrnAc。在一些实施例中,X3是G或其变体。在一些实施例中,X3是G。在一些实施例中,X3是Hgn。在一些实施例中,X3是Aib。在一些实施例中,X3是Ala或其变体。在一些实施例中,X3是Ala或da。在一些实施例中,X3是Ala。在一些实施例中,X3是da。在一些实施例中,X3不存在。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X3。在一些实施例中,X1直接键合至X3。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X4是疏水性氨基酸或其变体。在一些实施例中,X4是非天然氨基酸。在一些实施例中,X4是标准氨基酸。在一些实施例中,X4是亮氨酸。在一些实施例中,X4在侧链中包含4个或更多个碳原子,该侧链包含直链、支链或环状碳链。在一些实施例中,X4在侧链中包含4个或更多个连续碳原子。在一些实施例中,X4在侧链中包含亚乙基、亚丙基或亚丁基。在一些实施例中,X4是Cbg。在一些实施例中,X4不存在。在一些实施例中,X4选自甘氨酸(G)、甲硫氨酸(M)、丙氨酸(A)、缬氨酸(V)、亮氨酸(L)、异亮氨酸(I)、脯氨酸(P)、苯丙氨酸(F)、半胱氨酸(C)、其取代物。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X4是包含疏水性侧链的氨基酸(例如,L)、包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Cit或其变体)。在一些实施例中,X4是包含疏水性侧链的氨基酸。在一些实施例中,X4是包含极性不带电荷侧链的氨基酸。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X4是不存在、疏水性氨基酸或亲水性氨基酸(例如,Cit或其变体)。在一些实施例中,X4是不存在、被直链或支链C1-5烷基取代的G、被C3-7环烷基取代的A、或Cit或其变体。在一些实施例中,X4是不存在、L、Cbg、Chg、Cba、Cha、Ahx、Dahp、瓜氨酸(Cit)、I、V、正亮氨酸或正缬氨酸。在一些实施例中,X4不存在。在一些实施例中,X4是疏水性氨基酸。在一些实施例中,X4是Leu、Hcit、Cbg、Chg或Cba。在一些实施例中,X4是Leu、Cbg、Chg或Cba。在一些实施例中,X4是被直链或支链C1-5烷基取代的G。在一些实施例中,X4是被甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基、戊基或异戊基取代的G。在一些实施例中,X4是被C3-7环烷基取代的A。在一些实施例中,X4是被环丙基取代的A。在一些实施例中,X4是被环丁基取代的A。在一些实施例中,X4是被环戊基取代的A。在一些实施例中,X4是被环己基取代的A。在一些实施例中,X4是被环庚基取代的A。在一些实施例中,X4是L、Cbg、Chg、Cba、Cha、Ahx、Dahp、I、V、正亮氨酸或正缬氨酸。在一些实施例中,X4是L。在一些实施例中,X4是Cbg。在一些实施例中,X4是Chg。在一些实施例中,X4是Cba。在一些实施例中,X4是Cha。在一些实施例中,X4是Ahx。在一些实施例中,X4是Dahp。在一些实施例中,X4是I。在一些实施例中,X4是V。在一些实施例中,X4是正亮氨酸。在一些实施例中,X4是正缬氨酸。在一些实施例中,X4是亲水性氨基酸。在一些实施例中,X4是Cit或其变体。在一些实施例中,X4是Cit。在一些实施例中,X4任选地被N-甲基化。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X4。在一些实施例中,X1直接键合至X4。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X4是亲水性氨基酸。在一些实施例中,X4是包含-OH、-NH2、-C(O)OH、-NHC(=NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3基团的氨基酸。在一些实施例中,X4具有带电荷侧链。在一些实施例中,X4具有带正电荷侧链。在一些实施例中,X4具有带负电荷侧链。在一些实施例中,X4是两性离子的。在一些实施例中,X4包含-OH、-COOH、-NH-或NH2部分。在一些实施例中,X4包含-OH、-C(O)OH、-NHC(=NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3。在一些实施例中,X4包含以下侧链:C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、-C0-6亚烷基-NH-C(=NH)-NH2、-C0-6亚烷基-CO-NH2、-C0-6亚烷基-COOH或-NH-CO-C1-6烷基。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X4是疏水性氨基酸。在一些实施例中,X4包含至少4个连续碳原子,可以是直链的或支链的。在一些实施例中,X4包含至少5个连续碳原子,可以是直链的或支链的。在一些实施例中,X4在侧链中包含亚丙基部分。在一些实施例中,X4在侧链中包含亚丁基部分。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X5是亲水性氨基酸或其变体。在一些实施例中,X5是亲水性氨基酸。在一些实施例中,X5是非天然氨基酸。在一些实施例中,X5是带正电荷氨基酸。在一些实施例中,X5是带负电荷氨基酸。在一些实施例中,X5不带电荷。在一些实施例中,X5是标准氨基酸。在一些实施例中,X5是Ala或其变体。在一些实施例中,X5是N、Q、K、G、S、T、E、Aib、Hcit、Cit、Hgn、KCOpipzaa、Har、Nmm、Ndm、Ala、Hgl、3Py6NH2、或其变体,包括D-氨基酸(例如da)和变体(例如Q还原葡糖胺)。在一些实施例中,X5是Hgn、N、Q还原葡糖胺、KCOpipzaa、Hgl、Nmm、Ndm、KCOpipzaa、K、S、T或E。在一些实施例中,X5是Hgn。在一些实施例中,X5是天冬酰胺(N)。在一些实施例中,X5是Q还原葡糖胺。在一些实施例中,X5是Hgl。在一些实施例中,X5是Nmm。在一些实施例中,X5是Ndm。在一些实施例中,X5是KCOpipzaa。在一些实施例中,X5是Dab。在一些实施例中,X5是S。在一些实施例中,X5是K。在一些实施例中,X5不存在。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X5是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,E、Hgl、D、或其变体)或包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、Hgn、N、或其变体)。在一些实施例中,X5是包含带电荷侧链的氨基酸。在一些实施例中,X5是包含极性不带电荷侧链的氨基酸。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)、(Ia)、(Ib)和(III-2)的一些实施例中,X5是不存在、亲水性氨基酸或其变体。在一些实施例中,X5是不存在、亲水性氨基酸或具有官能侧链的氨基酸(例如,Dab、Dap、R、E),其中该亲水性氨基酸包含L-氨基酸,该L-氨基酸包含-NH2、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3。在一些实施例中,X5是不存在、Hgl、Hgn、Dab、Dap、DabAc、DapAc、R、hArg、E或D。在一些实施例中,X5不存在。在一些实施例中,X5是亲水性氨基酸。在一些实施例中,X5是包含-NH2、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3的氨基酸。在一些实施例中,X5是包含-NH2、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3的L-氨基酸。在一些实施例中,X5是Hgl。在一些实施例中,X5是Hgn。在一些实施例中,X5是Dab。在一些实施例中,X5是Dap。在一些实施例中,X5是DabAc。在一些实施例中,X5是DapAc。在一些实施例中,X5是R或其变体。在一些实施例中,X5是R或hArg。在一些实施例中,X5是R。在一些实施例中,X5是hArg。在一些实施例中,X5是E。在一些实施例中,X5是hCit。在一些实施例中,X5是G。在一些实施例中,X5是D。在一些实施例中,接头附接至X5。在一些实施例中,X1直接键合至X5。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X6是任何氨基酸。在一些实施例中,X6是标准氨基酸。在一些实施例中,X6是非天然氨基酸。在一些实施例中,X6是亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸、或其取代物。在一些实施例中,X6是具有芳香族环的氨基酸或其取代物。在一些实施例中,X6是包含芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X6是包含任选取代的苯基基团的氨基酸。在一些实施例中,X6是包含任选取代的萘基基团的氨基酸。在一些实施例中,X6是包含杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X6是包含任选取代的单环杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X6是包含任选取代的双环杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1、2或3个取代基取代:-CH3、-乙基、-Cl和-F。在一些实施例中,芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1、2或3个取代基取代:-OH、氧代、卤素、CN、氨基、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和C1-C6卤代烷基。在一些实施例中,X6是N-甲基化氨基酸。在一些实施例中,X6是亲水性氨基酸或其取代物。在一些实施例中,X6是具有芳香族环的氨基酸或其取代物。在一些实施例中,X6是N-甲基化氨基酸或其取代物。在一些实施例中,X6是MeE。在一些实施例中,X6是N。在一些实施例中,X6是MeN。在一些实施例中,X6是Me3Py。在一些实施例中,X6是MeF。在一些实施例中,X6是Q还原葡糖胺。在一些实施例中,X6是MeF4C。在一些实施例中,X6不存在。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X6是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,E、Hgl、D、或其变体)或包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、Hgn、N、或变体)。在一些实施例中,X6是包含带电荷侧链的氨基酸。在一些实施例中,X6是包含极性不带电荷侧链的氨基酸。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)、(Ia)、(Ic)和(III-2)的一些实施例中,X6是不存在、亲水性氨基酸、包含芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X6是亲水性氨基酸。在一些实施例中,X6是包含-OH、-NH2、-C(O)OH、-NHC(=NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3基团的氨基酸。在一些实施例中,X6具有带电荷侧链。在一些实施例中,X6具有带正电荷侧链。在一些实施例中,X6具有带负电荷侧链。在一些实施例中,X6是两性离子的。在一些实施例中,X6包含-OH、-COOH、-NH-或NH2部分。在一些实施例中,X6包含-OH、-C(O)OH、-NHC(=NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3。在一些实施例中,X6包含以下侧链:C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、-C0-6亚烷基-NH-C(=NH)-NH2、-C0-6亚烷基-CO-NH2、-C0-6亚烷基-COOH或-NH-CO-C1-6烷基。在一些实施例中,X6是不存在、亲水性氨基酸、F或其变体、Y或其变体、W或其变体,或其N-甲基化氨基酸,其中该亲水性氨基酸包含选自由以下组成的组的取代基:-C(O)OH、-C(O)NH2和-NHC(O)CH3。在一些实施例中,X6是不存在、MeF、MeE、Me3Py、Me4Py、MeF4F、MeF4C或MeY。在一些实施例中,X6是MeE、MeN、Me3Py、MeF、MeF4C或N。在一些实施例中,X6不存在。在一些实施例中,X6是亲水性氨基酸。在一些实施例中,X6是包含-NH2、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3的氨基酸。在一些实施例中,X6是E或其N-甲基化氨基酸。在一些实施例中,X6是E。在一些实施例中,X6是MeE。在一些实施例中,X6是包含芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸。在一些实施例中,X6是包含任选取代的苯基的氨基酸。在一些实施例中,X6是包含任选取代的杂芳基的氨基酸。在一些实施例中,X6是F或其变体、或其N-甲基化氨基酸。在一些实施例中,X6是F、MeF、Me3Py、Me4Py、MeF4F或MeF4C。在一些实施例中,X6是F。在一些实施例中,X6是MeF。在一些实施例中,X6是Me3Py。在一些实施例中,X6是Me4Py。在一些实施例中,X6是MeF4F。在一些实施例中,X6是MeF4C。在一些实施例中,X6是Y或其变体、或其N-甲基化氨基酸。在一些实施例中,X6是Y或MeY。在一些实施例中,X6是Y。在一些实施例中,X6是MeY。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X6。在一些实施例中,X1直接键合至X6。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X7是W或其变体。在一些实施例中,X7是标准氨基酸。在一些实施例中,X7是非天然氨基酸。在一些实施例中,X7是W1Me。在一些实施例中,X7是W1Me7Cl。在一些实施例中,X7是W1Me7N。在一些实施例中,X7不存在。在一些实施例中,X7是具有芳香族环的氨基酸或其取代物。在一些实施例中,X7是包含芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X7是包含任选取代的苯基基团的氨基酸。在一些实施例中,X7是包含任选取代的萘基基团的氨基酸。在一些实施例中,X7是包含杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X7是包含任选取代的单环杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X7是包含任选取代的双环杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1、2或3个取代基取代:-CH3、-乙基、-Cl和-F。在一些实施例中,芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1、2或3个取代基取代:-OH、氧代、卤素、CN、氨基、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和C1-C6卤代烷基。在一些实施例中,X7是W、Y或其变体(例如,具有6元芳基或杂芳基、或者通过碳(例如,亚甲基基团)与α-碳连接的9元或10元双环芳基或杂芳基的氨基酸,其中该6元、9元和10元杂芳基具有一个杂原子(例如,N),并且其中该6元、9元和10元芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1或2个取代基取代:–CH3、-乙基、-Cl和-F)。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X7是包含芳香族环的氨基酸。在一些实施例中,X7是包含芳香族环的氨基酸(例如,W或其变体)。在一些实施例中,X7是F或其变体,或W或其变体。在一些实施例中,X7是W1Me、W1Me7Cl、W1Me7N、W、F、7-AzaTrp、W7Me或W1Et。在一些实施例中,X7是F或其变体。在一些实施例中,X7是F。在一些实施例中,X7是W或其变体。在一些实施例中,X7是Nal1、Nal2、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal15N、Nal14N、Nal24N、Nal28N、F23dC、W1Me、W1Me7Cl或W1Me7N。在一些实施例中,X7是W1Me、W1Me7Cl、W1Me7N、W、7-AzaTrp、W7Me或W1Et。在一些实施例中,X7是W1Me、W1Me7Cl或F23dMe。在一些实施例中,X7是W1Me、W1Me7Cl、Nal1、Nal2、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal15N、Nal14N、Nal24N、Nal28N、F23dC或W1Me7N。在一些实施例中,X7是W1Me、W1Me7Cl或W1Me7N。在一些实施例中,X7是W1Me。在一些实施例中,X7是W1Me7Cl。在一些实施例中,X7是W1Me7N。在一些实施例中,X7是W。在一些实施例中,X7是7-AzaTrp。在一些实施例中,X7是W7Me。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X7。在一些实施例中,X1直接键合至X7。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X8是任何氨基酸。在一些实施例中,X8是标准氨基酸中的任一个。在一些实施例中,X8是非天然氨基酸。在一些实施例中,X8是V、亲水性氨基酸、N-甲基化氨基酸、或其取代物。在一些实施例中,X8是V。在一些实施例中,X8是苯丙氨酸、色氨酸、酪氨酸、或其变体。在一些实施例中,X8是苯丙氨酸或其变体。在一些实施例中,X8是色氨酸或其变体。在一些实施例中,X8是W1Me。在一些实施例中,X8是酪氨酸或其变体。在一些实施例中,X8是N-甲基化氨基酸或其取代物。在一些实施例中,X8是N-烷基化氨基酸或其取代物。在一些实施例中,X8是KCOpipzaa。在一些实施例中,X8是K。在一些实施例中,X8是缬氨酸(V)。在一些实施例中,X8是Q还原葡糖胺。在一些实施例中,X8是Cit。在一些实施例中,X8是hCit。在一些实施例中,X8不存在。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X8是疏水性氨基酸、亲水性氨基酸、N-甲基化氨基酸或具有官能侧链的氨基酸。在一些实施例中;X8是被一个或两个直链或支链C1-5烷基取代的G、被C3-7环烷基取代的A、或亲水性氨基酸,其中该亲水性氨基酸包括包含以下的L-氨基酸:-NH2、一个或多个-OH、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2、-NHC(O)CH3;或该亲水性氨基酸包含两性离子。在一些实施例中,X8是V、A、E、N、K、Q还原葡糖胺、KCOpipzaa、Q、Hse、N、Cit、Hcit、Kac、DapAc、OrnAc、T、alT、Aib、Alb或3Py6NH2。在一些实施例中,X8是A、E、N、K、Q还原葡糖胺、KCOpipzaa、Q、Hse、N、Cit、Hcit、Kac、DapAc、OrnAc、T、alT、Aib、Alb或3Py6NH2。在一些实施例中,X8是KCOpipzaa、N、Cit、Q还原葡糖胺、hCit、K、KAc、Aib、Alb、DapAc、OrnAc、A、T、alT、正亮氨酸、正缬氨酸、Hgl、E、Hgn、Q、I或L。在某些实施例中,X8是KCOpipzaa、V、Q还原葡糖胺、Cit、Hcit、K或3Py6NH2。在某些实施例中,X8是KCOpipzaa、Q还原葡糖胺、Cit、Hcit、K或3Py6NH2。在一些实施例中,X8是V、KCOpipzaa、Cit、Q还原葡糖胺、hCit、Aib、Alb、正亮氨酸或正缬氨酸。在一些实施例中,X8是KCOpipzaa、Cit、Q还原葡糖胺、hCit、Aib、Alb、正亮氨酸或正缬氨酸。在一些实施例中,X8是KCOpipzaa、N、Cit、hCit、KAc、DapAc、OrnAc、A、T、alT、Aib、Alb、Q还原葡糖胺、Hgl、Q、E、Hgn或K。在一些实施例中,X8是疏水性氨基酸。在一些实施例中,X8是被直链或支链C1-5烷基取代的G。在一些实施例中,X8是被选自以下的一个或多个取代基取代的G:甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基、戊基和异戊基。在一些实施例中,X8是被C3-7环烷基取代的A。在一些实施例中,X8是被环丙基取代的A。在一些实施例中,X8是被环丁基取代的A。在一些实施例中,X8是被环戊基取代的A。在一些实施例中,X8是被环己基取代的A。在一些实施例中,X8是被环庚基取代的A。在一些实施例中,X8是V、Aib、Alb、正亮氨酸或正缬氨酸。在一些实施例中,X8是Aib、Alb、正亮氨酸或正缬氨酸。在一些实施例中,X8是V。在一些实施例中,X8是Aib。在一些实施例中,X8是Alb。在一些实施例中,X8是正亮氨酸。在一些实施例中,X8是正缬氨酸。在一些实施例中,X8是亲水性氨基酸。在一些实施例中,X8是包含-NH2、一个或多个-OH、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3的氨基酸。在一些实施例中,X8是包含-NH2、一个或多个-OH、-C(O)OH、-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3的L-氨基酸。在一些实施例中,X8是包含两性离子的氨基酸。在一些实施例中,X8是Cit或其变体。在一些实施例中,X8是Cit或hCit。在一些实施例中,X8是KCOpipzaa。在一些实施例中,X8是Q还原葡糖胺。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X8。在一些实施例中,X1直接键合至X8。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X9是W或其变体。在一些实施例中,X9是标准氨基酸。在一些实施例中,X9是非天然氨基酸。在一些实施例中,X9是W1Me、W1Me7Cl、F23dMe、Nal1、Nal2、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal15N、Nal14N、Nal24N、Nal28N、F23dC、或W1Me7N。在一些实施例中,X9是W1Me或F23dMe。在一些实施例中,X9是W1Me。在一些实施例中,X9是W1Me7Cl。在一些实施例中,X9是W1Me7N。在一些实施例中,X9不存在。在一些实施例中,X9是F23dMe。在一些实施例中,X9是具有芳香族环的氨基酸或其取代物。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X9是包含芳香族环的氨基酸。在一些实施例中,X9是包含芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X9是包含任选取代的苯基基团的氨基酸。在一些实施例中,X9是包含任选取代的萘基基团的氨基酸。在一些实施例中,X9是包含杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X9是包含任选取代的单环杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,X9是包含任选取代的双环杂芳基基团的氨基酸。在一些实施例中,芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1、2或3个取代基取代:-CH3、-乙基、-Cl和-F。在一些实施例中,芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1、2或3个取代基取代:-OH、氧代、卤素、CN、氨基、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和C1-C6卤代烷基。在一些实施例中,X9是W、Y或其变体(例如,具有6元芳基或杂芳基、或者通过碳(例如,亚甲基基团)与α-碳连接的9元或10元双环芳基或杂芳基的氨基酸,其中该6元、9元和10元杂芳基具有一个杂原子(例如,N),并且其中该6元、9元和10元芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1或2个取代基取代:–CH3、-乙基、-Cl和-F)。在一些实施例中,X9是包含芳香族环的氨基酸(例如,W或其变体)。在一些实施例中,X9是F或其变体,或W或其变体。在一些实施例中,X9是W1Me、W1Me7Cl、W1Me7N、F23dMe、W1Et、W7Me、W、F、或7-AzaTrp。在一些实施例中,X9是F或其变体。在一些实施例中,X9是F或F23dMe。在一些实施例中,X9是F。在一些实施例中,X9是F23dMe。在一些实施例中,X9是W或其变体。在一些实施例中,X9是W1Me、W1Me7Cl、W1Me7N、W、7-AzaTrp、W7Me或W1Et。在一些实施例中,X9是W1Me或F23dMe。在一些实施例中,X9是W1Me。在一些实施例中,X9是W1Me7Cl。在一些实施例中,X9是W1Me7N。在一些实施例中,X9是W。在一些实施例中,X9是7-AzaTrp。在一些实施例中,X9是W7Me。在一些实施例中,X9是W1Et。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X9。在一些实施例中,X1直接键合至X9。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X10是不存在、T或其变体。在一些实施例中,X10是标准氨基酸。在一些实施例中,X10是非天然氨基酸。在一些实施例中,X10是苏氨酸(T)。在一些实施例中,X10不存在。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X10是不存在、或极性氨基酸(例如,T或其变体)。在一些实施例中,X10是不存在、Q、Hgn、S或其变体、任选地被直链或支链C1-5烷基取代的T或其变体、K或其变体、Cit或其变体、或被-NHC(NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3取代的L-氨基酸。在一些实施例中,X10是不存在、T、Q、S、Hgn、α-甲基丝氨酸、hSer、hThr、N、OrnAc、LysAc、Cit或hCit。在一些实施例中,X10不存在。在一些实施例中,X10是极性氨基酸。在一些实施例中,X10是Q。在一些实施例中,X10是Hgn。在一些实施例中,X10是S或其变体。在一些实施例中,X10是S、α-甲基丝氨酸或hSer。在一些实施例中,X10是S。在一些实施例中,X10是α-甲基丝氨酸。在一些实施例中,X10是hSer。在一些实施例中,X10是任选被直链或支链C1-5烷基取代的T或其变体。在一些实施例中,X10是T或hThr。在一些实施例中,X10是T。在一些实施例中,X10是hThr。在一些实施例中,X10是被甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基、戊基或异戊基取代的T。在一些实施例中,X10是N。在一些实施例中,X10是K或其变体。在一些实施例中,X10是K、OrnAc或LysAc。在一些实施例中,X10是K。在一些实施例中,X10是OrnAc。在一些实施例中,X10是LysAc。在一些实施例中,X10是Cit或其变体。在一些实施例中,X10是Cit或hCit。在一些实施例中,X10是Cit。在一些实施例中,X10是hCit。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X10。在一些实施例中,X1直接键合至X10。
在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X11是不存在、亲水性氨基酸、或其取代物。在一些实施例中,X11是丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺或其取代物。在一些实施例中,X11是标准氨基酸。在一些实施例中,X11是非天然氨基酸。在一些实施例中,X11是Hgn。在一些实施例中,X11是K。在一些实施例中,X11是谷氨酸。在一些实施例中,X11是hArg。在一些实施例中,X11是hCit。在一些实施例中,X11是Nmm。在一些实施例中,X11是Ndm。在一些实施例中,X11是Har。在一些实施例中,X11是R。在一些实施例中,X11是Har。在一些实施例中,X11是Arg(R)。在一些实施例中,X11是Cit。在一些实施例中,X11是天冬酰胺。在一些实施例中,X11不存在。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X11是不存在、亲水性氨基酸或具有官能侧链的氨基酸。在一些实施例中,X11是亲水性氨基酸。在式(I)、(I-1)、(I-2)、(I-3)、(I-4)、(I-5)、(III-1)和(III-2)的一些实施例中,X11是包含带电荷侧链的氨基酸(例如,E、Hgl、D、R、hArg、K或其变体)或包含极性不带电荷侧链的氨基酸(例如,Q、Cit、Hgn、N、或其变体)。在一些实施例中,X11是包含带电荷侧链的氨基酸。在一些实施例中,X11是包含极性不带电荷侧链的氨基酸。在一些实施例中,X11是包含-OH、-NH2、-C(O)OH、-NHC(=NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3基团的氨基酸。在一些实施例中,X11具有带电荷侧链。在一些实施例中,X11具有带正电荷侧链。在一些实施例中,X11具有带负电荷侧链。在一些实施例中,X11是两性离子的。在一些实施例中,X11包含-OH、-COOH、-NH-或NH2部分。在一些实施例中,X11包含-OH、-C(O)OH、-NHC(=NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3。在一些实施例中,X11包含以下侧链:C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、-C0-6亚烷基-NH-C(=NH)-NH2、-C0-6亚烷基-CO-NH2、-C0-6亚烷基-COOH或-NH-CO-C1-6烷基。在一些实施例中,X11是不存在、E、Hgn、R或其变体、Cit或其变体、Hgl、K或其变体、D、N或Q。在一些实施例中,X11是不存在、E、Hgn、R、hArg、Cit、hCit、Hgl、Orn、D、N、Q、DapAc、OrnAc、DabAc或norCit。在一些实施例中,X11是不存在、精氨酸(R)、天冬酰胺(N)、天冬氨酸(D)、谷氨酰胺(Q)、赖氨酸(K)或非天然亲水性氨基酸。在一些实施例中,X11是不存在、Hgn、R、hArg、Cit、hCit、Hgl、Orn、D、N、Q、DapAc、OrnAc、DabAc或norCit。在一些实施例中,X11是Hgn、R、hArg、Cit、hCit、Hgl、Orn、D、N、Q、DapAc、OrnAc、DabAc或norCit。在一些实施例中,X11是Q、K、G、S、T、E、Aib、Hcit、Cit、Hgn、KCOpipzaa、Har、Nmm、Ndm、Ala、Hgl、3Py6NH2、或其变体,包括D-氨基酸(例如da)和变体(例如Q还原葡糖胺)。在一些实施例中,X11是Q、K、G、S、T、Aib、Hcit、Cit、Hgn、KCOpipzaa、Har、Nmm、Ndm、Ala、Hgl、3Py6NH2或其变体,包括D-氨基酸(例如da)和变体(例如Q还原葡糖胺)。在一些实施例中,X11是Hgn、N、R、Har、Nmm、Ndm、E或K。在一些实施例中,X11不存在。在一些实施例中,X11是亲水性氨基酸。在一些实施例中,X11是E。在一些实施例中,X11是Hgn。在一些实施例中,X11是R或其变体。在一些实施例中,X11是R或hArg。在一些实施例中,X11是R。在一些实施例中,X11是hARg。在一些实施例中,X11是Cit或其变体。在一些实施例中,X11是Cit、hCit或norCit。在一些实施例中,X11是Cit。在一些实施例中,X11是hCit。在一些实施例中,X11是norCit。在一些实施例中,X11是Hgl。在一些实施例中,X11是K或其变体。在一些实施例中,X11是K、Orn、OrnAc、DabAc或DapAc。在一些实施例中,X11是K。在一些实施例中,X11是Orn。在一些实施例中,X11是OrnAc。在一些实施例中,X11是DabAc。在一些实施例中,X11是DapAc。在一些实施例中,X11是D、N或Q。在一些实施例中,X11是D。在一些实施例中,X11是N。在一些实施例中,X11是Q。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X11。在一些实施例中,X1直接键合至X11。
在式(I)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)和(III-2)的一些实施例中,X12是C或其变体。在一些实施例中,X12是标准氨基酸。在一些实施例中,X12是非天然氨基酸。在一些实施例中,X12是半胱氨酸。在一些实施例中,X12是半胱氨酸的取代物。在一些实施例中,X12是高半胱氨酸。在一些实施例中,X12是CdMe。在一些实施例中,X12是C3SMe。在一些实施例中,X12是C3RMe。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X12。在式(I)、(I-5)、(Ia)、(Ib)、(Ic)和(III-2)的一些实施例中,X12是C或其变体。在一些实施例中,X12是C、hCys、CdMe、C3RMe、C3SMe、硒代半胱氨酸、dc或青霉胺。在一些实施例中,X12是C。在一些实施例中,X12是hCys。在一些实施例中,X12是CdMe。在一些实施例中,X12是C3RMe。在一些实施例中,X12是C3SMe。在一些实施例中,X12是硒代半胱氨酸。在一些实施例中,X12是dc。在一些实施例中,X12是青霉胺。在一些实施例中,有效载荷分子或接头附接至X12。在一些实施例中,X1直接键合至X12。
在一些实施例中,肽或其药学上可接受的盐具有环状结构,其中第一个氨基酸(或X1)与最后一个氨基酸(或X12)共价连接。
在一些实施例中,肽或其药学上可接受的盐具有环状结构,该环状结构具有在第一个残基X1处的氨基酸(例如,氯乙酰化氨基酸)和半胱氨酸残基或其变体,并且其中该在X1处的氨基酸(例如,该氯乙酰化氨基酸)与该半胱氨酸残基或其变体形成共价键。
在一些实施例中,肽具有单环结构。在某些实施例中,氨基酸X1与半胱氨酸或其变体形成共价键。
在一些实施例中,具有式(I)的肽具有式(I-1)的结构或其药学上可接受的盐,
其中
R1选自由以下组成的组:NH2和OH;
R2选自由以下组成的组:H或C1-3烷基;
R3选自由以下组成的组:H或C1-3烷基;
其中未显示与有效载荷分子或接头的附接点,并且其中X1-X11描述于式(I)中。
在一些实施例中,具有式(I-1)的肽具有式(I-2)的结构或其药学上可接受的盐,
在一些实施例中,具有式(I-1)的肽具有式(I-3)的结构或其药学上可接受的盐,
在一些实施例中,具有式(I-1)的肽具有式(I-4)的结构或其药学上可接受的盐,
在式(I-1)、(I-2)、(I-3)或(I-4)的一些实施例中,R1是OH。在式(I-1)、(I-2)、(I-3)或(I-4)的一些实施例中,R1是NH2。
在式(I-1)、(I-2)、(I-3)或(I-4)的一些实施例中,R2是H。在式(I-1)、(I-2)、(I-3)或(I-4)的一些实施例中,R2是C1-3烷基。在式(I-1)、(I-2)、(I-3)或(I-4)的一些实施例中,R2是甲基。
在式(I-1)、(I-2)、(I-3)或(I-4)的一些实施例中,R3是H。在式(I-1)、(I-2)、(I-3)或(I-4)的一些实施例中,R3是C1-3烷基。在式(I-1)、(I-2)、(I-3)或(I-4)的一些实施例中,R3是甲基。
在一些实施例中,具有式(I)的肽具有式(I-5)的结构或其药学上可接受的盐,
其中X1-X12具有上述定义,并且Lcyc是共价连接X1和X12的闭环基团。
在一些实施例中,Lcyc是选自表4B的基团。在一些实施例中,Lcyc由表4C中第一和第二官能团反应形成。
在一些实施例中,具有式(I)的肽或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12
式(I)
其中,
X1是任何氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是包含芳香族环的氨基酸或其变体、或其N-甲基化氨基酸;
X3是N或其变体;
X4是任何疏水性氨基酸或其变体;
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X7是W或其变体;
X8是V或亲水性氨基酸或其变体;
X9是W或其变体;
X10是T或其变体;
X11是任何亲水性氨基酸;并且
X12是C或其变体。
在式(I)的一些实施例中,其中,
X1是D-氨基酸(例如da、df3CON、dahp或dkCOpipzaa);
X2是N-甲基化苯丙氨酸或其变体(例如Me3Py、MeF、MeF3H或MeF3CN);
X3是N;
X4是疏水性氨基酸或N-甲基化氨基酸(例如亮氨酸、Cbg或Chg);
X5是Hgn、天冬酰胺(N)、2,4-二氨基丁酸(Dab)、Q还原葡糖胺、KCOpipzaa、Hgl、Nmm、Ndm或赖氨酸(K);
X6是天冬酰胺(N)或N-甲基化谷氨酸(E)、N-甲基化天冬酰胺、N-甲基化苯丙氨酸(F)或其取代(例如Q还原葡糖胺、MeE、MeN、Me3Py、MeF、MeF4C或N);
X7是W1Me、W1Me7Cl或W1Me7N;
X8是KCOpipzaa、V、Q还原葡糖胺、Cit、Hcit或K;
X9是W1Me或F23dMe;
X10是T;
X11是hArg、hCit、瓜氨酸(Cit)、A Hgn、天冬酰胺(N)、精氨酸(R)、Har、Nmm、Ndm、谷氨酸(E)、赖氨酸(K);并且
X12是半胱氨酸。
在一些实施例中,式(I)的氨基酸具有式(Ia)的序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X12
式(Ia)。
在一些实施例中,式(I)的氨基酸具有式(Ib)的序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X4-X5-X7-X8-X9-X12
式(Ib)。
在一些实施例中,式(I)的氨基酸具有式(Ic)的序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X6-X7-X8-X9-X12
式(Ic)。
在一些实施例中,本文所述的肽具有根据式(Ia)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X12
式(Ia)
其中,
X1是任何氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是包含芳香族环的氨基酸或其变体、或其N-甲基化氨基酸;
X3是N或其变体;
X4是任何疏水性氨基酸或其变体,
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X6是亲水性氨基酸或具有芳香族环的氨基酸、或其N-甲基化氨基酸;
X7是W或其变体;
X8是任何亲水性氨基酸或其变体;
X9是W或其变体;并且
X12是C或其变体。
在一些实施例中,本文所述的肽具有根据式(Ib)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X4-X5-X7-X8-X9-X12
式(Ib)
其中,
X1是任何氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是包含芳香族环的氨基酸或其变体、或其N-甲基化氨基酸;
X4是任何疏水性氨基酸或其变体,
X5是亲水性氨基酸或其变体;
X7是W或其变体;
X8是N-甲基化氨基酸;
X9是W或其变体;并且
X12是C或其变体。
在一些实施例中,本文所述的肽具有根据式(Ic)的氨基酸序列或其药学上可接受的盐,
X1-X2-X6-X7-X8-X9-X12
式(Ic)
其中,
X1是任何氨基酸(例如,D-氨基酸);
X2是包含芳香族环的氨基酸或其变体、或其N-甲基化氨基酸;
X6是N-甲基氨基酸;
X7是W或其变体;
X8是N-甲基氨基酸;
X9是W或其变体;并且
X12是C或其变体。
在一些实施例中,具有式(I)、(Ia)、(Ib)和/或(Ic)的肽是单环的。在一些实施例中,在X1处的氨基酸与半胱氨酸或半胱氨酸的取代结合。
在一些实施例中,肽或其盐包含与选自SEQ ID NO:1-171的序列至少95%同一的氨基酸序列,或与选自SEQ ID NO:1-171的序列中的任一个相比通过保守变体具有多达1、2、3、4或5个取代的序列。
在一些实施例中,肽或其盐由选自SEQ ID NO:1-171的氨基酸序列组成。
在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的氨基酸序列组成,并且该肽具有环状结构,该环状结构在第12位残基处具有半胱氨酸残基或其变体,并且其中在X1处的氨基酸(例如,氯乙酰化氨基酸)与在第12位残基处的半胱氨酸残基或其变体形成共价键(例如,通过将X1氨基酸中的氯乙酰基基团与半胱氨酸残基或其变体反应)。
在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:123-149和164的氨基酸序列组成,并且该肽具有环状结构,该环状结构在第10位残基处具有半胱氨酸残基或其变体,并且其中在X1处的氨基酸(例如,氯乙酰化氨基酸)与在第10位残基处的半胱氨酸残基或其变体形成共价键。
在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,肽具有至多100nM的对人EphA2的结合亲和力。
在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,肽具有至多1nM的对人EphA2的结合亲和力。
在一些实施例中,本披露的肽与人EphA2的配体结合结构域(LBD)结合。
在一些实施例中,本披露的肽与根据SEQ ID NO:276的人EphA2的Asp53和/或Glu157具有良好的接触。在一些实施例中,本披露的肽与根据SEQ ID NO:276的人EphA2的Asp53和/或Glu157相互作用。在一些实施例中,本披露的肽与根据SEQ ID NO:277的人EphA2的Asp53和/或Glu157相互作用。相互作用可以是形成一个或多个氢键、范德华相互作用、偶极-偶极相互作用或π-π堆积相互作用。
在一些实施例中,本披露的肽与人EphA2在选自以下的一个或多个残基处相互作用:Asp53、Met55、Asn57、Met59、Met66、Thr101、Arg103、Phe156、Glu157、Arg159、Val161、Val189和Ala190。在一些实施例中,本披露的肽与人EphA2的Asp53和Glu157结合。在一些实施例中,式(I)的氨基酸残基X5与人EphA2的Glu157相互作用。在一些实施例中,式(I)的氨基酸残基X6与人EphA2的Arg159相互作用。在一些实施例中,式(I)的氨基酸残基X7与人EphA2的Phe156、Thr101、Asn57、Val161、Met59、Ala190和Met66中的一个或多个相互作用。在一些实施例中,式(I)的氨基酸残基X9与Phe156、Arg103和Val189中的一个或多个相互作用。在一些实施例中,式(I)的氨基酸残基X11与人EphA2的Asp53相互作用。在一些实施例中,式(I)的氨基酸残基X7与人EphA2的人EphA2的Phe156形成π-π堆积相互作用。在一些实施例中,式(I)的氨基酸残基X9与人EphA2的Phe156形成π-π堆积相互作用。在一些实施例中,式(I)的氨基酸残基X2经由分子间芳香族H-键相互作用与人EphA2蛋白的C70的主链羰基相互作用。
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X2位于距该人EphA2的C70小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Phe156小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Thr101小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Asn57小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Val161小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Met59小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Ala190小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Met66小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X9位于距该人EphA2的Phe156小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X9位于距该人EphA2的Asn3小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X9位于距该人EphA2的Arg103小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X9位于距该人EphA2的Val189小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X8位于距该人EphA2的Phe156小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X2位于距该人EphA2的C70小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Phe156小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X9位于距该人EphA2的Thr101小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X8位于距该人EphA2的Asn57小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Val161小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Met59小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Ala190小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X7位于距该人EphA2的Met66小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X2位于距该人EphA2的Arg103小于
在一些实施例中,当具有式(I)的肽或包含该肽的缀合物与人EphA2结合时,式(I)的氨基酸残基X9位于距该人EphA2的Val189小于
在某些实施例中,肽具有如在37℃下在人血浆中体外确定的至少50、100、150、200、250、300、350、400、450或500分钟的血浆半衰期(T1/2)。在某些实施例中,肽具有如在37℃下在人血浆中体外确定的至少250分钟的血浆半衰期(T1/2)。
在一些实施例中,本披露的缀合物具有式(III-1)的结构,
其中-接头-代表接头。
在一些实施例中,包含具有式(I)的环状肽的缀合物具有式(III-2)的结构,
其中
X1-X12具有上述定义,并且Lcyc是共价连接X1和X12的闭环基团;并且
-接头-代表接头。
在一些实施例中,Lcyc是选自表4B的基团。在一些实施例中,Lcyc由表4C中第一和第二官能团反应形成。在一些实施例中,Lcyc是-C(=O)-CH2-。在一些实施例中,Lcyc是-C(=O)-CH2-,其通过氯乙酰化(或溴乙酰化)氨基酸与半胱氨酸反应形成。在一些实施例中,Lcyc是-C(=O)-CH2-S-,其通过氯乙酰化(或溴乙酰化)氨基酸与包含SH基团的氨基酸反应形成。
在一些实施例中,本文披露的肽或其药学上可接受的盐具有环状结构,该环状结构具有在第一个残基X1处的氨基酸(例如,氯乙酰化氨基酸)和半胱氨酸残基或其变体,并且其中该在X1处的氨基酸(例如,该氯乙酰化氨基酸)与该半胱氨酸残基或其变体结合。在一些实施例中,本文披露的肽或其药学上可接受的盐具有环状结构,该环状结构具有在第一个残基X1处的氨基酸(例如,氯乙酰化氨基酸)和半胱氨酸残基或其变体,并且其中该在X1处的氨基酸(例如,该氯乙酰化氨基酸)与该半胱氨酸残基或其变体形成共价键。在一些实施例中,本文披露的肽或其药学上可接受的盐具有环状结构,该环状结构具有在第一个残基X1处的溴乙酰化氨基酸和半胱氨酸残基或其变体,并且其中该在X1处的溴乙酰化氨基酸与该半胱氨酸残基或其变体形成共价键。
在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的氨基酸序列组成,并且肽具有环状结构,该环状结构在第12位残基(X12)处具有半胱氨酸残基或其变体。在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的氨基酸序列组成,并且肽具有环状结构,该环状结构在第12位残基(X12)处具有半胱氨酸残基或其变体,并且其中氯乙酰化氨基酸与在第12位残基处的半胱氨酸残基或其变体形成共价键。在一些实施例中,氯乙酰基基团可以被溴乙酰基基团替代。
在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:123-149和164的氨基酸序列组成,并且肽具有环状结构,该环状结构在第10位残基(X10)处具有半胱氨酸残基或其变体。在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:123-149和164的氨基酸序列组成,并且该肽具有环状结构,该环状结构在第10位残基(X10)处具有半胱氨酸残基或其变体,并且其中在X1处的氨基酸(例如,氯乙酰化氨基酸)与在第10位残基处的半胱氨酸残基或其变体形成共价键。在一些实施例中,氯乙酰基基团可以被溴乙酰基基团替代。
在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:150-157的氨基酸序列组成,并且肽具有环状结构,该环状结构在第8位残基(X8)处具有半胱氨酸残基或其变体。在一些实施例中,该肽由选自SEQ ID NO:150-157的氨基酸序列组成,并且该肽具有环状结构,该环状结构具有氯乙酰化氨基酸和在第8位残基(X8)处的半胱氨酸残基或其变体,并且其中该氯乙酰化氨基酸与在第8位残基处的半胱氨酸残基或其变体形成共价键。在一些实施例中,氯乙酰基基团可以被溴乙酰基基团替代。
在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:158的氨基酸序列组成,并且肽具有环状结构,该环状结构在第7位残基(X7)处具有半胱氨酸残基或其变体。在一些实施例中,该肽由选自SEQ ID NO:158的氨基酸序列组成,并且该肽具有环状结构,该环状结构具有氯乙酰化氨基酸和在第7位残基(X7)处的半胱氨酸残基或其变体,并且其中该氯乙酰化氨基酸与在第7位残基处的半胱氨酸残基或其变体形成共价键。在一些实施例中,氯乙酰基基团可以被溴乙酰基基团替代。
在一些实施例中,本文披露肽或其药学上可接受的盐具有环状结构,该环状结构具有第一个氨基酸与最后一个氨基酸共价连接。
在一些实施例中,该肽或其药学上可接受的盐具有环状结构,该环状结构具有在X1处的氯乙酰化氨基酸和半胱氨酸或取代的半胱氨酸残基,并且其中该在X1处的氯乙酰化氨基酸与该半胱氨酸或取代的半胱氨酸结合。在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:1-171的氨基酸序列组成。在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:1-171的氨基酸序列组成,并且该肽具有环状结构。在一些实施例中,肽由选自SEQ ID NO:1-171的氨基酸序列组成,并且该肽具有环状结构,该环状结构具有氯乙酰化氨基酸和在C末端处的半胱氨酸或取代的半胱氨酸残基,并且其中该氯乙酰化氨基酸与在C末端处的半胱氨酸或取代的半胱氨酸结合。在一些实施例中,该肽具有环状结构,该环状结构包含氯乙酰化氨基酸以及;(i)在第12位残基处的半胱氨酸或取代的半胱氨酸残基,并且其中该氯乙酰化氨基酸与在第12位残基处的半胱氨酸或取代的半胱氨酸结合;或(ii)在第10位残基处的半胱氨酸或取代的半胱氨酸残基,并且其中该氯乙酰化氨基酸与在第10位残基处的半胱氨酸或取代的半胱氨酸结合。在一些实施例中,氯乙酰基基团可以被溴乙酰基基团替代。
例如,具有式(I)的环状肽可具有如下所示的结构
在一些实施例中,包含具有式(I)的环状肽的缀合物具有以下的结构
在一些实施例中,本披露的缀合物具有以下的结构
其中
在一些实施例中,肽或其盐包含与选自以下SEQ ID NO的序列至少95%同一的氨基酸序列:(1)SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的X1-X12,(2)SEQ ID NO:123-149和164的X1-X10,(3)SEQ ID NO:150-157的X1-X8,以及(4)SEQ ID NO:158的X1-X7。在一些实施例中,肽或其盐包含与选自以下SEQ ID NO的序列至少80%、85%、90%、95%或98%同一的氨基酸序列:(1)SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的X1-X12,(2)SEQ ID NO:123-149和164的X1-X10,(3)SEQ ID NO:150-157的X1-X8,以及(4)SEQ ID NO:158的X1-X7。在一些实施例中,肽或其盐由选自以下SEQ ID NO的氨基酸序列组成:(1)SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的X1-X12,(2)SEQ ID NO:123-149和164的X1-X10,(3)SEQ ID NO:150-157的X1-X8,以及(4)SEQ ID NO:158的X1-X7。在一些实施例中,肽或其盐包含氨基酸序列,该氨基酸序列与选自以下的SEQ ID NO的序列相比具有至多1、2、3、4或5个氨基酸残基不同:(1)SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的X1-X12,(2)SEQ ID NO:123-149和164的X1-X10,(3)SEQ ID NO:150-157的X1-X8,以及(4)SEQ ID NO:158的X1-X7。在一些实施例中,肽或其盐包含氨基酸序列,该氨基酸序列对选自以下SEQ ID NO的序列具有至多1、2、3、4或5个添加、缺失和/或取代(包括保守性取代):(1)SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的X1-X12,(2)SEQ ID NO:123-149和164的X1-X10,(3)SEQ ID NO:150-157的X1-X8,以及(4)SEQ IDNO:158的X1-X7。在一些实施例中,肽或其盐包含氨基酸序列,该氨基酸序列对选自以下SEQID NO的序列具有至多1个添加、缺失或取代(包括保守性取代):(1)SEQ ID NO:1-122、159-163和165-171的X1-X12,(2)SEQ ID NO:123-149和164的X1-X10,(3)SEQ ID NO:150-157的X1-X8,以及(4)SEQ ID NO:158的X1-X7。
本披露的示例性肽包括表1中所述的肽。在一些实施例中,表1中的肽具有附接至N末端的-C(=O)-卤素基团。在一些实施例中,表1中的肽具有附接至N末端的-C(=O)-CH2-卤素基团。在一些实施例中,表1中的肽具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-卤素基团。在一些实施例中,表1中的肽具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-CH2-卤素基团。在一些实施例中,表1中的肽具有附接至N末端的-C(=O)-Cl基团。在一些实施例中,表1中的肽具有附接至N末端的-C(=O)-CH2-Cl基团。在一些实施例中,表1中的肽具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-Cl基团。在一些实施例中,表1中的肽具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-CH2-Cl基团。在一些实施例中,表1中的肽具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-Br基团。在一些实施例中,表1中的肽具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-CH2-Br基团。
在一些实施例中,本披露的缀合物具有附接至N末端的-C(=O)-卤素基团。在一些实施例中,本披露的缀合物具有附接至N末端的-C(=O)-CH2-卤素基团。在一些实施例中,本披露的缀合物具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-卤素基团。在一些实施例中,本披露的缀合物具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-CH2-卤素基团。在一些实施例中,本披露的缀合物具有附接至N末端的-C(=O)-Cl基团。在一些实施例中,本披露的缀合物具有附接至N末端的-C(=O)-CH2-Cl基团。在一些实施例中,本披露的缀合物具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-Cl基团。在一些实施例中,本披露的缀合物具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-CH2-Cl基团。在一些实施例中,本披露的缀合物具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-Br基团。在一些实施例中,本披露的缀合物具有在残基位置1(例如,X1)处附接的-C(=O)-CH2-Br基团。在一些实施例中,本披露的缀合物中的肽是单环的。
在一些实施例中,本文所述的缀合物的肽是单环肽,其中在残基位置1(例如,X1)处的-C(=O)-Cl与在残基位置12(例如,X12)处的半胱氨酸形成键。在一些实施例中,本文所述的缀合物的肽是单环肽,其中在残基位置1(例如,X1)处的-C(=O)-CH2-Cl与在残基位置12(例如,X12)处的半胱氨酸形成键。在一些实施例中,本文所述的缀合物中的肽是具有12个氨基酸残基形成环的单环肽。
在一些实施例中,本文所述的缀合物的肽是单环肽,其中在残基位置1(例如,X1)处的-C(=O)-Cl与在残基位置10(例如,X10)处的半胱氨酸形成键。在一些实施例中,本文所述的缀合物中的肽是具有10个氨基酸残基形成环的单环肽。
在一方面,本文描述了一种肽,其对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力,其中该肽与具有包括以下中一个或几个氨基酸的缺失、取代和/或添加的氨基酸序列的肽竞争结合人EphA2:SEQ ID NO:1的氨基酸
da-MeF-N-L-Hgl-MeF-W1Me-V-W1Me-T-E-C(SEQ ID NO:1)
或其药学上可接受的盐。
在一方面,本文描述了一种对肝配蛋白A型受体2(EphA2)具有亲合力的肽,其中该肽与具有如本文所述的式(I)的结构(例如,式(I-1)和式(I-2))的肽或其药学上可接受的盐竞争结合人EphA2。
在一些实施例中,肽在选自以下的一个或多个氨基酸残基处竞争结合人EphA2:Asp53、Met55、Asn57、Met59、Met66、Thr101、Arg103、Phe156、Glu157、Arg159、Val161、Val189和Ala190。在一些实施例中,肽在选自以下的一个或多个氨基酸残基处竞争结合人EphA2:Asp53、Phe156和Glu157。在一些实施例中,肽在Asp53、Glu157或两者处竞争结合人EphA2。
表1中出现的示例性非天然氨基酸的结构可在表3中找到。
如表1或其他表中所述,缩写具有以下含义:
小写d表示D-氨基酸,例如,dF指d-苯丙氨酸;
Me指甲基基团,例如,MeG表示N-甲基-甘氨酸;
Ala或A指丙氨酸;
Arg或R指精氨酸;
Asn或N指天冬酰胺;
Asp或D指天冬氨酸;
Cys或C指半胱氨酸;
Gln或Q指谷氨酰胺;
Gly或G指甘氨酸;
His或H指组氨酸;
Ile或I指异亮氨酸;
Leu或L指亮氨酸;
Lys或K指赖氨酸;
Met或M指甲硫氨酸;
Phe或F指苯丙氨酸;
Pro或P指脯氨酸;
Ser或S指丝氨酸;
Thr或T指苏氨酸;
Trp或W指色氨酸;
Tyr或Y指酪氨酸;
Val或V指缬氨酸;
除非本说明书中另有明确说明,否则非天然氨基酸的缩写按以下含义使用:
Ahp 2-氨基庚酸;
Alb 2-氨基-3-脲基丙酸,例如(S)-2-氨基-3-脲基丙酸(CAS编号1483-07-4);
Da或da 2-氨基丙酸,例如(2R)-2-氨基丙酸;
dkCOpipzaa 2-氨基-6-{[4-(羧基甲基)哌嗪-1-羰基]氨基}己酸,例如(2R)-2-氨基-6-{[4-(羧基甲基)哌嗪-1-羰基]氨基}己酸
Dahp 2-氨基庚酸,例如(2R)-2-氨基庚酸
df3CON 2-氨基-3-(3-氨基甲酰基苯基)丙酸,例如(2R)-2-氨基-3-(3-氨基甲酰基苯基)丙酸(CAS编号1217637-40-5)
MeF 2-(甲基氨基)-3-苯基丙酸,例如(2S)-2-(甲基氨基)-3-苯基丙酸;
Me3Py 2-(甲基氨基)-3-(吡啶-3-基)丙酸,例如(2S)-2-(甲基氨基)-3-(吡啶-3-基)丙酸(CAS编号1979173-93-7)
Nal1 1-萘基丙氨酸;
4Py 2-氨基-3-(吡啶-4-基)丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-(吡啶-4-基)丙酸(CAS编号169555-95-7)
MeHph 2-(甲氨基)-4-苯基丁酸,例如(2S)-2-(甲基氨基)-4-苯基丁酸(CAS编号1065076-30-3);
W7N 2-氨基-3-{1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基}丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-{1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基}丙酸(CAS编号737007-45-3)
QPh 2-氨基-4-(苯基氨基甲酰基)丁酸,例如(2S)-2-氨基-4-(苯基氨基甲酰基)丁酸(CAS编号198134-12-2);
MeF3CN 3-(3-氰基苯基)-2-(甲基氨基)丙酸,例如(2S)-3-(3-氰基苯基)-2-(甲基氨基)丙酸(CAS编号2642331-80-2)
MeF3H 3-(3-羟基苯基)-2-(甲基氨基)丙酸,例如(2S)-3-(3-羟基苯基)-2-(甲基氨基)丙酸
alT 2-氨基-3-羟基丁酸,例如(2S,3S)-2-氨基-3-羟基丁酸;
W1Me 2-氨基-3-(1-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-(1-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸(CAS编号1334509-86-2)
tma 2-氨基-4,4-二甲基戊酸,例如(R)-2-氨基-4,4-二甲基戊酸
Cbg 2-氨基-2-环丁基乙酸,例如(S)-2-氨基-2-环丁基乙酸(CAS编号1391630-31-1)
Chg 2-氨基-2-环己基乙酸,例如(2S)-2-氨基-2-环己基乙酸(CAS编号161321-36-4)
Cba 2-氨基-3-环丁基丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-环丁基丙酸(CAS编号478183-62-9)
KCOpipzaa 2-氨基-6-{[4-(羧基甲基)哌嗪-1-羰基]氨基}己酸,例如(2S)-2-氨基-6-{[4-(羧基甲基)哌嗪-1-羰基]氨基}己酸
Hgn 2-氨基-5-氨基甲酰基戊酸,例如(2S)-2-氨基-5-氨基甲酰基戊酸(CAS编号1263046-43-0)
Hph 高苯丙氨酸;
Nmm 2-氨基-3-(甲基氨基甲酰基)丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-(甲基氨基甲酰基)丙酸(CAS编号149204-93-3)
Ndm 2-氨基-3-(二甲基氨基甲酰基)丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-(二甲基氨基甲酰基)丙酸(CAS编号138585-02-1)
Hcit或hCit 2-氨基-6-(氨基甲酰氨基)己酸,例如(2S)-2-氨基-6-(氨基甲酰氨基)己酸(CAS编号201485-17-8)
Q还原葡糖胺2-氨基-4-{[(2S,3R,4R,5R)-2,3,4,5,6五羟基己基]氨基甲酰基}丁酸,例如(2S)-2-氨基-4-{[(2S,3R,4R,5R)-2,3,4,5,6五羟基己基]氨基甲酰基}丁酸
mBph 3-苯基苯丙氨酸;
MeE 2-(甲基氨基)戊二酸,例如(2S)-2-(甲基氨基)戊二酸;
MeN 3-氨基甲酰基-2-(甲基氨基)丙酸,例如(2S)-3-氨基甲酰基-2-(甲基氨基)丙酸;
MeF4C 3-(4-氯苯基)-2-(甲基氨基)丙酸,例如(2S)-3-(4-氯苯基)-2-(甲基氨基)丙酸(CAS编号1217779-77-5);
Hph 2-氨基-4-苯基丁酸,例如(2S)-2-氨基-4-苯基丁酸;
W1Me7N 2-氨基-3-{1-甲基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基}丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-{1-甲基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基}丙酸(CAS编号1813528-10-7)
W1Me7Cl 2-氨基-3-(7-氯-1-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-(7-氯-1-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸
W6C 6-氯色氨酸;
3Py6NH2 2-氨基-3-(6-氨基吡啶-3-基)丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-(6-氨基吡啶-3-基)丙酸
Cit 2-氨基-5-(氨基甲酰基氨基)戊酸,例如(2S)-2-氨基-5-(氨基甲酰基氨基)戊酸
F23dMe 2-氨基-3-(2,3-二甲基苯基)丙酸,例如(2S)-2-氨基-3-(2,3-二甲基苯基)丙酸(CAS编号1270295-08-3)
F3C 3-氯苯丙氨酸;
Har 2-氨基-6-氨基甲亚胺酰基己酸,例如(2S)-2-氨基-6-氨基甲亚胺酰基己酸(CAS编号776277-76-0);
bA 3-氨基丙酸;
Kac或KAc (2S)-2-氨基-6-乙酰胺基己酸(CAS编号159766-56-0);
dkAc (2R)-2-氨基-6-乙酰胺基己酸(CAS编号320410-22-8);
CdMe (R)-2-氨基-3-巯基-3-甲基丁酸;
C3SMe (2R,3S)-2-氨基-3-巯基丁酸;
C3RMe (2R,3R)-2-氨基-3-巯基丁酸;
4Py2NH2 (S)-2-氨基-3-(2-氨基吡啶-4-基)丙酸;
Hgl (S)-2-氨基己二酸。
所描述的肽的分子量可以变化。在一些实施例中,肽具有约0.1至约25kDa的分子量。在一些实施例中,肽具有约0.2至约20kDa、约0.5至约15kDa、约0.75至约10kDa、约0.5至约10kDa、约0.5至约5kDa、约0.5至约2.5kDa、约0.5至约2kDa、约0.5至约1.5kDa、约0.5至约1kDa、约1至约10kDa、约1至约5kDa、约1至约2.5kDa、约1至约2kDa、约1至约1.5kDa、约1至约1.25kDa或约0.5至约1.25kDa的分子量。在一些实施例中,肽具有约0.5至5kDa的分子量。在一些实施例中,肽具有约0.5至2kDa的分子量。在一些实施例中,肽具有约0.75至1.75kDa的分子量。在一些实施例中,肽具有约1至1.5kDa的分子量。在一些实施例中,肽是单环的。
本文所述的肽可以被环化(即,大环化)。环化可以不太理想地经由单个二硫键实现,或更理想地经由以下实现:肽键、烷基键、烯基键、酯键、硫酯键、醚键、硫醚键、磷酸醚键、偶氮键、C—S—C键、C—N—C键、C=N—C键、C=N—O键、酰胺键、内酰胺桥、氨基甲酰基键、脲键、硫脲键、胺键、硫代酰胺键等,但不限于它们。在一些实施例中,肽是通过以下被环化的环状肽:肽键、烷基键、烯基键、酯键、硫酯键、醚键、硫醚键、磷酸酯醚键、偶氮键、C—N—C键、C=N—C键、C=N—O键、酰胺键、内酰胺桥、氨基甲酰基键、脲键、硫脲键、胺键或硫代酰胺键。在一些实施例中,环状肽通过硫醚键被环化。在一些实施例中,环状肽通过肟环化反应被环化。肽的环化有时可以稳定肽结构,并且从而增强对靶标的亲和力。环化可以发生在N末端和C末端之间,或其可以发生在末端氨基酸和非末端氨基酸之间。在一些实施例中,环化发生在两个非末端氨基酸之间。在一些实施例中,肽通过肟环化被环化。在一些实施例中,肽在半胱氨酸和卤代酰基之间被环化。在一些实施例中,肽在N末端包含卤代乙酰基(例如,氯乙酰基或溴乙酰基)。在一些实施例中,肽在C末端包含卤代乙酰基(例如,氯乙酰基或溴乙酰基)。在一些实施例中,肽在C末端包含Cys。在一些实施例中,肽在N末端包含Cys。在一些实施例中,环化通过Cys和卤代乙酰基基团之间的硫醚键发生。在一些实施例中,环化发生在肽的N末端和C末端之间。
作为用于大环化的氨基酸,例如,可以使用具有以下官能团A的氨基酸和具有相应官能团B的氨基酸(参见表4A)。官能团A或官能团B可以位于N末端侧。具有官能团A的氨基酸和具有官能团B的氨基酸可以各自是N末端氨基酸、C末端氨基酸或非末端氨基酸。在一些实施例中,具有官能团A的氨基酸位于N末端。在一些实施例中,具有官能团A的氨基酸位于C末端。在一些实施例中,具有官能团A的氨基酸位于非末端氨基酸。在一些实施例中,具有官能团B的氨基酸位于N末端。在一些实施例中,具有官能团B的氨基酸位于C末端。在一些实施例中,具有官能团B的氨基酸位于非末端氨基酸。
在一些实施例中,作为氨基酸(I-A),例如可以使用氯乙酰化氨基酸。氯乙酰化氨基酸的实例包括N-氯乙酰基-L-丙氨酸、N-氯乙酰基-L-苯丙氨酸、N-氯乙酰基-L-酪氨酸、N-氯乙酰基-L-色氨酸、N-3-(2-氯乙酰胺基)苯甲酰基-L-苯丙氨酸、N-3-(2-氯乙酰胺基)苯甲酰基-L-酪氨酸、N-3-(2-氯乙酰胺基)苯甲酰基-L-色氨酸、β-N-氯乙酰基-L-二氨基丙酸、γ-N-氯乙酰基-L-二氨基丁酸、σ-N-氯乙酰基-L-鸟氨酸、ε-N-氯乙酰基-L-赖氨酸、N-3-氯甲基苯甲酰基-L-酪氨酸、N-3-氯甲基苯甲酰基-L-色氨酸及与其对应的D-氨基酸衍生物(例如,N-氯乙酰基-D-丙氨酸、N-氯乙酰基-D-苯丙氨酸、N-氯乙酰基-D-酪氨酸和N-氯乙酰基-D-色氨酸)。
表4A.用于环化的官能团
氨基酸(I-B)的实例包括但不限于:半胱氨酸、高半胱氨酸、巯基正缬氨酸、巯基正亮氨酸、2-氨基-7-巯基庚酸、2-氨基-8-巯基辛酸、和通过保护这些氨基酸的SH基团然后消除保护基而获得的氨基酸、以及与其对应的D-氨基酸衍生物。
环化方法可以例如根据以下中描述的方法进行:Kawakami,T.等人,NatureChemical Biology[自然化学生物学]5,888-890(2009);Yamagishi,Y.等人,ChemBioChem[化学与生物化学]10,1469-1472(2009);Sako,Y.等人,Journal of American ChemicalSociety[美国化学学会会刊]130,7932-7934(2008);或WO 2008/117833。
在一些实施例中,例如,可以使用选自以下的氨基酸(II-A):炔丙基甘氨酸、高炔丙基甘氨酸、2-氨基-6-庚炔酸、2-氨基-7-辛炔酸和2-氨基-8-壬炔酸。另外,还可以使用4-戊炔酰化或5-己炔酰化的氨基酸。4-戊炔酰化氨基酸的实例包括N-(4-戊烯酰基)-L-丙氨酸、N-(4-戊烯酰基)-L-苯丙氨酸、N-(4-戊烯酰基)-L-酪氨酸、N-(4-戊烯酰基)-L-色氨酸、N-3-(4-戊炔酰基酰胺基)苯甲酰基-L-苯丙氨酸、N-3-(4-戊炔酰基酰胺基)苯甲酰基-L-酪氨酸、N-3-(4-戊炔酰基酰胺基)苯甲酰基-L-色氨酸、β-N-(4-戊烯酰基)-L-二氨基丙酸、γ-N-(4-戊烯酰基)-L-二氨基丁酸、σ-N-(4-戊烯酰基)-L-鸟氨酸,和ε-N-(4-戊烯酰基)-L-赖氨酸及与其对应的D-氨基酸衍生物。
在一些实施例中,例如,可以使用选自以下的氨基酸(II-B):叠氮基丙氨酸、2-氨基-4-叠氮基丁酸、叠氮基正缬氨酸、叠氮基正亮氨酸、2-氨基-7-叠氮基庚酸和2-氨基-8-叠氮基辛酸。另外,还可以使用叠氮基乙酰化或3-叠氮戊炔酰化的氨基酸。叠氮基乙酰化氨基酸的实例包括N-叠氮基乙酰基-L-丙氨酸、N-叠氮基乙酰基-L-苯丙氨酸、N-叠氮基乙酰基-L-酪氨酸、N-叠氮基乙酰基-L-色氨酸、N-3-(4-戊炔酰基酰胺基)苯甲酰基-L-苯丙氨酸、N-3-(4-戊炔酰基酰胺基)苯甲酰基-L-酪氨酸、N-3-(4-戊炔酰基酰胺基)苯甲酰基-L-色氨酸、β-N-叠氮基乙酰基-L-二氨基丙酸、γ-N-叠氮基乙酰基-L-二氨基丁酸、α-N-叠氮基乙酰基-L-鸟氨酸和ε-N-叠氮基乙酰基-L-赖氨酸及与其对应的D-氨基酸衍生物。
环化方法可以例如根据以下中描述的方法进行:Sako,Y.等人,Journal ofAmerican Chemical Society[美国化学会志]130,7932-7934(2008)或WO 2008/117833。
氨基酸(III-A)的实例包括但不限于N-(4-氨基甲基-苯甲酰基)-苯丙氨酸(AMBF)和4-3-氨基甲基酪氨酸。
氨基酸(III-B)的实例包括但不限于5-羟基色氨酸(WoH)。环化方法可以例如根据以下中描述的方法进行:Yamagishi,Y.等人,ChemBioChem[化学与生物化学]10,1469-1472(2009)或WO 2008/117833。
氨基酸(IV-A)的实例包括但不限于2-氨基-6-氯-己炔酸、2-氨基-7-氯-庚炔酸和2-氨基-8-氯-辛炔酸。
氨基酸(IV-B)的实例包括但不限于:半胱氨酸、高半胱氨酸、巯基正缬氨酸、巯基正亮氨酸、2-氨基-7-巯基庚酸、和2-氨基-8-巯基辛酸、通过保护这些氨基酸的SH基团然后消除保护基而获得的氨基酸、以及与其对应的D-氨基酸衍生物。环化方法可以例如按照WO2012/074129中描述的方法进行。
氨基酸(V-A)的实例包括但不限于N-3-氯甲基苯甲酰基-L-苯丙氨酸、N-3-氯甲基苯甲酰基-L-酪氨酸和N-3-氯甲基苯甲酰基-L-色氨酸。
氨基酸(V-B)的实例包括但不限于:半胱氨酸、高半胱氨酸、巯基正缬氨酸、巯基正亮氨酸、2-氨基-7-巯基庚酸、和2-氨基-8-巯基辛酸、和通过保护这些氨基酸的SH基团然后消除保护基而获得的氨基酸、以及与其对应的D-氨基酸衍生物。
氨基酸I-A至V-A和I-B至V-B可以通过本文所述的化学合成或翻译与合成以已知方式被引入至肽中。在一些实施例中,环化反应包含使用包含硫烷基基团的氨基酸(例如,半胱氨酸、高半胱氨酸、巯基正缬氨酸、巯基缬氨酸、巯基正亮氨酸、2-氨基-7-巯基庚酸和2-氨基-8-巯基辛酸)形成硫醚键。
本文所述的肽可以包含一个或多个带负电荷氨基酸和/或一个或多个带正电荷氨基酸。带正电荷氨基酸包括例如赖氨酸、精氨酸、组氨酸和含有另外胺基基团的氨基酸。带正电荷氨基酸可以包含具有一个或多个环氮原子的杂芳基取代,例如吡啶、咪唑、吡唑或三唑。带负电荷氨基酸包括例如含有另外的羧酸基团的氨基酸,例如谷氨酸等。
在一些实施例中,具有式(I)、式(I-1)、式(I-2)、式(Ia)、式(Ib)或式(Ic)的环状肽具有-3至+1的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有-3的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有-2的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有-1的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有0的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有+1的净电荷。在一些实施例中,具有式(I)、式(I-1)、式(I-2)、式(Ia)、式(Ib)或式(Ic)的环状肽具有至多-4的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有-4的净电荷。在一些实施例中,具有式(I)、式(I-1)、式(I-2)、式(Ia)、式(Ib)或式(Ic)的环状肽具有至少+2的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有+2的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有+3的净电荷。净电荷可以通过累加X1至X12个氨基酸中的每一个(或肽中氨基酸中的每一个)的电荷来确定。例如,天冬氨酸(D)和谷氨酸(E)各自具有-1的电荷,赖氨酸(K)、精氨酸(R)和组氨酸(H)各自具有+1的电荷,并且其余标准氨基酸各自具有0的电荷。
在一些实施例中,具有式(I)的(环)肽具有-3至+1的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有-3的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有-2的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有-1的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有0的净电荷。在一些实施例中,环状肽具有+1的净电荷。净电荷可以通过累加(环)肽中每个氨基酸的电荷来确定。
在一些实施例中,本文所述的(环)肽(例如,具有式(I)、式(I-1)、式(I-2)、式(Ia)、式(Ib)或式(Ic)的(环)肽)被配置为以规定的亲和力与EphA2结合,例如,以血浆蛋白白蛋白结合(PPB)百分比来测量。结合%可通过HSA-HPLC法(通过固定化人血清白蛋白-HPLC测量药物蛋白结合)确定。PPB可通过HPLC(例如,实例B3)或本领域已知的其他合适方法体外确定。在一些实施例中,根据实例B3中所述的条件,如通过HPLC所确定,1%至99%的环状肽在体外与人血清白蛋白(HSA)结合。在一些实施例中,如通过HPLC所确定,约2%至约99%、约5%至约99%、约10%至约99%、约20%至约99%、约30%至约99%、约40%至约99%、约50%至约99%、约60%至约99%、约70%至约99%或约80%至约99%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约10%至约95%的环状肽在体外与HSA结合(即,约10%至约95%的PPB)。在一些实施例中,约20%至约90%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约20%至约60%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约40%至约95%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约40%至约80%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约40%至约60%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约60%至约99%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约60%至约95%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约60%至约80%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约60%至约70%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约40%至约50%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约50%至约60%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约70%至约80%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约80%至约99%的环状肽在体外与HSA结合。在一些实施例中,约80%至约85%的环状肽在体外与HSA结合。
在一些实施例中,本文所述的缀合物(例如,包含具有式(I)、式(I-1)、式(I-2)、式(Ia)、式(Ib)或式(Ic)的(环)肽的缀合物)被配置成以规定的亲和力与血浆蛋白结合,例如,以血浆蛋白白蛋白结合(PPB)百分比来测量。PPB可通过HPLC(例如,实例B3)或本领域已知的其他合适方法体外确定。在一些实施例中,根据实例B3中所述的条件,如通过HPLC所确定,1%至99%的缀合物在体外与人血清白蛋白(HSA)结合。在一些实施例中,如通过HPLC所确定,约2%至约99%、约5%至约99%、约10%至约99%、约20%至约99%、约30%至约99%、约40%至约99%、约50%至约99%、约60%至约99%、约70%至约99%或约80%至约99%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约10%至约95%的缀合物在体外与HSA结合(即,约10%至约95%的PPB)。在一些实施例中,约20%至约90%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约20%至约60%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约40%至约95%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约40%至约80%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约40%至约60%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约60%至约99%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约60%至约95%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约60%至约80%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约60%至约70%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约40%至约50%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约50%至约60%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约70%至约80%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约80%至约99%的缀合物在体外与HSA结合。在一些实施例中,约80%至约85%的缀合物在体外与HSA结合。
在一些实施例中,具有式(I)、式(I-1)、式(I-2)、式(Ia)、式(Ib)或式(Ic)的(环)肽不含任何S-S键。
在一些实施例中,本披露的肽可以通过形成如表4B所示的基团而环化。
表4B.闭环基团(m和n独立地是0或1至6的整数。)
在一些实施例中,m是0并且n是0。在一些实施例中,m是0。在一些实施例中,m是1。在一些实施例中,m是2。在一些实施例中,m是3。在一些实施例中,m是4。在一些实施例中,m是5。在一些实施例中,m是6。在一些实施例中,n是0。在一些实施例中,n是1。在一些实施例中,n是2。在一些实施例中,n是3。在一些实施例中,n是4。在一些实施例中,n是5。在一些实施例中,n是6。
在一些实施例中,本披露的肽(例如,具有式(I)、(Ia)、(Ib)和(Ic)的肽)可以通过使第一官能团与第二官能团反应而环化,参见表4C。在一些实施例中,第一官能团位于N末端。在一些实施例中,第一官能团位于非末端氨基酸。在一些实施例中,第二官能团位于C末端。在一些实施例中,第二官能团位于非末端氨基酸。
表4C.闭环基团的形成
在一些实施例中,包含表1的肽中的任一个的缀合物可以进一步包含在肽的N和/或C末端处的氨基酸残基,其不是环状结构的一部分。在一些实施例中,缀合物进一步包含接头。
本文所述的肽可以是肽模拟物。例如,肽可以包含非肽键,并且它可以包含一个或多个非天然氨基酸。除非另有说明,否则本文所述的肽中的氨基酸中的每一个(天然氨基酸甘氨酸除外)可以独立地以其D或L形式存在。D型和L形式均涵盖在本披露中。
在本披露中,术语“氨基酸”涵盖氨基酸衍生物。衍生物包括例如通过对构成由细胞DNA编码的生物物质产生的蛋白质的天然氨基酸进行修饰而获得的氨基酸。此类非天然氨基酸的实例包括羟基脯氨酸和羟基赖氨酸(该羟基脯氨酸和羟基赖氨酸是具有被引入其中的羟基基团的氨基酸)以及二氨基丙酸(该二氨基丙酸是具有被引入其中的氨基基团的氨基酸)。
本文所述的肽可以包含N-取代的氨基酸。在一些实施例中,N-取代的氨基酸是色氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸、精氨酸、组氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、赖氨酸或缬氨酸的衍生物。在一些实施例中,N-取代是N-烷基,例如N-甲基和N-乙基。在一些实施例中,N-取代是N-甲基。在一些实施例中,N-取代是N-芳基,例如N-苯基或N-联苯基。在一些实施例中,N-取代是N-杂芳基,例如N-吡啶基。在一些实施例中,N-取代的氨基酸位于肽的N末端。在一些实施例中,N-取代的氨基酸是非末端氨基酸。
在一些实施例中,本文所述的肽包含表5A至5F中的一种或多种氨基酸。
表5A.N末端或C末端处的示例性氨基酸
表5B.与肽交联的示例性氨基酸
表5C.D-氨基酸
表5D.示例性N-烷基氨基酸
表5D中的示例性烷基基团包括甲基、乙基和丙基基团。
表5E.示例性类肽嵌段
表5F.示例性非天然氨基酸
本披露的肽中使用的氨基酸可以被类似的氨基酸取代。在一些实施例中,氨基酸可以被另一个具有类似疏水性的氨基酸取代。在一些实施例中,氨基酸可以被另一个具有类似亲水性的氨基酸取代。在一些实施例中,氨基酸可以被另一个具有类似大小的氨基酸取代。在一些实施例中,氨基酸可以被另一个具有类似电荷的氨基酸取代。在一些实施例中,氨基酸可以被另一个具有类似官能团的氨基酸取代。在一些实施例中,氨基酸可以被另一个具有相同官能团的氨基酸取代。
在一些实施例中,本文所述的氨基酸可以被其变体替代。氨基酸取代或变体的实例包括具有胺、酰胺、酯或羧基基团作为其C末端和/或N末端的衍生物。氨基酸/肽变体的另外的实例包括通过修饰例如磷酸化、烷基化(例如,甲基化)、乙酰化、腺苷酰化、ADP-核糖基化或糖基化获得的那些,以及通过与另一个肽或蛋白质融合获得的融合蛋白。这些变体可以由本领域技术人员以已知方式或基于其的方法制备。氨基酸变体进一步涵盖具有相同官能团但侧链长度不同的氨基酸(例如,LysAc相比于OrnAc以及半胱氨酸相比于高半胱氨酸)。氨基酸变体进一步涵盖与标准氨基酸相比具有不同芳香族部分的氨基酸(例如,色氨酸中的吲哚相比于7-AzaTrp中的7-氮杂吲哚;苯丙氨酸中的苯基相比于4Py中的吡啶)。氨基酸变体进一步涵盖具有任选取代基的氨基酸,即,任选取代的氨基酸。在一些实施例中,任选取代的氨基酸任选地被独立地选自以下的一个或多个取代基取代:卤素、羟基、氰基、氨基、酰胺、硝基、脲基、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C6-C10芳基、C3-C6环烷基、6-10元杂环烷基和6-10元杂芳基。在一些实施例中,任选取代的氨基酸任选地被独立地选自以下的一个或多个取代基取代:卤素、-CN、-NH2、-NH(烷基)、-N(烷基)2、氧代、-OH、-CO2H、-CO2烷基、-C(=O)NH2、-C(=O)NH(烷基)、-C(=O)N(烷基)2、-S(=O)2NH2、-S(=O)2NH(烷基)、-S(=O)2N(烷基)2、烷基、环烷基、氟烷基、杂烷基、烷氧基、氟烷氧基、杂环烷基、芳基、杂芳基、芳氧基、烷硫基、芳硫基、烷基亚砜、芳基亚砜、烷基砜和芳基砜。在一些实施例中,取代基可以包括本文所述的任何取代基,例如:卤素、羟基、氧代(=O)、硫代(=S)、氰基(-CN)、硝基(-NO2)、亚氨基(=N-H)、肟基(=N-OH)、肼基(=N-NH2)、SF5、-Rb-ORa、-Rb-OC(O)-Ra、-Rb-OC(O)-ORa、-Rb-OC(O)-N(Ra)2、-Rb-N(Ra)2、-Rb-C(O)Ra、-Rb-C(O)ORa、-Rb-C(O)N(Ra)2、-Rb-O-Rc-C(O)N(Ra)2、-Rb-N(Ra)C(O)ORa、-Rb-N(Ra)C(O)Ra、-Rb-N(Ra)S(O)tRa(其中t是1或2)、-Rb-S(O)tRa(其中t是1或2)、-Rb-S(O)tORa(其中t是1或2),以及-Rb-S(O)tN(Ra)2(其中t是1或2);以及烷基、烯基、炔基、芳基、芳烷基、芳烯基、芳炔基、环烷基、环烷基烷基和杂环,其中任何一个均可以任选地被以下取代:烷基、烯基、炔基、卤素、卤代烷基、卤代烯基、卤代炔基、氧代(=O)、硫代(=S)、氰基(-CN)、硝基(-NO2)、亚氨基(=N-H)、肟基(=N-OH)、肼(=N-NH2)、-Rb-ORa、-Rb-OC(O)-Ra、-Rb-OC(O)-ORa、-Rb-OC(O)-N(Ra)2、-Rb-N(Ra)2、-Rb-C(O)Ra、-Rb-C(O)ORa、-Rb-C(O)N(Ra)2、-Rb-O-Rc-C(O)N(Ra)2、-Rb-N(Ra)C(O)ORa、-Rb-N(Ra)C(O)Ra、-Rb-N(Ra)S(O)tRa(其中t是1或2)、-Rb-S(O)tRa(其中t是1或2)、-Rb-S(O)tORa(其中t是1或2),以及-Rb-S(O)tN(Ra)2(其中t是1或2);其中每个Ra独立地选自氢、烷基、环烷基、环烷基烷基、芳基、芳烷基和杂环,其中每个Ra,在化合价允许的情况下,可以任选地被以下取代:烷基、烯基、炔基、卤素、卤代烷基、卤代烯基、卤代炔基、氧代(=O)、硫代(=S)、氰基(-CN)、硝基(-NO2)、亚氨基(=N-H)、肟基(=N-OH)、肼(=N-NH2)、-Rb-ORa、-Rb-OC(O)-Ra、-Rb-OC(O)-ORa、-Rb-OC(O)-N(Ra)2、-Rb-N(Ra)2、-Rb-C(O)Ra、-Rb-C(O)ORa、-Rb-C(O)N(Ra)2、-Rb-O-Rc-C(O)N(Ra)2、-Rb-N(Ra)C(O)ORa、-Rb-N(Ra)C(O)Ra、-Rb-N(Ra)S(O)tRa(其中t是1或2)、-Rb-S(O)tRa(其中t是1或2)、-Rb-S(O)tORa(其中t是1或2),以及-Rb-S(O)tN(Ra)2(其中t是1或2);并且其中每个Rb独立地选自直接键或者直链或支链亚烷基、亚烯基或亚炔基链,并且每个Rc是直链或支链亚烷基、亚烯基或亚炔基链。
在一些实施例中,氨基酸的变体选自具有基于氨基酸的一个、两个或三个取代基的氨基酸,并且其中这些取代基独立地选自卤素、-CN、-NH2、-NH(C1-C3烷基)、-N(C1-C3烷基)2、氧代、-OH、-CO2H、-CO2-C1-C3烷基、-C(=O)NH2、-C(=O)NH(C1-C3烷基)、-C(=O)N(C1-C3烷基)2、-S(=O)2NH2、-S(=O)2NH(C1-C3烷基)、-S(=O)2N(C1-C3烷基)2、C1-C6烷基、C1-C6杂烷基、C1-C6烷氧基、C6-C10芳基、C3-C6环烷基、6-10元杂环烷基和6-10元杂芳基。
在一些实施例中,变体选自具有基于氨基酸的一个或两个取代基的氨基酸,并且其中这些取代基独立地选自卤素、-CN、-NH2、-NH(C1-C3烷基)、-N(C1-C3烷基)2、氧代、-OH、-CO2H、-CO2-C1-C3烷基、-C(=O)NH2、-C(=O)NH(C1-C3烷基)、-C(=O)N(C1-C3烷基)2和C1-C6烷基。在一些实施例中,变体选自具有基于氨基酸的一个或两个取代基的氨基酸,并且其中这些取代基独立地选自卤素、-CN、-NH2、-NH(C1-C3烷基)、-N(C1-C3烷基)2和C1-C6烷基。在一些实施例中,变体选自具有基于氨基酸的一个或两个取代基的氨基酸,并且其中这些取代基独立地选自C1-C6烷基。
在一些实施例中,氨基酸的变体选自与该氨基酸相比具有类似亲水性或疏水性的氨基酸。因此,在一些实施例中,带正电荷氨基酸可以是另一种带正电荷氨基酸的变体。在一些实施例中,带负电荷氨基酸可以是另一种带负电荷氨基酸的变体。在一些实施例中,两性离子氨基酸可以是另一种两性离子氨基酸的变体。
在一些实施例中,亲水性氨基酸具有带电荷侧链。在一些实施例中,亲水性氨基酸具有正电荷。在一些实施例中,亲水性氨基酸具有负电荷。在一些实施例中,亲水性氨基酸是两性离子的(例如,KCOpipzaa)。在一些实施例中,亲水性氨基酸包含-OH、COOH、-NH-或NH2部分。在一些实施例中,亲水性氨基酸包含-OH、-C(O)OH、-NHC(=NH)NH2、-NHC(O)NH2、-C(O)NH2或-NHC(O)CH3。在一些实施例中,亲水性氨基酸包含以下侧链:C1-C6羟基烷基、C1-C6氨基烷基、-C0-6亚烷基-NH-C(=NH)-NH2、-C0-6亚烷基-CO-NH2、-C0-6亚烷基-COOH或-NH-CO-C1-6烷基。
在一些实施例中,疏水性氨基酸不带电荷。在一些实施例中,疏水性氨基酸包含至少2个连续碳原子。在一些实施例中,疏水性氨基酸包含至少3个连续碳原子,可以是直链的或支链的。在一些实施例中,疏水性氨基酸包含至少4个连续碳原子,可以是直链的或支链的。在一些实施例中,疏水性氨基酸包含至少5个连续碳原子,可以是直链的或支链的。在一些实施例中,疏水性氨基酸在侧链中包含亚乙基部分。在一些实施例中,疏水性氨基酸在侧链中包含亚丙基部分。在一些实施例中,疏水性氨基酸在侧链中包含亚丁基部分。在一些实施例中,疏水性氨基酸包含苯基部分。在一些实施例中,疏水性氨基酸包含杂芳基部分。在一些实施例中,疏水性氨基酸是Trp、Tyr、Phe或其衍生物。
在一些实施例中,氨基酸的变体选自具有与该氨基酸相同官能团的氨基酸,并且其中该变体与该氨基酸相比具有不同的侧链长度。在一些实施例中,氨基酸的变体选自与该氨基酸相比具有相同电荷的氨基酸。在一些实施例中,氨基酸的变体选自与该氨基酸相比具有相同极性的氨基酸。在一些实施例中,包含芳香族基团的氨基酸可以是另一种具有芳香族基团的氨基酸的变体。在一些实施例中,包含苯基的氨基酸可以是另一种包含苯基的氨基酸的变体。在一些实施例中,包含杂芳基的氨基酸可以是另一种包含杂芳基的氨基酸的变体。具有芳香族基团的氨基酸包括但不限于F、W、Me3Py、MeF、MeF3H、MeFCN、MeF4F、MeF3F、MeFCON、F23dMe、df3CON、W1Me、W1Me7Cl、W1Me7N、W1Et、7-AzaTrp、W1Me7Br、W1Me7OMe、W1Me6O7Cl、d4PyCON、W7Me、dDab-NH2-Ph3-SO2F、dDap-NH2-Ph3-SO2F、dDap-NH2-Ph4-SO2F、MeF4C、4Py、3Py6NH2、4Py2NH2和Me4Py。在一些实施例中,包含环烷基基团的氨基酸可以是另一种具有环烷基基团的氨基酸的变体。在一些实施例中,包含杂环烷基基团的氨基酸可以是另一种具有杂环烷基基团的氨基酸的变体。
在一些实施例中,氨基酸的变体选自具有与该氨基酸类似的极性和/或电荷的氨基酸。例如,在一些实施例中,极性、不带电荷的氨基酸可以是另一种极性、不带电荷的氨基酸的变体(例如,Hgn、Q、S、T、Q还原葡糖胺),
在一些实施例中,氨基酸的变体具有与该氨基酸相同数量的氢供体。在一些实施例中,氨基酸的变体具有与该氨基酸相同数量的氢受体。
在一些实施例中,变体与氨基酸相比具有变化不超过14、28、30、45或60g/mol的分子量。在一些实施例中,变体与氨基酸相比具有变化不超过14g/mol的分子量。在一些实施例中,变体与氨基酸相比具有变化不超过50g/mol的分子量。在一些实施例中,变体与氨基酸相比具有变化不超过28g/mol的分子量。
氨基酸变体进一步涵盖氨基酸,其中官能团被具有类似特性的另一个官能团取代,例如,半胱氨酸可以被高半胱氨酸取代。在一些实施例中,芳基官能团可以被芳基或杂芳基基团取代。在一些实施例中,杂芳基官能团可以被芳基或杂芳基基团取代。在一些实施例中,氨基官能团可以被NH(烷基)取代。
如本文所用,表述“保守性氨基酸取代”是指功能等同或相似的氨基酸的取代。肽中的保守性氨基酸取代会引起肽的氨基酸序列发生静态变化。例如,一个或两个或更多个具有类似极性的氨基酸在功能上彼此等同,并引起肽的氨基酸序列中的静态变化。一般而言,某一特定基团内的取代在结构和功能方面可被认为是保守性的。然而,正如对于本领域普通技术人员而言是清楚的,特定氨基酸残基所起的作用可以通过其在含有氨基酸的分子的三维结构中的影响来确定。例如,氧化型(二硫化物)形式的半胱氨酸残基可能具有比还原型(硫醇)形式的半胱氨酸残基更低的极性。精氨酸侧链的长脂肪族部分可能构成结构和功能上重要的特征。此外,包含芳香族环的侧链(色氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸)可能有助于离子-芳香族相互作用或阳离子-π相互作用。在此类情况下,即使具有这些侧链的氨基酸被属于酸性或非极性基团的氨基酸取代,但它们在结构和功能上可能是保守性的。残基例如脯氨酸、甘氨酸、半胱氨酸(二硫化物泡沫)可能会直接影响主链的三维结构,并且通常无法在没有结构扭曲的情况下被取代。
如下所示的保守性氨基酸取代包括基于侧链相似性的特定取代(例如,这些取代描述于以下中:Lehninger,Biochemistry[生物化学],修订版第2版,出版于1975年,第73页至75页:L.Lehninger,Biochemistry[生物化学],第2版,第73-75页,沃斯出版社(WorthPublisher),纽约(1975),通过引用并入本文)和典型的取代。
疏水性氨基酸包括表现出疏水性的氨基酸,包括丙氨酸(也称为“Ala”或简称“A”)、甘氨酸(也称为“Gly”或简称“G”)、缬氨酸(也称为“Val”或简称“V”)、亮氨酸(也称为“Leu”或简称“L”)、异亮氨酸(也称为“Ile”或简称“I”)、脯氨酸(也称为“Pro”或简称“P”)、苯丙氨酸(也称为“Phe”或简称“F”)、色氨酸(也称为“Trp”或简称“W”)、酪氨酸(也称为“Tyr”或简称“Y”)和甲硫氨酸(也称为“Met”或简称“M”)。
示例性疏水性氨基酸可进一步分为以下组:
●脂肪族氨基酸:侧链中具有脂肪酸或氢的氨基酸,包括,例如,Ala、Gly、Val、Ile和Leu。
●脂肪族/支链氨基酸:侧链中具有支链脂肪酸的氨基酸,包括,例如,Val、Ile和Leu。
●芳香族氨基酸:侧链中具有芳香族环的氨基酸,包括,例如,Trp、Tyr和Phe。
在一些实施例中,疏水性氨基酸在侧链(直链、支链或环状碳侧链)中具有4个或更多个碳原子,例如,Leu、Hcit、Cbg、Chg或Cba,其中的每一个任选地被N-甲基化。
亲水性氨基酸包括表现出亲水性的氨基酸,包括例如,丝氨酸(也称为“Ser”或简称“S”)、苏氨酸(也称为“Thr”或简称“T”)、半胱氨酸(也称为“Cys”或简称“C”)、天冬酰胺(也称为“Asn”或简称“N”)、谷氨酰胺(也称为“Gln”或简称“Q”)、天冬氨酸(也称为“Asp”或简称“D”)、谷氨酸(也称为“Glu”或简称“E”)、赖氨酸(也称为“Lys”或简称“K”)、精氨酸(也称为“Arg”或简称“R”)和组氨酸(也称为“His”或“H”)。
示例性亲水性氨基酸可进一步分为以下组:
●酸性氨基酸:侧链表现出酸性的氨基酸,包括Asp和Glu。
●碱性氨基酸:侧链表现出碱性的氨基酸,包括Lys、Arg和His。
●中性氨基酸:侧链表现出中性的氨基酸,包括Ser、Thr、Asn、Gln和Cys。
示例性亲水性氨基酸包括,例如,N、Q、K、G、S、T、E、Aib、Hcit、Cit、Hgn、KCOpipzaa、Har、Nmm、Ndm、Ala、Hgl、3Py6NH2、或其变体(包括D-氨基酸,例如da及变体,例如Q还原葡糖胺,该Q还原葡糖胺向其侧链的NH2末端添加了还原葡糖胺(gulucamine)组分)。
在一些实施例中,本文所述的肽包含影响主链方向的氨基酸,例如,Gly和Pro。在一些实施例中,本文所述的肽包含含硫氨基酸,例如,Cys和Met。在一些实施例中,本文所述的肽包括包含芳香族环的氨基酸,该氨基酸可以任选被取代。包含芳香族环的氨基酸包括:例如,F(Phe;苯丙氨酸)、Y(Tyr;酪氨酸)、W(Trp;色氨酸)。
在一些实施例中,W或其变体可以是W、在侧链中W的吲哚环中具有杂原子的氨基酸、其中W的吲哚环中的NH的氢被取代的氨基酸、或在W的苯环中具有取代基的氨基酸、等。
在一些实施例中,F或其变体可以是F(苯丙氨酸)(一种氨基酸),其中:(i)F的苯基环被各自独立地选自以下的1或2个取代基取代:-OH、-CN、-C1-3烷基,例如-CH3;(ii)任选地被各自独立地选自以下的1或2个取代基取代的6元杂芳基环:–OH、-CN、-C1-3烷基,例如-CH3;或(iii-1)在侧链中F的苯基环上具有杂原子;(iii-2)F的衍生氨基酸,其中侧链上的6元杂芳基环被取代;等。在一些方面,F或其变体任选地被N-甲基化。
在一些实施例中,W、Y或其变体可以是W,Y,具有6元芳基或杂芳基、或通过碳与α-碳(例如,亚甲基基团)连接的9元或10元双环芳基或杂芳基的氨基酸。在一些实施例中,6元、9元和10元杂芳基具有一个杂原子(例如,N),并且其中6元、9元和10元芳基或杂芳基任选地被独立地选自以下的1或2个取代基取代:–甲基、-乙基、-Cl和-F。在某些实施例中,W或Y或其变体是W1Me、W1Me7Cl、或F23dMe、Nal1、Nal2、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、Nal15N、Nal14N、Nal24N、Nal28N、F23dC或W1Me7N。在一些实施例中,W的变体是W1Me。在一些实施例中,W的变体是W1Me7Cl。在一些实施例中,Y的变体是F23dMe。
在一些实施例中,本文所述的氨基酸是N-烷基化的。
在一些实施例中,本文所述的氨基酸不是N-烷基化的(例如,在α-氨基基团上带有-H的氨基酸)。在某些实施例中,此类氨基酸是A、E、N、K、Q还原葡糖胺、KCOpipzaa、Q、Hse、Cit、Hcit、KAc、DapAc、OrnAc、T、alT、Aib或3Py6NH2,更优选为V、Q还原葡糖胺、Cit、Hcit、K或3Py6NH2。
氨基酸的实例包括天然蛋白质L-氨基酸、非天然氨基酸以及具有本领域已知的作为氨基酸特征的特性的化学合成化合物。非天然氨基酸的实例包括但不限于:α,α-双取代的氨基酸(例如α-甲基丙氨酸)、N-烷基-α-氨基酸、D-氨基酸、β-氨基酸和α-羟基酸,各自具有与天然氨基酸不同的主链结构;侧链结构与天然氨基酸不同的氨基酸(例如正亮氨酸和高组氨酸);在其侧链中具有额外亚甲基的氨基酸(例如“高”氨基酸、高苯丙氨酸和高组氨酸);以及通过其侧链中羧酸官能性氨基基团被磺酸基团取代而获得的氨基酸(例如磺基丙氨酸)。
在一些实施例中,本文所述的氨基酸是N-烷基化的。在一些实施例中,本文所述的氨基酸不是N-烷基化的(例如,在α-氨基基团上带有-H的氨基酸)。在某些实施例中,此类氨基酸是A、E、N、K、Q还原葡糖胺、KCOpipzaa、Q、Hse、Cit、Hcit、KAc、DapAc、OrnAc、T、alT、Aib或3Py6NH2,更优选为V、Q还原葡糖胺、Cit、Hcit、K或3Py6NH2。
本文所述的肽可以包含一个或多个非天然氨基酸。非天然氨基酸包括但不限于:(1)对应于表达后经过修饰的多肽上的氨基酸残基的氨基酸(例如,磷酸化酪氨酸、乙酰化赖氨酸、法呢基化半胱氨酸),(2)不能用于核糖体上表达但天然存在的氨基酸,以及(3)天然不存在的人工氨基酸(非天然氨基酸)。非天然氨基酸的非限制性实例包括:对乙酰基-L-苯丙氨酸、对碘-L-苯丙氨酸、对甲氧基苯丙氨酸、O-甲基-L-酪氨酸、对炔丙基氧基苯丙氨酸、对炔丙基-苯丙氨酸、L-3-(2-萘基)丙氨酸、3-甲基苯丙氨酸、O-4-烯丙基-L-酪氨酸、4-丙基-L-酪氨酸、三-O-乙酰基-GlcNAcp-丝氨酸、L-Dopa、氟化苯丙氨酸、异丙基-L-苯丙氨酸、对叠氮基-L-苯丙氨酸、对酰基-L-苯丙氨酸、对苯甲酰基-L-苯丙氨酸、硼苯丙氨酸、O-炔丙基酪氨酸、L-磷酸丝氨酸、膦酰丝氨酸、膦酰酪氨酸、对溴苯丙氨酸、硒代半胱氨酸,对氨基-L-苯丙氨酸、异丙基-L-苯丙氨酸和叠氮基赖氨酸(AzK)。在一些实施例中,非天然氨基酸是酪氨酸氨基酸的非天然类似物;谷氨酰胺氨基酸的非天然类似物;苯丙氨酸氨基酸的非天然类似物;丙氨酸氨基酸的非天然类似物;丝氨酸氨基酸的非天然类似物;苏氨酸氨基酸的非天然类似物;烷基、芳基、酰基、叠氮基、氰基、卤代、肼、酰肼、羟基、烯基、炔基、醚基、硫醇基、磺酰基、硒代、酯基、硫代酸、硼酸根(borate)、硼酸根(boronate)、磷酸基、膦酸基、膦、杂环、烯酮、亚胺、醛、羟胺、酮或氨基取代的氨基酸;或其组合。在一些实施例中,非天然氨基酸是具有光活化交叉接头的氨基酸;自旋标记氨基酸;荧光氨基酸;金属结合氨基酸;含金属氨基酸;光笼蔽和/或光异构化氨基酸;含生物素或生物素类似物的氨基酸;含酮基的氨基酸;包含聚乙二醇或聚醚的氨基酸;重原子取代的氨基酸;可化学切割或可光切割的氨基酸;具有延长的侧链的氨基酸;含有毒性基团的氨基酸;糖取代的氨基酸;碳连接的含糖氨基酸;具有氧化还原活性的氨基酸;含α-羟基的氨基酸;氨基硫代酸;α,α-二取代氨基酸;β-氨基酸;除脯氨酸或组氨酸以外的环状氨基酸,或除苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸以外的芳香族氨基酸。
非天然氨基酸包括例如N-烷基氨基酸,其中上述天然氨基酸被N-烷基化,例如用低级烷基基团(例如C1至C5、C1至C3和C1)修饰的那些,其中形成肽键的氮是支链的或非支链的。示例性的N-烷基氨基酸包括,例如,N-乙基氨基酸、N-丁基氨基酸和N-甲基氨基酸。还包括向天然氨基酸侧链进一步添加官能团或官能团被其他官能团取代的氨基酸(例如,在侧链的部分例如亚芳基基团、亚烷基基团等中具有取代或添加的氨基酸;其中侧链的亚芳基基团或烷基基团具有增加的C原子数的氨基酸;在侧链的芳香族环中具有取代的氨基酸;杂环或稠环氨基酸;或类似物)。示例性的N-烷基氨基酸进一步包括,例如,N-烷基赖氨酸和N-甲基赖氨酸。示例性的N-烷基氨基酸进一步包括,例如,其中结合有白蛋白结合物的N-甲基赖氨酸。
以非限制性方式,非天然氨基酸包括但不限于N-甲基氨基酸、da、kCOpipzaa、dahp、df3CON、4Py、W7N、QPh、alT、W1Me、Cbg、Chg、Cba、Hgl、Hgn、Nmm、Ndm、Hcit、Q还原葡糖胺、Hph、W1Me7N、W1Me7Cl、3Py6NH2、Cit、F23dMe、Har、bA、Kac、dkAc、MeF、Me3Py、MeHph、MeF3CN、MeF3H、MeE、MeN、MeF4C、Nal1、Nal2、W1Et、Nal21N、3Bzf、3Bzt、al15N、Nal14N、Nal24N、Nal28N、F23dMe、F23dC、W1Me7N、W1Me7Cl、Hse、DapAc、OrnAc、Alb等。需要注意的是,D-氨基酸例如da可以被归类为D-氨基酸,但它们也可以根据其侧链的特性进行分类,并且N-甲基氨基酸可以被归类为N-烷基氨基酸,并且也可以根据侧链的特性进行分类。
在一些实施例中,掺入肽中的非天然氨基酸包括以下中的一种或多种:1)酮官能团(如在对位或间位乙酰基-苯丙氨酸中发现的),其可与肼、羟胺及它们的衍生物特异性反应(Addition of the keto functional group to the genetic code of Escherichiacoli.[将酮官能团添加至大肠杆菌(Escherichia coli)的遗传密码中]Wang L,Zhang Z,Brock A,Schultz P G.Proc Natl Acad Sci USA.[美国国家科学院院刊]2003年1月7日;100(1):56-61;Bioorg Med Chem Lett.[生物有机化学与药物化学通讯]2006年10月15日;16(20):5356-9.Genetic introduction of a diketone-containing amino acid intoproteins.[将含二酮氨基酸遗传引入蛋白质]Zeng H,Xie J,Schultz P G),2)叠氮化物(如在对叠氮基苯丙氨酸中发现的),其可经由铜催化的“点击化学”或应变促进的(3+2)环加成反应与炔烃反应,以形成相应的三唑(Addition of p-azido-L-phenylalanine tothe genetic code of Escherichia coli.[将对叠氮基-L-苯丙氨酸添加至大肠杆菌的遗传密码中]Chin J W,Santoro S W,Martin A B,King D S,Wang L,Schultz P G.J AmChem Soc.[美国化学会志]2002年8月7日;124(31):9026-7;Adding amino acids withnovel reactivity to the genetic code of Saccharomyces cerevisiae.[向酿酒酵母的遗传密码中添加具有新反应性的氨基酸]Deiters A,Cropp T A,Mukherji M,Chin J W,Anderson J C,Schultz P G.J Am Chem Soc.[美国化学会志]2003年10月1日;125(39):11782-3),或可与芳基膦通过施陶丁格连接反应的叠氮化物(Selective Staudingermodification of proteins containing p-azidophenylalanine.[含对叠氮苯丙氨酸的蛋白质的选择性施陶丁格修饰]Tsao M L,Tian F,Schultz P G.Chembiochem.[化学与生物化学]2005年12月;6(12):2147-9),以形成相应的酰胺,3)炔烃,其可与叠氮化物反应,以形成相应的三唑(In vivo incorporation of an alkyne into proteins inEscherichia coli.[将炔烃体内掺入大肠杆菌中的蛋白质]Deiters A,Schultz PG.Bioorg Med Chem Lett.[生物有机化学与药物化学通讯]2005年3月1日;15(5):1521-4),以及4)硼酸(硼酸根),其可与含有多于一个适当间距的羟基基团的化合物特异性反应或与卤化化合物经历钯介导的偶联(Angew Chem Int Ed Engl.[德国应用化学国际版]2008;47(43):8220-3.A genetically encoded boronate-containing amino acid.[一种遗传编码的含硼酸根氨基酸],Brustad E,Bushey M L,Lee J W,Groff D,Liu W,SchultzP G)。
本披露的肽包含其各种衍生物。衍生物的实例包括具有酰胺、酯或羧基作为其C末端和/或N末端的衍生物。肽的衍生物的另外的实例包括通过修饰例如磷酸化、甲基化、乙酰化、腺苷酰化、ADP-核糖基化或糖基化获得的那些,以及通过与另一种肽或蛋白质融合获得的融合蛋白。这些衍生物可以由本领域技术人员以已知方式或基于其的方法制备。
在一些实施例中,本文所述的肽包含碱性氨基酸。碱性氨基酸的实例包括精氨酸、赖氨酸、瓜氨酸、鸟氨酸、肌酸、组氨酸、二氨基丁酸和二氨基丙酸。
在一些实施例中,本文提供了与本文披露的任何序列具有90%或更高序列同一性的肽。在一些实施例中,序列同一性是至少95%或99%。
在一些实施例中,肽是双环或多环的。在一些实施例中,本文所述的缀合物包含双环肽。示例性双环肽包括BT5528、BT1718和BT8009的双环靶向肽。示例性双环肽描述于US20180200378、US10441663、US 8680022B2、US20180280525和US20200215199中,其中的每一个在此通过引用以其整体并入。在一些情况下,当肽被环化时,蛋白酶抗性得到改善,代谢稳定性得到改善,并且对构象变化的限制增加,从而刚性增加,并且膜通透性和对靶蛋白的亲和力得到改善。
在一些实施例中,本披露的肽具有环结构,其中氯乙酰化氨基酸与肽中存在的半胱氨酸残基结合。在一方面,肽具有环结构,其中N末端氨基酸与肽中存在的半胱氨酸残基结合。在一些实施例中,肽具有环结构,其中N末端氨基酸与肽中存在的第十三个半胱氨酸残基结合。在一些实施例中,肽具有环结构,其中氯乙酰化N末端氨基酸与肽中存在的第12位半胱氨酸残基结合。可以将“氯乙酰化”替换为使用另一种卤素的“卤乙酰化”。此外,“乙酰化”可以是使用乙酰基基团以外的酰基的“酰化”。
在一些实施例中,肽是套索肽。套索肽可以是合成的,或由细菌自然产生的,并且它们具有独特的螺纹套索折叠,其提供3D功能阵列,用于接合生物靶标。这种套索结构可以实现有益特性,例如亲和力、稳定性和强效生物活性。可以通过算法设计合适的套索结构。示例性套索肽提供于以下中:Hegemann,J.D.,等人,Lasso Peptides:An IntriguingClass of Bacterial Natural Products[套索肽:一类有趣的细菌天然产物],Acc.Chem.Res.[化学研究进展],2015,48,1909-1919;Tietz,J.I.,等人,A new genome-mining tool redefines the lasso peptide biosynthetic landscape[一种新的基因组挖掘工具重新定义了套索肽生物合成景观],Nature Chem Bio[自然-化学生物学],2017,13,470-478;DiCaprio,A.J.,等人,Enzymatic Reconstitution and BiosyntheticInvestigation of the Lasso Peptide Fusilassin[套索肽Fusilassin的酶促重构及生物合成研究],J.Am.Chem.Soc.[美国化学学会杂志],2019,141,290-297;Al Toma,R.S.,等人,Site-Directed and Global Incorporation of Orthogonal and IsostructuralNoncanonical Amino Acids into the Ribosomal Lasso Peptide Capistruin[将正交和等构的非标准氨基酸定点和全局掺入核糖体套索肽Capistruin],ChemBioChem[化学与生物化学],2015,16,503–509。
进一步的示例性肽包括BMS-753493、生长抑素、奥曲肽、奥曲肽酸(Octreotate)、兰瑞肽、帕瑞肽、JR-11、L-779,976、BIM-23120、沙托瑞肽(Satoreotide)、地普奥肽、18F-KYNDRLPLYISNP(SEQ ID NO:274)、CaIX-P1和FAP-2286。
本披露的肽包括其盐。作为肽的盐,使用与生理上可接受的碱或酸形成的盐。实例包括与无机酸(例如盐酸、氢溴酸、氢碘酸、硫酸或磷酸)的加成盐,与有机酸(例如对甲苯磺酸、甲磺酸、草酸、对溴苯磺酸、羧酸、琥珀酸、柠檬酸、苯甲酸或乙酸)、无机碱(例如氢氧化铵、碱或碱土金属氢氧化物、碳酸盐或碳酸氢盐)以及氨基酸的加成盐。
此外,还可以将接头添加至(环)肽。接头的实例包括前述氨基酸接头(肽接头)、化学接头、脂肪酸接头、核酸接头、糖链接头等,或者它可以是复合物,例如化学接头、肽接头等。化学接头的实例包括PEG(聚乙二醇)接头。例如,PEG接头可以包含1至24个乙二醇单元。此外,接头可以是含有衍生自脂肪酸的二价化学部分的脂肪酸接头。接头包括至少一个氨基酸,并且例如可以使用富含甘氨酸的肽,例如具有序列[Gly-Gly-Gly-Gly-Ser]n的肽(在式中,n是1、2、3、4、5或6(SEQ ID NO:275)),例如根据美国专利号7,271,149(通过引用并入本文)的肽,或者根据美国专利号5,525,491(通过引用并入本文)的富含丝氨酸的肽接头。以非限制性方式,存在通过添加接头可以改变肽的物理特性(例如,溶解度)的一些情况。在一方面,氨基酸接头包括根据SEQ ID NO:1至171中的任一个的氨基酸序列。
接头可以添加在任何位置。例如,它可以与位于C末端侧的Cys结合,或可以与环状肽中包含的氨基酸结合。在一些情况下,它与位于C末端侧的Cys或其变体结合。在这种情况下,接头添加至Cys残基上的-COOH。也许有可能将一个至几个氨基酸添加至此类Cys残基的C末端,然后将接头添加至其末端;例如,在环结构肽中,将Gly添加至Cys的C末端,然后将该Gly的-COOH与接头例如PEG接头或氨基酸接头结合。在其他情况下,接头添加至环状肽内氨基酸(优选Lys)的侧链。在这种情况下,例如,接头添加至X5、X8或X10处的Lys的侧链。
EphA2结合肽和具有EphA2拮抗活性的肽
EPH受体A2(肝配蛋白A型受体2)是一种由EPHA2基因编码的人蛋白质。EphA2可能在多种癌症中上调,通常与例如在实体瘤例如乳腺实体瘤、肺实体瘤、胃实体瘤、胰腺实体瘤、前列腺实体瘤、肝实体瘤和胶质母细胞瘤中的病情进展、转移和不良预后相关。
Eph受体酪氨酸激酶(Ephs)属于一大组受体酪氨酸激酶(RTK),这些激酶在酪氨酸残基上磷酸化蛋白质。Eph及其膜结合的肝配蛋白配体(肝配蛋白)可以控制细胞定位和组织结构。功能性和生化性Eph应答可能在更高的配体寡聚化状态下发生。
除其他模式化功能外,各种Eph和肝配蛋白已被证明在血管发育中发挥作用。EphB4和肝配蛋白B2的敲除可以导致毛细血管床重塑为血管的能力丧失,并导致胚胎致死性。在新形成的成人微血管中也观察到一些Eph受体和肝配蛋白的持续表达(Brantley-Sieders等人(2004)Curr Pharm Des[当代药物设计]10,3431-42)。成人体内一些肝配蛋白及其受体失调的重新出现可能有助于肿瘤侵袭、转移和新血管生成。此外,一些Eph家族成员可能在来自多种人肿瘤的肿瘤细胞中过度表达(Booth等人(2002)Nat Med[自然·医学]8,1360-1)。
在一些实施例中,本技术的肽与EphA2结合。在这些实施例的一些实施中,肽具有EphA2拮抗活性。在一些情况下,肽与人EphA2(hEphA2)结合并具有hEphA2拮抗活性。
如本文所用,术语“EphA2”是指任何形式的EphA2及保留至少部分EphA2活性的其变体。除非另有明确描述为人EphA2(hEphA2),否则EphA2包括哺乳动物(诸如,例如,人、狗、猫、马和牛)中EphA2的所有天然序列。EphA2的一个示例是hEphA2(基因ID:1969),其是人EphA2,并且是具有氨基酸序列(SEQ ID NO:276,同种型1,P29317-1)的蛋白质。
MELQAARACFALLWGCALAAAAAAQGKEVVLLDFAAAGGELGWL THPYGKGWDLMQNIMNDMPIYMYSVCNVMSGDQDNWLRTNWVYRGEAERIFIELKFTVRDCNSFPGGASSCKETFNLYYAESDLDYGTNFQKRLFTKIDTIAPDEITVSSDFEARHVKLNVEERSVGPLTRKGFYLAFQDIGACVALLSVRVYYKKCPELLQGLAHFPETIAGSDAPSLATVAGTCVDHAVVPPGGEEPRMHCAVDGEWLVPIGQCLCQAGYEKVEDACQACSPGFFKFEASESPCLECPEHTLPSPEGATSCECEEGFFRAPQDPASMPCTRPPSAPHYLTAVGMGAKVELRWTPPQDSGGREDIVYSVTCEQCWPESGECGPCEASVRYSEPPHGLTRTSVTVSDLEPHMNYTFTVEARNGVSGLVTSRSFRTASVSINQTEPPKVRLEGRSTTSLSVSWSIPPPQQSRVWKYEVTYRKKGDSNSYNVRRTEGFSVTLDDLAPDTTYLVQVQALTQEGQGAGSKVHEFQTLSPEGSGNLAVIGGVAVGVVLLLVLAGVGFFIHRRRKNQRARQSPEDVYFSKSEQLKPLKTYVDPHTYEDPNQAVLKFTTEIHPSCVTRQKVIGAGEFGEVYKGMLKTSSGKKEVPVAIKTLKAGYTEKQRVDFLGEAGIMGQFSHHNIIRLEGVISKYKPMMIITEYMENGALDKFLREKDGEFSVLQLVGMLRGIAAGMKYLANMNYVHRDLAARNILVNSNLVCKVSDFGLSRVLEDDPEATYTTSGGKIPIRWTAPEAISYRKFTSASDVWSFGIVMWEVMTYGERPYWELSNHEVMKAINDGFRLPTPMDCPSAIYQLMMQCWQQERARRPKFADIVSILDKLIRAPDSLKTLADFDPRVSIRLPSTSGSEGVPFRTVSEWLESIKMQQYTEHFMAAGYTAIEKVVQMTNDDIKRIGVRLPGHQKRIAYSLLGLKDQVNTVGIPI(SEQID NO:276)。
人EphA2的另一种异构体可具有根据以下SEQ ID NO:277(异构体2,P29317-2)的序列:
MELQAARACFALLWGCALAAAAAAQGKEVVLLDFAAAGGELGWL THPYGKGWDLMQNIMNDMPIYMYSVCNVMSGDQDNWLRTNWVYRGEAERIFIELKFTVRDCNSFPGGASSCKETFNLYYAESDLDYGTNFQKRLFTKIDTIAPDEITVSSDFEARHVKLNVEERSVGPLTRKGFYLAFQDIGACVALLSVRVYYKKCPELLQGLAHFPETIAGSDAPSLATVAGTCVDHAVVPPGGEEPRMHCAVDGEWLVPIGQCLCQAGYEKVEDACQACSPGFFKFEASESPCLECPEHTLPSPEGATSCECEEGFFRAPQDPASMPCTRPPSAPHYLTAVGMGAKVELRWTPPQDSGGREDIVYSVTCEQCWPESGECGPCEASVRYSEPPHGLTRTSVTVSDLEPHMNYTFTVEARNGVSGLVTSRSFRTASVSINQTEPPKVRLEGRSTTSLSVSWSIPPPQQSRVWKYEVTYRKKVTPRGAGLALAGPTAGDRLVT(SEQ ID NO:277)
如本文所用,表述“对EphA2具有亲合力”或“与EphA2结合”表示具有与EphA2结合的活性。本发明的肽在EphA2上的结合位点不受限制,肽可以结合至EphA2蛋白上的任何地方。可以通过任何已知的测量分子间结合的方法来测量与EphA2的结合。以非限制性方式,例如,这可以通过竞争性结合测定(例如表面等离子体共振(SPR)测定、散射分析和/或放射免疫测定(RIA)、酶免疫测定(EIA)以及夹心测定和竞争性测定)并且以任何已知的合适方式(包括本技术领域已知的给定实例的不同变体)进行测定。
在一些实施例中,本发明的肽在选自以下的一个或多个氨基酸残基处竞争结合hEphA2:Asp53、Met55、Asn57、Met59、Met66、Thr101、Arg103、Phe156、Glu157、Arg159、Val161、Val189和Ala190。在一些实施例中,肽在选自以下的一个或多个氨基酸残基处竞争结合人EphA2:Asp53、Phe156和Glu157。在一些实施例中,肽在Asp53、Glu157或两者处竞争结合人EphA2。
在一方面,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本技术的肽的结合亲和力是至多100nM。在一些实施方式中,本技术的肽的Kd是100nM或更低、50nM或更低、30nM或更低、20nM或更低、10nM或更低、5nM或更低、4nM或更低、3nM或更低、2nM或更低、1nM或更低、0.9nM或更低、0.5nM或更低、0.4nM或更低、0.3nM或更低、0.2nM或更低、0.1nM或更低、0.09nM或更低、0.08nM或更低、0.07nM或更低、0.06nM或更低、0.05nM或更低、0.04nM或更低、0.03nM或更低、0.02nM或更低、0.01nM或更低。
在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的肽具有至多1、5、10、50、100、200、500、1000、5000或10,000nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的肽具有至多100nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的肽具有至多1nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的肽具有至多2nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的肽具有至多5nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的肽具有至多10nM的对人EphA2的结合亲和力。
在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的缀合物具有至多1、5、10、50、100、200、500、1000、5000或10,000nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的缀合物具有至多100nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的缀合物具有至多1nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的缀合物具有至多2nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的缀合物具有至多5nM的对人EphA2的结合亲和力。在一些实施例中,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本文所述的缀合物具有至多10nM的对人EphA2的结合亲和力。
在一方面,如通过表面等离子体共振(SPR)分析中的Kd所确定,本披露的肽或缀合物的结合亲和力是至多100nM。在一些实施方式中,本披露的肽或缀合物的Kd是100nM或更低、50nM或更低、30nM或更低、20nM或更低、10nM或更低、5nM或更低、4nM或更低、3nM或更低、2nM或更低、1nM或更低、0.9nM或更低、0.5nM或更低、0.4nM或更低、0.3nM或更低、0.2nM或更低、0.1nM或更低、0.09nM或更低、0.08nM或更低、0.07nM或更低、0.06nM或更低、0.05nM或更低、0.04nM或更低、0.03nM或更低、0.02nM或更低、0.01nM或更低。
非天然氨基酸
在某些实施例中,本文所述的肽和缀合物包含一种或多种非天然氨基酸,这些氨基酸不是蛋白质中发现的20种标准氨基酸中的任何一种。下表中提供了可以掺入本文所述的肽和缀合物中的代表性非天然氨基酸。
表3.可以掺入本文所述的肽/缀合物中的示例性非天然氨基酸的结构
接头&肽-接头
在此类肽-接头中间体进一步与有效载荷分子连接以形成本文所述的缀合物之前,本文所述的肽可以与一个或多个接头连接。因此,本文所述的缀合物可以包含一个或多个接头。在一些实施例中,接头将肽与缀合物中的有效载荷分子共价连接。在一些其他实施例中,肽直接附接至有效载荷分子,无需接头。在一些实施例中,本披露描述了充当间隔子的接头。
接头可以包含有效载荷分子与本文所述的结合肽之间的多个间隔原子(在线性链上,排除侧基或取代基),从而在有效载荷分子与结合肽之间创造距离。在一些实施例中,接头包含在有效载荷分子和结合肽之间的10-100个间隔原子。在一些实施例中,接头包含在有效载荷分子和结合肽之间的2-60个间隔原子。在一些实施例中,接头包含在有效载荷分子与结合肽之间的2至20个、2至50个、5至15个、5至25个、10至40个、30至60个或10至20个间隔原子。在一些实施例中,接头包含在有效载荷分子和结合肽之间的3至30个间隔原子。在一些实施例中,接头包含在有效载荷分子和结合肽之间的5至25个间隔原子。在一些实施例中,接头包含在有效载荷分子和结合肽之间的6至18个间隔原子。在一些实施例中,接头包含在有效载荷分子和结合肽之间的10至20个间隔原子。间隔原子可以包含1个或多个碳,以及任选地包含一个或多个杂原子,例如O和N。在一些实施例中,间隔原子包含2至20个、2至50个、5至15个、5至25个、10至40个、30至60个或10至20个碳。在一些实施例中,间隔原子包含0、1、2、3、4、5或6个氮。在一些实施例中,间隔原子包含0、1、2、3、4、5、6、7或8个氧。在一些实施例中,间隔原子包含1至6个氮和0至4个氧。
接头可包含一个或多个氨基酸残基。在一些实施例中,接头包含1至3个、1至5个、1至10个、5至10个或5至20个氨基酸残基。在一些实施例中,接头包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸残基。在一些实施例中,接头包含1至5个氨基酸残基。例如,接头可包含一个或多个赖氨酸(K)残基,例如K、KK或KKK序列。在一些实施例中,接头包含赖氨酸或其衍生物。在一些实施例中,接头包含赖氨酸。在一些实施例中,接头的一个或多个氨基酸是非天然氨基酸。在一些实施例中,接头包含赖氨酸残基、丙氨酸残基或两者。在某些实施例中,接头包含选自赖氨酸残基、丙氨酸残基或苯丙氨酸残基的一个或多个氨基酸。在一些实施例中,接头包含赖氨酸残基。在一些实施例中,接头包含丙氨酸残基。
本文所述的接头可以与肽的N末端、肽的C末端或肽的非末端氨基酸附接,或者它可以通过上述的组合与肽附接。在一些实施例中,接头通过其N末端与肽附接。在一些实施例中,接头通过C末端处的半胱氨酸残基与肽附接。在一些实施例中,接头通过N末端处的半胱氨酸残基与肽附接。在一些实施例中,接头通过其C末端与肽附接。在一些实施例中,接头通过非末端氨基酸与肽附接。接头可以例如通过化学反应性基团与肽、有效载荷分子或两者键合。示例性化学反应基团包括但不限于游离氨基、亚氨基、羟基、硫醇或羧基基团(例如,N末端或C末端、一个或多个赖氨酸残基的ε氨基基团、一个或多个谷氨酸或天冬氨酸残基的游离羧酸基团、或一个或多个半胱氨酸残基的巯基基团)。接头与肽结合的位点可以是肽的天然或非天然氨基酸,和/或它可以例如通过DNA重组技术(例如,通过在氨基酸序列中引入半胱氨酸或蛋白酶切割位点)或通过蛋白质生物化学(例如,还原、pH调节或蛋白水解)被引入至肽中。用于附接接头的示例性方法包括碳二亚胺反应、使用双官能剂(例如二醛或亚氨酸酯)的反应、席夫碱反应、铃木-宫浦交叉偶联反应、异硫氰酸酯作为偶联剂、以及点击化学。
接头可以具有规定的长度,从而连接有效载荷分子和肽,同时允许其间有适当的距离。在一些实施例中,接头具有1至100个原子、1至60个原子、1至30个原子、1至15个原子、1至10个原子、1至5个原子或2至20个原子的长度。在一些实施例中,接头具有1到10个原子的长度。
接头可包含柔性和/或刚性区域。示例性柔性接头区域包括包含Gly和Ser残基(“GS”接头)、甘氨酸残基、亚烷基链、PEG链、等的那些。示例性刚性接头区域包括包含α螺旋形成序列(例如,EAAAK(SEQ ID NO:278))、富含脯氨酸的序列以及富含双键和/或三键的区域的那些。
接头可以例如在生理条件下(例如,在细胞内条件下)是可切割的,使得接头的切割在细胞内环境中释放有效载荷分子。接头可以例如是肽基接头,它被细胞内肽酶或蛋白酶(包括但不限于,溶酶体或核内体蛋白酶)切割。在一些实施例中,该肽基接头为至少两个氨基酸长或至少三个氨基酸长。切割剂可以包括组织蛋白酶B和D以及纤溶酶。在其他实施例中,接头不可切割。在一些实施例中,接头对pH敏感,即,在某些pH值下对水解敏感。例如,pH敏感的接头在酸性条件下可水解。例如,接头可以是在溶酶体中可水解的酸不稳定性接头(例如,腙、缩氨基脲、缩氨基硫脲、顺-乌头酰胺、原酸酯、乙缩醛、缩酮等)。此类接头可以在中性pH条件(如在血液中的那些)下相对稳定,但在低于pH 5.5或5.0(近似为溶酶体的pH值)下不稳定。在一些实施例中,可水解接头是硫醚接头。
在一些实施例中,接头包含氨基酸序列,例如氨基酸序列与柔性和/或刚性区域的组合,如表6B中所例示,示于“接头”列中。例如,PDC_EphA2-00010011-C003包括包含氨基酸残基的接头,bA-dk。在另一个实例中,PDC_EphA2-00001417-C004包括包含氨基酸残基和PEG的组合的接头,kA-dk-(PEG8c-PEG2c)。
在一些实施例中,接头可以包含氨基酸序列,或氨基酸序列与柔性和/或刚性区域的组合,例如表13中提供的那些(参见“接头/有效载荷”列)。例如,在表13中,生物素、磺基Cys5显示为有效载荷。PDC_EphA2-00010011-C003包括包含氨基酸残基的接头bA-dk。
在一些实施例中,接头包含以下中的一个或多个:取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的环烷基、取代的或未取代的杂环烷基、取代的或未取代的芳基以及取代的或未取代的杂芳基。在一些实施例中,接头包含取代或未取代的C1-C30亚烷基。在一些实施例中,接头包含聚乙二醇,例如(-CH2-CH2-O-)1-10。在一些实施例中,接头包含选自以下的结构:
在一些实施例中,接头包含点击化学残基。在一些实施例中,接头经由点击化学与肽、与有效载荷分子或两者附接,从而形成点击化学残基。例如,肽可以包含与接头的炔烃部分反应的叠氮基团(在N末端或C末端处或在非末端氨基酸处)。再例如,肽可以包含与接头的叠氮化物反应的炔烃基团(在N末端或C末端处或在非末端氨基酸处)。有效载荷分子和接头可以类似地附接。在一些实施例中,接头包含叠氮化物部分、炔烃部分或两者。在一些实施例中,接头包含三唑。在一些实施例中,点击化学残基是
在一些实施例中,本文所述的接头包含两个或更多个基序。在一些实施例中,基序中的一个或多个经由点击化学连接,使得它们可以被点击进入/退出接头。接头中的每个基序都可以具有独立的功能。例如,接头可以包含起到调节血浆半衰期作用的基序和/或作为肽和有效载荷分子之间的间隔子起作用的基序。
在一些实施例中,接头具有以下结构
其中每个L独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2 +-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、=CH-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-CRL=N-、-N=CRL、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C3-C15环烷基、取代的或未取代的C1-C12杂环烷基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、取代的或未取代的C2-C30亚烯基、取代的或未取代的C2-C30亚炔基、取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基、-(C1-C30亚烷基)-O-、-O-(C1-C30亚烷基)-、-(C1-C30亚烷基)-NRL-、-NRL-(C1-C30亚烷基)-、-(C1-C30亚烷基)-N(RL)2 +-、-N(RL)2 +-(C1-C30亚烷基)-、或点击化学残基;并且
每个RL独立地是氢、取代的或未取代的C1-C4烷基、取代的或未取代的C1-C4杂烷基、取代的或未取代的C2-C6烯基、取代的或未取代的C2-C5炔基、取代的或未取代的C3-C8环烷基、取代的或未取代的C2-C7杂环烷基、取代的或未取代的芳基、或取代的或未取代的杂芳基;并且
n是1至20(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)。
在一些实施例中,接头具有
在一些实施例中,具有式(II-1)的接头具有式(II-1a)的结构,
其中
L1和L3中的每一个独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-CH=CH-、=CH-、-C≡C-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-或-S(=O)2NRLC(=O)-;并且
L2是不存在、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。
在一些实施例中,接头包含式(II-1b)的结构,
其中
L1和L5中的每一个独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-CH=CH-、=CH-、-C≡C-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的5-6元环烷基、或取代的或未取代的5-6元杂环烷基;并且
L2、L3和L4各自独立地是不存在、取代的或未取代的5-6元环烷基、取代的或未取代的5-6元杂环烷基、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。
在一些实施例中,L1是-NH-。
在一些实施例中,L2不存在。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C1-C30亚烷基、或取代或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C1-C30亚烷基。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C1-C18亚烷基、或取代或未取代的C1-C18亚杂烷基。在一些实施例中,L2是任选地被取代的。在一些实施例中,L2任选地被选自以下的一个或多个取代基取代:-OH、-SH、氧代、氨基、C1-C6烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6卤代烷基、C1-C6氨基烷基、-C(=O)ORL、-OC(=O)RL、-OC(=O)ORL、-C(=O)N(RL)2、-NRLC(=O)RL、-OC(=O)N(RL)2和-NRLC(=O)ORL。在一些实施例中,L2是C1-C30亚杂烷基,其任选地被选自以下的一个或多个取代基取代:-OH、-SH、氧代、氨基、C1-C6烷基、C1-C6羟基烷基、C1-C6卤代烷基和C1-C6氨基烷基。在一些实施例中,L2任选地被C1-C6烷基取代,该C1-C6烷基进一步任选地被选自以下的一个或多个取代基取代:-OH、-SH、氧代、氨基、C6-C10芳基、6元至10元杂芳基、-C(=O)ORL、-OC(=O)RL、-OC(=O)ORL、-C(=O)N(RL)2、-NRLC(=O)RL、-OC(=O)N(RL)2和-NRLC(=O)ORL。
在一些实施例中,L3是-NH-。在一些实施例中,L3不存在。
在一些实施例中,L4不存在。在一些实施例中,L4是取代的或未取代的5-6元环烷基、取代的或未取代的5-6元杂环烷基、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。
在一些实施例中,L5是-NH-。在一些实施例中,L5不存在。
在式(II-1b)的一些实施例中,L1是-O-、-N(甲基)-、-NH-或-C(=O)-;L5是-O-、-N(甲基)-、-NH-或-C(=O)-;L2、L3和L4各自独立地是不存在、取代的或未取代的5-6元环烷基、取代的或未取代的5-6元杂环烷基、取代的或未取代的C1-C12亚烷基、或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基,其中L1与有效载荷分子连接,并且L5与EphA2结合肽连接。
在式(II-1b)的一些实施例中,L2是未取代的C1-C12亚烷基,并且L3和L4不存在。
在一些实施例中,接头包含取代或未取代的C1-C30亚烷基、C1-C12亚烷基、C1-C8亚烷基、C1-C6亚烷基或C2-C6亚烷基。在一些实施例中,接头包含C2-C6亚烷基。在一些实施例中,接头包含C4-C6亚烷基。
在一些实施例中,L1中的每一个独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、=CH-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-CRL=N-、-N=CRL、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C3-C15环烷基、取代的或未取代的C1-C12杂环烷基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、取代的或未取代的C2-C30亚烯基、取代的或未取代的C2-C30亚炔基,或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L1是-O-、–NRL-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-或-S(=O)2NRLC(=O)-。在一些实施例中,L1是-O-、-NH-、-S(=O)-、-S(=O)2-或-C(=O)-。在一些实施例中,L1是-C(=O)NH-或-NHC(=O)-。在一些实施例中,L1是取代或未取代的C3-C15环烷基、或取代或未取代的C1-C12杂环烷基。在一些实施例中,L1是取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基。在一些实施例中,L1是取代或未取代的C1-C30亚烷基。在一些实施例中,L1是取代或未取代的C2-C30亚烯基。在一些实施例中,L1是取代或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L1是取代或未取代的C5-C25亚杂烷基。在一些实施例中,L1是取代或未取代的C5-C12亚杂烷基。
在一些实施例中,L2中的每一个独立地是O-、–NRL-、–N(RL)2-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、=CH-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-CRL=N-、-N=CRL、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C3-C15环烷基、取代的或未取代的C1-C12杂环烷基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、取代的或未取代的C2-C30亚烯基、取代的或未取代的C2-C30亚炔基,或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L2是-O-、–NRL-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-或-S(=O)2NRLC(=O)-。在一些实施例中,L2是-O-、-NH-、-S(=O)-、-S(=O)2-或-C(=O)-。在一些实施例中,L2是-C(=O)NH-或-NHC(=O)-。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C3-C15环烷基、或取代或未取代的C1-C12杂环烷基。在一些实施例中,L2是取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C1-C30亚烷基。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C2-C30亚烯基。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C5-C25亚杂烷基。在一些实施例中,L2是取代或未取代的C5-C12亚杂烷基。
在一些实施例中,L3中的每一个独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、=CH-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-CRL=N-、-N=CRL、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C3-C15环烷基、取代的或未取代的C1-C12杂环烷基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、取代的或未取代的C2-C30亚烯基、取代的或未取代的C2-C30亚炔基,或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L3是-O-、–NRL-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-或-S(=O)2NRLC(=O)-。在一些实施例中,L3是-O-、-NH-、-S(=O)-、-S(=O)2-或-C(=O)-。在一些实施例中,L3是-C(=O)NH-或-NHC(=O)-。在一些实施例中,L3是取代或未取代的C3-C15环烷基、或取代或未取代的C1-C12杂环烷基。在一些实施例中,L3是取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基。在一些实施例中,L3是取代或未取代的C1-C30亚烷基。在一些实施例中,L3是取代或未取代的C2-C30亚烯基。在一些实施例中,L3是取代或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L3是取代或未取代的C5-C25亚杂烷基。在一些实施例中,L3是取代或未取代的C5-C12亚杂烷基。在一些实施例中,L3不存在。
在一些实施例中,L4中的每一个独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、=CH-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-CRL=N-、-N=CRL、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C3-C15环烷基、取代的或未取代的C1-C12杂环烷基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、取代的或未取代的C2-C30亚烯基、取代的或未取代的C2-C30亚炔基,或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L4是-O-、–NRL-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-或-S(=O)2NRLC(=O)-。在一些实施例中,L4是-O-、-NH-、-S(=O)-、-S(=O)2-或-C(=O)-。在一些实施例中,L4是-C(=O)NH-或-NHC(=O)-。在一些实施例中,L4是取代或未取代的C3-C15环烷基、或取代或未取代的C1-C12杂环烷基。在一些实施例中,L4是取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基。在一些实施例中,L4是取代或未取代的C1-C30亚烷基。在一些实施例中,L4是取代或未取代的C2-C30亚烯基。在一些实施例中,L4是取代或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L4是取代或未取代的C5-C25亚杂烷基。在一些实施例中,L4是取代或未取代的C5-C12亚杂烷基。在一些实施例中,L4不存在。
在一些实施例中,L5中的每一个独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、=CH-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-CRL=N-、-N=CRL、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C3-C15环烷基、取代的或未取代的C1-C12杂环烷基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的C1-C30亚烷基、取代的或未取代的C2-C30亚烯基、取代的或未取代的C2-C30亚炔基,或取代的或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L5是-O-、–NRL-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-或-S(=O)2NRLC(=O)-。在一些实施例中,L5是-O-、-NH-、-S(=O)-、-S(=O)2-或-C(=O)-。在一些实施例中,L5是-C(=O)NH-或-NHC(=O)-。在一些实施例中,L5是取代或未取代的C3-C15环烷基、或取代或未取代的C1-C12杂环烷基。在一些实施例中,L5是取代或未取代的芳基、或取代或未取代的杂芳基。在一些实施例中,L5是取代或未取代的C1-C30亚烷基。在一些实施例中,L5是取代或未取代的C2-C30亚烯基。在一些实施例中,L5是取代或未取代的C1-C30亚杂烷基。在一些实施例中,L5是取代或未取代的C5-C25亚杂烷基。在一些实施例中,L5是取代或未取代的C5-C12亚杂烷基。在一些实施例中,L5不存在。
在一些实施例中,接头具有以下结构
其中
每个L1、L2和L3独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2 +-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、=CH-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLC(=S)NRL-、-CRL=N-、-N=CRL、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代或未取代C3-C15环烷基、取代或未取代C1-C12杂环烷基、取代或未取代芳基、取代或未取代杂芳基、取代或未取代C1-C30亚烷基、取代或未取代C2-C30亚烯基、取代或未取代C2-C30亚炔基、取代或未取代C1-C30亚杂烷基、取代或未取代C1-C15亚芳基、-(C1-C30亚烷基)-O-、-O-(C1-C30亚烷基)-、-(C1-C30亚烷基)-NRL-、-NRL-(C1-C30亚烷基)-、-(C1-C30亚烷基)-N(RL)2 +-、-N(RL)2 +-(C1-C30亚烷基)-、或点击化学残基;并且
R是氢、叠氮化物、取代的或未取代的C1-C4烷基、取代的或未取代的C1-C4杂烷基、取代的或未取代的C2-C6烯基、取代的或未取代的C2-C5炔基、取代的或未取代的环炔基、取代的或未取代的C3-C30环烷基、取代的或未取代的C2-C30杂环烷基、取代的或未取代的芳基、或取代的或未取代的杂芳基;
RL是氢、取代的或未取代的C1-C4烷基、取代的或未取代的C1-C4杂烷基、取代的或未取代的C2-C6烯基、取代的或未取代的C2-C5炔基、取代的或未取代的C3-C30环烷基、取代的或未取代的C2-C30杂环烷基、取代的或未取代的芳基、或取代的或未取代的杂芳基;
X是N或CRL;并且
m、p和q中的每一个独立地是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15。
在一些实施例中,接头具有
其中
每个L1和L2独立地是-O-、–NRL-、–N(RL)2 +-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-CH=CH-、=CH-、-C≡C-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C1-C20亚烷基、或-(CHRL-CHRL-O)1-10-;
RL是氢、取代的或未取代的C1-C4烷基、取代的或未取代的C1-C4杂烷基、取代的或未取代的C2-C6烯基、取代的或未取代的C2-C5炔基、取代的或未取代的C3-C8环烷基、或取代的或未取代的C2-C7杂环烷基;
R是氢、叠氮化物、取代的或未取代的C1-C4烷基、取代的或未取代的C1-C4杂烷基、取代的或未取代的C2-C6烯基、取代的或未取代的C2-C5炔基、取代的或未取代的环炔基、取代的或未取代的C3-C8环烷基、取代的或未取代的C2-C7杂环烷基、取代的或未取代的芳基、或取代的或未取代的杂芳基;
m是1至10;并且p是0-3。
在一些实施例中,L2是-O-、–NRL-、–N(RL)2 +-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C1-C6亚烷基、或-(CH2-CH2-O)1-6-;
L1是-O-、–NRL-、–N(RL)2 +-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-CH=CH-、=CH-、-C≡C-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代或未取代C1-C20亚烷基、或-(CH2-CH2-O)1-6-;
RL是氢或取代或未取代的C1-C4烷基;
R是氢、取代的或未取代的C1-C4烷基、取代的或未取代的C3-C30环烷基、取代的或未取代的C2-C30杂环烷基、取代的或未取代的芳基、或取代的或未取代的杂芳基;
m是1至10;并且p是0-3。
在一些实施例中,接头具有以下结构
L2是-O-、–NRL-、–N(RL)2 +-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代的或未取代的C1-C6亚烷基、或-(CH2-CH2-O)1-6-;
L1是-O-、–NRL-、–N(RL)2 +-、-OP(=O)(ORL)O-、-S-、-S(=O)-、-S(=O)2-、-CH=CH-、=CH-、-C≡C-、-C(=O)-、-C(=O)O-、-OC(=O)-、-OC(=O)O-、-C(=O)NRL-、-NRLC(=O)-、-OC(=O)NRL-、-NRLC(=O)O-、-NRLC(=O)NRL-、-NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRL-、-C(=O)NRLS(=O)2-、-S(=O)2NRLC(=O)-、取代或未取代C1-C20亚烷基、或-(CH2-CH2-O)1-6-;
RL是氢或取代或未取代的C1-C4烷基;
R是氢、取代或未取代的C1-C4烷基、取代或未取代的C3-C30环烷基、取代或未取代的C2-C30杂环烷基、取代或未取代的C6-C10芳基、或取代或未取代的C5-C9杂芳基;
m是1至4;并且p是0-3。
在一些实施例中,R是氢、取代或未取代的C6-C10芳基、取代或未取代的C5-C9杂芳基、或甾醇。
在一些实施例中,至少一个L1是未取代的C3-C20亚烷基。
在一些实施例中,接头包含以下中的一个或多个:取代的或未取代的C6-C10芳基、取代的或未取代的C5-C9杂芳基、甾醇、磺酰胺、磷酸酯、聚乙二醇、或C3-C20亚烷基、或氨基酸残基。
在一些实施例中,接头包含选自AEEA、AEEP、AEEEP和AEEEEP基团中的一种或多种。在一些实施例中,接头包含
在一些实施例中,接头是
在一些实施例中,本披露的接头(例如,具有式(II-1)、(II-1a)或(II-1b)的接头)包含
在一些实施例中,本披露的接头包含
在一些实施例中,本披露的接头(例如,具有式(II-1)、(II-1a)或(II-1b)的接头)包含
在一些实施例中,接头包含选自以下的结构:
在一些实施例中,接头包含选自以下的结构:
在一些实施例中,接头包含选自以下的结构:
在一些实施例中,接头被配置为可逆地结合血浆蛋白,例如白蛋白。在一些实施例中,接头与人血清白蛋白之间的解离常数(Kd)是至多15μM,如在室温下在人血清条件中所确定。在一些实施例中,Kd是约0.1nM至约10μM。在一些实施例中,Kd是约10nM至约10μM。在一些实施例中,Kd是约50nM至约1μM。在一些实施例中,Kd是约100nM至约10μM。
在一些实施例中,接头是键。
有效载荷-结合的PDC(肽-药物缀合物,或“缀合物”)
在一个实施例中,本技术涉及复合物或缀合物。该复合物/缀合物包含本文所述的肽中的任何一种、与肽结合的本文所述的接头中的任何一种和/或与接头结合的物质(例如,有效载荷分子)(PDC)。由于肽能够与EphA2结合,因此复合物/缀合物可以将物质/有效载荷分子转运至EphA2。
在一方面,本文描述了具有图1的结构的PDC,其中
在一些实施例中,接头在本发明的肽中包括的任何氨基酸(例如在肽的C末端处的氨基酸)的侧链处与肽连接。例如但不限于,与物质结合的接头与肽的C末端处的Cys连接,或者与肽内的任何氨基酸(优选在X5、X8或X11处的氨基酸)连接。
物质或有效载荷分子可以是本领域技术人员期望的任何物质,只要它是技术人员期望递送至EphA2的物质。物质的实例不受限制,但包括以下:
●化合物:包括低分子量化合物、中分子量化合物,并且实例包括已知的低/中分子量药物。实例包括受体、拮抗剂、激动剂等的任何配体。实例还包括不用作药物的任何化合物,例如荧光分子或标签。进一步举例来说,包括了用于与物质(例如,生物素/抗生物素蛋白、点击化学化合物)连接或缀合的任何化合物或其缀合物。
●多肽:可能是与体内的靶标结合并表现出许多种作用的肽,例如环状肽。
●蛋白质:可以是任何在体内表现出有用功能的蛋白质,例如抗体或酶。实例包括用于酶替代疗法中的酶。
●核酸:任何具有碱基序列的物质,例如DNA和RNA及其组合(例如异双链体寡核苷酸)。实例包括核酸药物。
●药物递送系统(DDS)中使用的任何分子:可以是DDS中使用的已知分子,例如脂质体或胶束。DDS分子可以进一步包含其中的化合物,例如药物。
然而,在本披露的所有方面,该物质或有效载荷分子排除任何放射性材料。被排除的物质的实例如下:放射性同位素、放射性药物或任何具有放射性组分的化合物。在本披露的所有方面中,该物质进一步排除用于放射性同位素缀合的任何螯合剂,无论该螯合剂直接与肽连接还是经由接头与肽连接。因此,本文所述的复合物、缀合物或PDC不涵盖含有用于放射性同位素缀合的螯合剂的任何化合物,并且不涵盖放射性同位素。
此外,DDS分子可能是以上给出的实例中几个进行组合而成的复合物。
肽生产
本技术的肽可以通过例如任何已知的用于生产肽的方法来生产,例如以下:
●化学合成法,例如液相法、固相法、组合液相法和固相法的混合法等;
●基因重组法;等。
在通过化学合成法生产本技术的肽的情况中的一些下,可以说本技术的肽是合成肽。
在固相法中,例如,将具有羟基基团的树脂的羟基基团与其中α-氨基基团受保护基保护的第一氨基酸(通常是目标肽的C末端氨基酸)的羧基基团进行酯化反应。对于酯化催化剂,可以使用已知的脱水剂和缩合剂,例如1-均三甲苯磺酰基-3-硝基-1,2,4-三唑(MSNT)、二环己基碳二亚胺(DCC)和二异丙基碳二亚胺(DIPCDI)。
接下来,去除第一氨基酸的α-氨基基团的保护基,添加其中主链的除羧基基团外所有官能团均受保护的第二氨基酸,并激活羧基基团,使第一氨基酸和第二氨基酸结合。此外,将第二氨基酸的α-氨基基团脱保护,添加其中主链的除羧基基团外的所有官能团均受保护的第三氨基酸,激活羧基基团,使第二氨基酸和第三氨基酸结合。重复此过程,合成目标长度的肽后,所有官能团均脱保护。
用于固相合成的树脂的实例包括Merrifield树脂、MBHA树脂、Cl-Trt树脂、SASRIN树脂、Wang树脂、Rink酰胺树脂、HMFS树脂、氨基-PEGA树脂(默克集团(Merck KGaA))、HMPA-PEGA树脂(默克集团)等。这些树脂可以用溶剂(二甲基甲酰胺(DMF)、2-丙醇、二氯甲烷等)清洗后使用。可以通过用酸例如TFA或氟化氢(HF)处理树脂,将肽链从树脂切割。
α-氨基基团的保护基的实例包括苄氧基羰基(Cbz或Z)基团、叔丁氧基羰基(Boc)基团、芴基甲氧基羰基(Fmoc)基团、苄基基团、烯丙基基团、烯丙氧基羰基(Alloc)基团等。Cbz基团可以通过使用氢氟酸、氢化等处理进行脱保护,Boc基团可以通过使用三氟乙酸(TFA)处理进行脱保护,并且Fmoc基团可以通过使用哌啶或吡咯赖氨酸处理进行脱保护。
实例,例如,甲酯、乙酯、烯丙酯、苄酯、叔丁酯、环己酯等可用于保护α-羧基基团。
作为氨基酸的其他官能团,丝氨酸或苏氨酸的羟基基团可以用苄基基团或叔丁基基团保护,并且酪氨酸的羟基基团可以用2-溴苄氧基羰基基团或叔丁基基团保护。赖氨酸侧链的氨基基团、或谷氨酸或天冬氨酸的羧基基团能以与a-氨基基团或a-羧基基团类似的方式保护。
羧基基团的激活可以使用缩合剂进行。缩合剂的实例包括二环己基碳二亚胺(DCC)、二异丙基碳二亚胺(DIPCDI)、1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺(EDC或WSC)、(1H-苯并三唑-1-基氧基)三(二甲基氨基)鏻六氟磷酸盐(BOP)、1-[双(二甲基氨基)甲基]-1H-苯并三唑鎓-3-氧化物六氟磷酸盐(HBTU)等。
可以通过使用酸(例如TFA、氟化氢(HF)等)处理肽链来进行肽链从树脂中的切割。
利用基因重组方法(翻译/合成系统)生产肽可以使用编码肽的核酸进行。编码肽的核酸可以是DNA或RNA。
编码肽的核酸可以通过已知方法或与其等效的方法制备。例如,肽可以通过自动合成仪合成。可以添加限制性内切酶识别位点,以将获得的DNA插入载体。可替代地,可以掺入碱基序列,该碱基序列编码用于使用酶等剪接所形成的肽链的氨基酸序列。获得的肽可以通过已知方法或基于已知方法的方法从游离肽转化为其盐或从其盐转化为游离肽。
如上所述,当肽与细胞渗透肽等融合时,核酸还包括编码该细胞渗透肽的核酸。
用于将目标肽表达为另一种肽的嵌合肽的嵌合蛋白表达方法也可用于抑制宿主衍生的蛋白酶的降解。在这种情况下,可以使用编码目标肽和与其结合的肽的核酸作为核酸。
随后,使用编码肽的核酸制备表达载体。核酸可以原样或通过限制性内切酶被消化,并且可替代地,可以通过添加接头等将核酸插入表达载体的启动子的下游。载体的实例包括大肠杆菌衍生的质粒(pBR322、pBR325、pUC12、pUC13、pUC18、pUC19、pUC118、pBluescript II等)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)衍生的质粒(pUB110、pTP5、pC1912、pTP4、pE194、pC194等)、酵母衍生的质粒(pSH19、pSH15、YEp、YRp、YIp、YAC等)、噬菌体(e噬菌体、M13噬菌体等)、病毒(逆转录病毒、痘苗病毒、腺病毒、腺相关病毒(AAV)、花椰菜花叶病毒、烟草花叶病毒、杆状病毒等)、粘粒等。
可以根据宿主类型适当选择启动子。当宿主是动物细胞时,例如可以使用衍生自SV40(猿猴病毒40)的启动子或衍生自CMV(巨细胞病毒)的启动子。当宿主是大肠杆菌时,可以使用trp启动子、T7启动子、lac启动子等。
表达载体可以包含例如DNA复制起点(ori)、选择性标志物(抗生素抗性、营养缺陷型等)、增强子、剪接信号、聚A添加信号、编码标签(FLAG、HA、GST、GFP等)的核酸等。
接下来,用表达载体转化合适的宿主细胞。可以根据载体适当选择宿主。可以使用实例,例如,大肠杆菌、枯草芽孢杆菌(芽孢杆菌属)、酵母、昆虫或昆虫细胞、动物细胞等作为宿主。作为动物细胞,例如可以使用HEK293T细胞、CHO细胞、COS细胞、骨髓瘤细胞、HeLa细胞、Vero细胞等。转化可根据宿主类型按照已知方法进行,例如脂转染法、磷酸钙法、电穿孔法、显微注射法、基因枪法等。通过按照常规方法培养转化体来表达目标肽。
对于从转化体培养物中纯化肽,将培养的细胞回收,然后悬浮于适当的缓冲溶液中,随后通过方法例如超声处理、冻融等破碎细胞,然后通过离心或过滤获得粗提取物。当肽分泌到培养溶液中时,回收上清液。
粗提取物或培养上清液的纯化也可以通过已知方法或与其等效的方法进行(例如,盐析、透析、超滤法、凝胶过滤法、SDS-PAGE法、离子交换色谱法、亲和色谱法、反相高效液相色谱法等)。
获得的肽可以通过已知方法或与其等效的方法从游离体转化为盐,或从盐转化为游离体。
在一方面,翻译/合成系统可以是无细胞翻译系统。根据无细胞翻译系统,通常无需纯化即可获得表达产物的高纯度形式。无细胞翻译系统包括例如核糖体蛋白、氨酰基-tRNA合酶(ARS)、核糖体RNA、氨基酸、rRNA、GTP、ATP、翻译起始因子(IF)、延伸因子(EF)、释放因子(RF)和核糖体再生因子(RRF)或另一种翻译所需的因子。可以添加大肠杆菌提取物或小麦胚芽提取物以提高表达效率。另外,还可以添加兔红细胞提取物或昆虫细胞提取物。
通过使用透析向包括这些的系统持续供应能量,可以以非限制性方式生产几百μg至几mg/mL的蛋白质。系统可以包含RNA聚合酶,以同时进行基因组DNA的转录。可使用的市售无细胞翻译系统的实例包括:罗氏诊断株式会社(Roche Diagnostics K.K.)的RTS-100(注册商标)、基因前沿公司(GeneFrontier Corporation)的PURE系统、新英格兰生物实验室公司(New England Biolabs Inc.)的PURExpress体外蛋白质合成试剂盒等(用于衍生自大肠杆菌的系统),以及佐伊基因公司(ZOIGENE)、无细胞科学有限公司(CellFreeSciences Co.,Ltd.)等的系统(用于使用小麦胚芽提取物的系统)。
在细胞翻译系统中,可以使用人工氨酰基-tRNA,并将所期望的氨基酸或羟基酸与tRNA连接(酰化),代替由天然氨酰基-tRNA合酶合成的氨酰基-tRNA。可以使用人工核酶合成氨酰基-tRNA。
核酶的实例包括柔性酶(flexizyme)(H.Murakami,H.Saito,和H.Suga,(2003),Chemistry&Biology[化学与生物学],第10卷,655-662;以及WO 2007/066627等),均通过引用并入本文。柔性酶也以以下的名称而所知:原型柔性酶(Fx)、新改良的二硝基苄基柔性酶(dFx)、增强型柔性酶(eFx)、氨基柔性酶(aFx)等。
可以通过使用由柔性酶产生的并与期望的氨基酸或羟基酸连接的tRNA,期望的密码子可以与所期望的氨基酸或羟基酸关联地翻译。可以使用特殊氨基酸作为期望的氨基酸。例如,也可以通过该方法将上述环化所需的非天然氨基酸引入结合肽中。
可以使用本技术领域中常用的各种方法用于肽的化学合成,包括例如逐步固相合成、经过构象支持再连接的肽片段的半合成、和化学连接。肽的合成是使用在例如K.J.Jensen,P.T.Shelton,S.L.Pedersen,Peptide Synthesis and Applications[肽合成及应用],第2版,施普林格公司,2013等中描述的各种固相技术的化学合成。优选的策略是基于能够暂时保护α-氨基基团并可使用碱选择性去除的Fmoc基团与暂时保护侧链官能团并在Fmoc脱保护条件下稳定的保护基的组合。根据以下可以知道此类通用肽侧链的选择:上述Peptide Synthesis and Applications[肽合成和应用],第2版;G.B.Fields,R.L.Noble,Solid Phase Peptide Synthesis Utilizing 9-FluorenylmethoxycarbonylAmino Acids[利用9-芴基甲氧基羰基氨基酸的固相肽合成],Int.J.Peptide ProteinRes.[国际肽与蛋白质研究杂志]35,1990,161-214等;然而,优选的肽侧链保护基包括例如针对丝氨酸或苏氨酸的羟基基团的苄基基团或叔丁基基团和三苯甲基(Trt)基团;针对酪氨酸的羟基基团的2-溴苄基氧基羰基基团或叔丁基基团;针对赖氨酸侧链的氨基基团的Boc基团、甲基四唑硫醇(Mtt)基团、Alloc基团和ivDde基团;针对组氨酸的咪唑基团的Trt基团或Boc基团;针对精氨酸的胍基团的2,2,4,6,7-五甲基二氢苯并呋喃-5-磺酰基(Pbf)基团;针对羧基基团(例如谷氨酸和天冬氨酸)的叔丁基基团、烯丙基基团和3-甲基戊烷(Mpe)基团;针对谷氨酰胺或天冬酰胺的羧酰胺基团的Trt基团;或针对半胱氨酸的硫醇基团的Trt基团和单甲氧基三苯甲基(Mmt)基团。
肽可以通过上述固相树脂上的分步合成法合成。在合成α-氨基保护基的过程期间,必须选择性地去除待使用的C末端氨基酸以及用于合成的氨基酸或肽的全部。优选地,使用上述固相树脂,并将具有其N末端受Fmoc等适当保护的肽的C末端羧基基团或具有其N末端受Fmoc保护的氨基酸的C末端羧基基团通过适当的试剂制成活性酯后,将其添加至该固相树脂上的氨基基团开始。随后可以通过去除N末端保护基(Fmoc基团)然后根据目标肽的氨基酸序列依次重复受保护的氨基酸衍生物的缩合来实现肽链的延伸。需要注意的是,这些可能会在最后阶段释放目标肽。释放条件的实例在以下中给出:Teixeira,W.E.Benckhuijsen,P.E.de Koning,A.R.P.M.Valentijn,J.W.Drijfhout,ProteinPept.Lett.[蛋白质与肽快报],2002,9,379-385等,并且可以在含有在TFA中的作为清除剂的水/甲硅烷基氢化物/硫醇的TFA溶液中释放肽。典型的实例包括TFA/水/TIS/DODT(体积比率92.5:2.5:2.5:2.5)。
本说明书中描述的肽的合成可以使用单通道或多通道肽合成仪(例如,来自CEM公司(CEM Corporation)的Liberty Blue合成仪、来自百泰克日本有限公司(Biotage Japan,Ltd.)的Syro I合成仪或其后继机器、等)进行。
羧基基团的激活可以使用缩合剂进行。缩合剂的实例包括二环己基碳二亚胺(DCC)、二异丙基碳二亚胺(DIPCDI)、1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺(EDC或WSC)、(1H-苯并三唑-1-基氧基)三(二甲基氨基)鏻六氟磷酸盐(BOP)、1-[双(二甲基氨基)甲基]-1H-苯并三唑鎓-3-氧化物六氟磷酸盐(HBTU)等。
肽的环化可以按照已知方法进行。以非限制性方式,通过将肽设计为包含两个或更多个半胱氨酸残基,例如,可以在翻译后通过二硫键形成环状结构。此外,按照Goto等人(Y.Goto,等人ACS Chem.Biol.[ACS化学生物学]3 120-129(2008))的方法,在其N末端处具有氯乙酰基基团的肽可以通过遗传密码重编程技术合成,并且可以通过在肽中布置含有硫分子的半胱氨酸残基进行环化。因此,翻译后巯基基团自发地对氯乙酰基基团进行亲核攻击,并且肽通过硫醚结合进行环化。其他结合以形成环的氨基酸组合也可以被布置在肽内,并通过遗传密码重编程技术进行环化。可替代地,也可以通过在肽中布置L-2-氨基己二酸残基并将其与N末端的主链氨基基团结合进行环化。以此方式,可使用已知的环化方法,而无任何特殊限制。
药物组合物及其用途
本技术还涉及包含本技术的肽的药物组合物。本技术的药物组合物所针对的疾病是与EphA2过度表达或表达减少相关的疾病,例如某些癌症。
如本文所用,表达“以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍”是指主要由EphA2表达过度或减少引起的表现出各种症状的疾病。
在一些方面,本技术的药物组合物所针对的疾病是与EphA2过度表达相关的疾病。
在一些实施例中,本技术的药物组合物可以包含肽本身,或可以包含肽的药学上可接受的盐。除非另有说明,本说明书中的“肽”可以包括肽的药学上可接受的盐。药物组合物优选包含有效量的肽作为活性成分。
肽的盐(药学上可接受的盐)优选是酸加成盐。例如,无机酸(例如盐酸、磷酸、氢溴酸、硫酸)的盐、有机酸(例如乙酸、甲酸、丙酸、富马酸、马来酸、琥珀酸、酒石酸、柠檬酸、苹果酸、草酸、苯甲酸、甲磺酸、苯磺酸)的盐等被用作这种盐。肽或其盐还包含溶剂化物,例如水合物。
在本说明书中,药物组合物的施用形式不受特别限制,并且可以是口服或肠胃外。肠胃外施用的实例包括注射,例如肌内注射、静脉内注射或皮下注射;透皮施用;经粘膜施用(经鼻、经口、经眼、经肺、经阴道或经直肠);等。
考虑到多肽易于代谢和排泄的特性,药物组合物可以进行各种修饰。例如,可以将聚乙二醇(PEG)或糖链添加至多肽,以延长其在血液中的保留时间,以降低抗原性。此外,在可生物降解聚合化合物例如聚乳酸/乙二醇(PLGA)、多孔羟基磷灰石、脂质体、表面改性的脂质体和不饱和脂肪酸中制备的乳液、纳米颗粒、纳米球等被用作控释基质,并且多肽可以存在于基质中。在经皮施用的情况下,允许弱电流通过皮肤表面并穿透角质层(离子电渗疗法)。
对于药物组合物,可以原样使用活性成分,或者药物组合物可以包含药学上可接受的载剂、赋形剂、添加剂等,或者可以被配制。剂型的实例包括液体剂(例如注射剂)、分散剂、混悬剂、片剂、丸剂、粉末剂、栓剂、粉化药物、细粒剂、颗粒剂、胶囊剂、糖浆剂、锭剂、吸入剂、软膏剂、滴眼剂、滴鼻剂、滴耳剂、贴剂等。配制可以通过适当使用例如赋形剂、粘合剂、崩解剂、润滑剂、溶解剂、增溶剂、着色剂、调味剂、稳定剂、乳化剂、吸收促进剂、表面活性剂、pH调节剂、防腐剂、抗氧化剂等的常用方法进行。
用于配制品的成分的实例包括但不限于纯净水、盐水、磷酸盐缓冲溶液、右旋糖、丙三醇、药学上可接受的有机溶剂(例如乙醇、动物油和植物油)、乳糖、甘露醇、葡萄糖、山梨糖醇、结晶纤维素、羟丙基纤维素、淀粉、玉米淀粉、无水硅酸、硅酸镁铝、胶原蛋白、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、羧基乙烯基聚合物、羧甲基纤维素钠、聚丙烯酸钠、海藻酸钠、水溶性葡聚糖、羧甲基淀粉钠、果胶、甲基纤维素、乙基纤维素、黄原胶、阿拉伯树胶、黄蓍胶、酪蛋白、琼脂、聚乙二醇、双甘油、甘油、丙二醇、凡士林、石蜡、肉豆蔻酸辛基十二烷酯、肉豆蔻酸异丙酯、高级醇、硬脂醇、硬脂酸、人血清白蛋白等。
考虑到肽通常难以通过粘膜吸收这一事实,药物组合物可包含用于改善吸收性差的药物吸收的吸收促进剂。以下可用作吸收促进剂:表面活性剂,例如聚气乙烯月桂醚、月桂基硫酸钠和皂苷;胆汁盐,例如甘氨胆酸、脱氧胆酸和牛磺胆酸;螯合剂,例如EDTA和水杨酸;脂肪酸,例如己酸、癸酸、月桂酸、油酸、亚油酸、混合胶束;烯胺衍生物、N-酰基胶原肽、N-酰基氨基酸、环糊精、壳聚糖、一氧化氮供体等。
当药物组合物是丸剂或片剂时,其可以使用糖衣或胃溶性或肠溶性包衣物质进行包衣。
当药物组合物是注射剂时,其可以包含注射用蒸馏水、生理盐水、丙二醇、聚乙二醇、植物油、醇等。另外地,可以添加保湿剂、乳化剂、分散剂、稳定剂、溶解剂、增溶剂、防腐剂等。
此外,药物组合物不仅可以针对人,还可以针对非人哺乳动物或鸟类。非人哺乳动物的实例包括除人以外的灵长类动物(猴、黑猩猩、大猩猩等)、家畜动物(猪、牛、马、绵羊等)、狗、猫、大鼠、小鼠、豚鼠、兔等。
具体地,在向人施用的情况下的剂量会根据患者的症状、年龄、性别和体重、敏感性差异、施用方法、施用间隔、活性成分类型和配制品类型而变化,并且其可以以非限制性方式施用:例如,通过一次性或分成几个剂量施用约30μg至约100g之间、约1μg至约10g之间、约1μg至约1g之间、约10μg至约1g之间、约10μg至约500mg之间、约100μg至约10g之间、约100μg至约1g之间、约10μg至约500mg之间、约100μg至约500mg之间或约100μg至约100mg之间。在注射的情况下,可根据患者体重,一次性或分成几个剂量施用约1μg/kg与约3,000μg/kg之间,或约3μg/kg与约1,000μg/kg之间。
本技术还涉及一种用于通过向受试者施用本技术的肽来治疗以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的方法。
本技术还涉及本技术的肽用于治疗以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的用途。
本技术还涉及肽用于制造药物组合物的用途,该药物组合物用于治疗以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍。
本技术还涉及本技术的肽,用于在用于治疗以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的方法中使用。
本技术还涉及一种试剂盒,用于在通过确定EphA2的表达水平来诊断以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的方法中使用。
本技术还涉及一种组合物,用于在诊断以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的方法中使用。
本技术还涉及肽或其盐用于在诊断以EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的方法中使用的用途。
本技术还提供了在有需要的受试者中治疗疾病或病症的方法。在一些实施例中,疾病或障碍的特征在于患病组织中EphA2的过度表达或表达减少。在一些实施例中,疾病或障碍的特征在于患病组织中EphaA2的过度表达。在一些实施例中,疾病或障碍的特征在于患病组织中EphaA2的表达减少。在一些实施例中,方法包括向有需要的受试者施用本文所述的肽、本文所述的缀合物或本文所述的其药学上可接受的盐或溶剂化物,或包含它们的药物组合物。在一些实施例中,本文提供了一种向有需要的受试者提供治疗和/或预防益处的方法,该方法包括施用本文所述的肽、缀合物或药物组合物。
在一些实施例中,方法包括向受试者施用治疗有效量的肽、缀合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中,肽、缀合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以药物组合物施用。在一些实施例中,受试者患有癌症。在一些实施例中,癌症是实体瘤或血液学癌症。
在一方面,本文提供了一种通过向有需要的受试者施用本文所述的肽、缀合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物来治疗癌症的方法。根据本披露的进一步方面,提供了一种如本文所定义的肽或其药物缀合物,用于在预防、抑制或治疗以患病组织中EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍中使用。在一些实施例中,疾病或障碍的特征在于患病组织(例如肿瘤)中EphaA2的过度表达。在一个实施例中,EphA2是哺乳动物EphA2。在进一步实施例中,哺乳动物EphA2是人EphA2。
在一方面,本文提供了一种预防、抑制或治疗以患病组织中EphA2的过度表达或表达减少为特征的疾病或障碍的方法。在一些实施例中,疾病或障碍的特征在于患病组织(例如肿瘤)中EphaA2的过度表达,其包括向有需要的患者施用本文所述的肽或缀合物(例如,包括肽、有效载荷分子和任选的接头)。在一些实施例中,以患病组织中EphA2的过度表达为特征的疾病或障碍是癌症。
通过本披露的方法治疗的癌症的非限制性实例可以包括黑色素瘤(例如,转移性恶性黑色素瘤)、肾癌(例如,透明细胞癌)、前列腺癌(例如,激素难治性前列腺腺癌)、胰腺腺癌、乳腺癌、结肠癌、肺癌(例如,非小细胞肺癌)、食管癌、头颈部鳞状细胞癌、肝癌、卵巢癌、宫颈癌、甲状腺癌、胶质母细胞瘤、神经胶质瘤、白血病、淋巴瘤和其他恶性肿瘤。在一些实施例中,用本披露的药物组合物治疗的受试者或受试者群体患有实体瘤。在一些实施例中,实体肿瘤是黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、膀胱癌、乳腺癌、宫颈癌、结肠癌、胆囊癌、喉癌、肝癌、甲状腺癌、胃癌、唾液腺癌、前列腺癌、胰腺癌或梅克尔细胞癌。在一些实施例中,待用本披露的药物组合物治疗的受试者或受试者群体患有血液学癌症。在一些实施例中,受试者患有血液学癌症,例如弥漫性大B细胞淋巴瘤(“DLBCL”)、霍奇金淋巴瘤(“HL”)、非霍奇金淋巴瘤(“NHL”)、滤泡性淋巴瘤(“FL”)、急性髓性白血病(“AML”)或多发性骨髓瘤(“MM”)。在一些实施例中,待治疗的受试者或受试者群体患有选自由以下组成的组的癌症:卵巢癌、肺癌和黑色素瘤。
在一些实施例中,本文提供了用于治疗疾病或病症的方法和组合物。示例性疾病或病症包括难治性或复发性恶性肿瘤,其生长可以使用本披露的治疗方法来抑制。在一些实施例中,疾病或病症是癌症。在一些实施例中,癌症是乳腺癌、头颈部鳞状细胞癌、非小细胞肺癌、肝细胞癌、膀胱癌、结直肠癌、胃腺癌、卵巢癌、黑色素瘤或晚期癌症。在一些实施例中,待通过本披露的治疗方法治疗的癌症选自由以下组成的组:上皮癌、鳞状细胞癌、腺癌、肉瘤(sarcomata)、子宫内膜癌、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、输卵管癌、原发性腹膜癌、结肠癌、结直肠癌、肛门生殖器区的鳞状细胞癌、黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、非小细胞肺癌、肺鳞状细胞癌、胃癌、膀胱癌、胆囊癌、肝癌、甲状腺癌、喉癌、唾液腺癌、食管癌、头颈癌、胶质母细胞瘤、神经胶质瘤、头颈部鳞状细胞癌、前列腺癌、胰腺癌、间皮瘤、肉瘤(sarcoma)、血液学癌症、白血病、淋巴瘤、神经瘤及其组合。在一些实施例中,待通过本披露的方法治疗的癌症包括例如上皮癌、鳞状细胞癌(例如,宫颈癌、眼睑癌、结膜癌、阴道癌、肺癌、口腔癌、皮肤癌、膀胱癌、舌癌、喉癌和食道癌)和腺癌(例如,前列腺癌、小肠癌、子宫内膜癌、宫颈管癌、大肠癌、肺癌、胰腺癌、食道癌、直肠癌、子宫癌、胃癌、乳腺癌和卵巢癌)。在一些实施例中,待通过本披露的方法治疗的癌症进一步包括肉瘤(例如,肌原性肉瘤)、白血球组织增生、神经瘤、黑色素瘤和淋巴瘤。在一些实施例中,待通过本披露的方法治疗的癌症是乳腺癌。在一些实施例中,待通过本披露的治疗方法治疗的癌症是三阴性乳腺癌(TNBC)。在一些实施例中,待通过本披露的治疗方法治疗的癌症是胰腺癌。在一些实施例中,待通过本披露的方法治疗的癌症是非小细胞肺癌、卵巢癌或膀胱癌。在一些实施例中,待通过本披露的方法治疗的癌症是非小细胞肺癌。在一些实施例中,待通过本披露的方法治疗的癌症是膀胱癌。在一些实施例中,待通过本披露的方法治疗的癌症是卵巢癌。
可以被治疗的癌症(及其良性对应物)的进一步实例包括但不限于上皮来源的肿瘤(各种类型的腺瘤和上皮癌,包括腺癌、鳞状细胞癌、移行细胞癌和其他癌),例如膀胱癌和尿路癌、乳腺癌、胃肠道癌(包括食管癌、胃癌、小肠癌、结肠癌、直肠癌和肛门癌)、肝癌(肝细胞癌)、胆囊癌和胆道系统癌、外分泌胰腺癌、肾癌、肺癌(例如腺癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、支气管肺泡癌和间皮瘤)、头颈癌(例如舌癌、口腔癌、喉癌、咽癌、鼻咽癌、扁桃体癌、唾液腺癌、鼻腔癌和鼻旁窦癌)、卵巢癌、输卵管癌、腹膜癌、阴道癌、外阴癌、阴茎癌、宫颈癌、子宫肌层癌、子宫内膜癌、甲状腺癌(例如甲状腺滤泡癌)、肾上腺癌、前列腺癌、皮肤及附属器癌(例如黑色素瘤、基底细胞癌、鳞状细胞癌、角化棘皮瘤、发育不良痣);血液恶性肿瘤(即白血病、淋巴瘤)和癌前血液学障碍和交界性恶性肿瘤障碍,包括淋巴谱系的血液恶性肿瘤和相关病症(例如急性淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病、B细胞淋巴瘤例如弥漫大B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、T细胞淋巴瘤和白血病、自然杀伤细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、毛细胞白血病、意义未定的单克隆丙种球蛋白病、浆细胞瘤、多发性骨髓瘤和移植后淋巴组织增生性障碍),以及髓系谱系的血液恶性肿瘤和相关病症(例如急性髓系白血病、慢性髓系白血病、慢性粒单核细胞白血病、嗜酸性粒细胞增多综合征、骨髓增生性障碍(例如真性红细胞增多症、原发性血小板增多症和原发性骨髓纤维化)、骨髓增生综合征、骨髓增生异常综合征和早幼粒细胞白血病);间叶来源的肿瘤,例如软组织、骨或软骨的肉瘤(例如骨肉瘤)、纤维肉瘤、软骨肉瘤(chondrosarcomas)、横纹肌肉瘤、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、血管肉瘤、卡波西肉瘤、尤文肉瘤、滑膜肉瘤、上皮样肉瘤、胃肠道间质瘤、良性和恶性组织细胞瘤以及隆突性皮纤维肉瘤;中枢或周围神经系统肿瘤(例如星形细胞瘤、神经胶质瘤和胶质母细胞瘤、脑膜瘤、室管膜瘤、松果体肿瘤和神经鞘瘤);内分泌肿瘤(例如垂体肿瘤、肾上腺肿瘤、胰岛细胞肿瘤、甲状旁腺肿瘤、类癌瘤和甲状腺髓样癌);眼和附属器肿瘤(例如视网膜母细胞瘤);生殖细胞和滋养细胞肿瘤(例如畸胎瘤、精原细胞瘤、无性细胞瘤、葡萄胎和绒毛膜癌);以及儿童和胚胎肿瘤(例如髓母细胞瘤、神经母细胞瘤、肾母细胞瘤和原始神经外胚层肿瘤);或使患者易患恶性肿瘤的先天性综合征或其他综合征(例如着色性干皮病)。
在一些实施例中,癌症选自胶质母细胞瘤、前列腺癌、肺癌、乳腺癌、胃癌、卵巢癌、膀胱癌、结肠癌、食管癌、多发性骨髓瘤和纤维肉瘤。在一些实施例中,癌症选自:乳腺癌、肺癌、胃癌、胰腺癌、前列腺癌、肝癌、胶质母细胞瘤和血管生成。在一些实施例中,癌症选自:前列腺癌、肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC))、乳腺癌(例如三阴性乳腺癌)、胃癌、卵巢癌、食管癌、多发性骨髓瘤和纤维肉瘤。在一些实施例中,癌症是前列腺癌。在一些实施例中,缀合物可用于预防、抑制或治疗实体肿瘤例如纤维肉瘤和乳腺癌以及非小细胞肺癌。在一些实施例中,癌症选自肺癌,例如非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些实施例中,癌症是乳腺癌。在一些实施例中,乳腺癌是三阴性乳腺癌。在一些实施例中,乳腺癌是赫赛汀(Herceptin)抗性乳腺癌。在一些实施例中,受试者对赫赛汀没有应答。在一些实施例中,癌症是胃癌。在一些实施例中,癌症是卵巢癌。在一些实施例中,癌症是食管癌。在一些实施例中,癌症是多发性骨髓瘤。在一些实施例中,癌症是纤维肉瘤。
在一些实施例中,本文提供了用于杀伤细胞的方法,该方法包括将细胞与肽、缀合物、或其药学上可接受的盐或溶剂化物接触。在一些实施例中,细胞表达EphA2。在一些实施例中,细胞过度表达EphA2。在一些实施例中,缀合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与细胞上的结构结合,其中该结构是EphA2。
所描述的肽或缀合物与细胞接触后可被细胞内化。内化可通过细胞受体、细胞膜内吞作用等介导。在一些实施例中,所描述的肽或缀合物通过EphA2被细胞内化。在一些实施例中,进入癌细胞的快内化速率伴随慢外化速率可带来治疗益处。
在一方面,所披露的肽、缀合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物被配置为通过消融肿瘤细胞来治疗癌症。在一些实施例中,肽、缀合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物不调节肿瘤细胞和/或周围基质的生物学。在一些实施例中,缀合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物不调节免疫细胞。在一些实施例中,肿瘤细胞的消融导致下游免疫级联反应。
除了上述治疗方法外,本文所述的肽、缀合物和组合物可用于成像和/或作为疾病治疗的一部分。合适的成像应用包括单光子发射计算机断层扫描(SPECT)和正电子发射断层扫描(PET)。
在一方面,本文描述了一种在有需要的受试者中诊断或成像癌症的方法,该方法包括向该受试者施用本文所述的肽、缀合物或药物组合物。
在一些实施例中,受试者年龄为1至100岁。在一些实施例中,受试者是5至10、5至15、5至18、5至25、5至35、5至45、5至55、5至65、5至75、10至15、10至18、10至25、10至35、10至45、10至55、10至65、10至75、15至18、15至25、15至35、15至45、15至55、15至65、15至75、18至25、18至35、18至45、18至55、18至65、18至75、25至35、25至45、25至55、25至65、25至75、35至45、35至55、35至65、35至75、45至55、45至65、45至75、55至65、55至75或65至75岁。在一些实施例中,受试者年龄是至少5、10、15、18、25、35、45、55或65岁。在一些实施例中,受试者年龄是至多10、15、18、25、35、45、55、65或75岁。
组合疗法
在一些实施例中,本文所述的肽或缀合物可以单独使用,或与一种或多种另外的治疗剂组合施用。例如,组合疗法可以包括包含与以下共同配制和/或与以下共同施用的本文所述的肽或缀合物的组合物:一种或多种另外的治疗剂,例如一种或多种抗癌剂,例如细胞毒性剂或细胞抑制剂、免疫检查点抑制剂、激素治疗、疫苗和/或免疫疗法。在一些实施例中,肽或缀合物与其他治疗方式(包括手术、冷冻手术和/或化疗)组合施用。此类组合疗法可以有利地利用较低剂量的所施用的治疗剂,从而避免与各种单一疗法相关的可能的毒性或并发症。
当以组合施用时,可以在受试者罹患障碍的过程期间向受试者递送两种(或更多种)不同的治疗,例如,该两种或更多种治疗在受试者已被诊断患有障碍之后且障碍已被治愈或消除之前递送。在一些实施例中,一种治疗的递送当第二治疗的递送开始时仍在进行,因此存在重叠。这有时在本文中称为“同时”或“并行递送”。在一些实施例中,一种治疗的递送在另一种治疗的递送开始之前结束。在任一种情况的一些实施例中,由于组合施用,治疗更有效。例如,与不存在第一治疗的条件下施用第二治疗所观察到的结果相比,第二治疗更有效,例如使用更少的第二治疗观察到等效的作用,或者第二治疗将症状减少更大的程度,或者观察到对第一治疗而言类似的情况。在一些实施例中,递送使得症状或与障碍相关的其他参数的下降大于在没有另一者时递送一种治疗的情况下将观察到的结果。两种治疗的效果可以部分累加、完全累加或大于累加。递送可以使得当递送第二治疗时,递送的第一治疗的作用仍然是可检测的。
在一些实施例中,本文所述的肽或缀合物与化疗剂(例如,DNA损伤化疗剂、铂基药剂、拓扑异构酶抑制剂、紫杉烷、抗代谢物、长春花生物碱或蒽环类抗生素)组合使用。在一些实施例中,本文所述的肽或缀合物与放射敏化剂组合使用,该放射敏化剂使肿瘤细胞对放射疗法更敏感。在一些实施例中,本文描述的肽或缀合物与DNA损伤修复抑制剂(或DNA损伤应答(DDR)抑制剂)组合使用。在一些实施例中,DNA损伤修复抑制剂或DDR抑制剂是聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制剂。在一些实施例中,本文所述的肽或缀合物与免疫检查点抑制剂组合使用。在一些实施例中,免疫检查点抑制剂是PD-L1抑制剂、PD-1抑制剂或CTLA-4抑制剂。在一些实施例中,本文所述的肽或缀合物与化疗剂、PARP抑制剂和/或免疫检查点抑制剂组合使用。在一些实施例中,本文所述的肽或缀合物与化疗剂、PARP抑制剂和免疫检查点抑制剂组合使用。
尽管本披露及其优点已被详细描述,但应当理解,在不脱离所附权利要求书中所定义的本披露的精神和范围的情况下,可以进行各种改变、取代和变更。
本披露在以下实例中进一步说明,这些实例仅用于说明目的,并不旨在以任何方式限制本披露。
实例
以下基于实例详细描述本技术,但本技术不限于这些实例。本领域技术人员能够基于本说明书的描述轻松地对本技术添加修改和改变,并且这些修改和改变均包括在本技术的技术范围内。
实例1-化学合成
分析方法、材料和仪器
除非另外注明,否则使用从商业供应商处收到的试剂和溶剂。如无特殊说明,纯度和低分辨率质谱数据均使用岛津LC/MS系统或沃特斯ACQUITY LC/MS系统(ESI)测量。方法如下。
通用分析方法
方法A-A(HPLC-MS):岛津LC/MS系统,Kinetex EVO C18 2.6um,2.1ID x 150mm,
方法A-B(HPLC-MS):岛津LC/MS系统,Kinetex EVO C18 2.6um,2.1ID x 150mm,
方法A-C(HPLC-MS):岛津LC/MS系统,Kinetex EVO C18 2.6um,2.1ID x 150mm,
通用制备型HPLC纯化程序
粗肽通过制备型反相C18-HPLC纯化,根据待纯化粗肽的量,使用不同尺寸的柱和不同流速。通常使用H2O中的0.1% TFA(A)和乙腈(B)作为洗脱液。收集含有产物的级分并冻干以获得纯化的产物。
方法P-A:XBridge C18 5um 50x 150mm;(20mL/min-20mL/min)/1min,(20mL/min-120mL/min)/1min,其余为120mL/min;(A)H2O+0.1% TFA/(B)MeCN+0.1% TFA;变化的梯度;检测:DAD-UV色谱图TIC,220nm
方法P-B:XBridge C18 5um 50x 150mm;(20mL/min-20mL/min)/1min,(20mL/min-120mL/min)/2min,其余为120mL/min;(A)H2O+0.1% TFA/(B)MeCN+0.1% TFA;变化的梯度;检测:DAD-UV色谱图TIC,220nm
方法P-C:XBridge C18 5um 50x 150mm;(120mL/min-120mL/min)/5min,(20mL/min-20mL/min)/1min,(20mL/min-120mL/min)/1min,其余为120mL/min;(A)H2O+0.1%TFA/(B)MeCN+0.1% TFA;变化的梯度;检测:DAD-UV色谱图TIC,220nm
方法P-D:XBridge C18 5um 50x150mm;120ml/min;(A)H2O+0.1%TFA/(B)MeCN+0.1%TFA;变化的梯度;检测:DAD-UV色谱图TIC,220nm
方法P-E:XBridge C18 5um 50x250mm;(118mL/min-18mL/min)/0.1min,(18mL/min-18mL/min)/4.9min,(18mL/min-118mL/min)/2min,其余为118mL/min;(A)H2O+0.1%TFA/(B)MeCN+0.1%TFA;变化的梯度;检测:DAD-UV色谱图TIC.220nm
通用方案A
本发明中的大环状肽I可以通过图2中所示的方案A中概括的通用方法合成。
步骤1:固相肽合成(SPPS)方法A:
本发明中的肽合成是在Liberty BLUE HT 12TM(CEM公司(CEM.Inc.))上根据制造商的说明进行的。实际上,Fmoc-Sieber酰胺树脂悬浮在溶剂(例如,DMF或DCM)中,然后加载到肽合成仪上。在Fmoc-Sieber酰胺树脂的Fmoc去除之后,重复继续偶联步骤和Fmoc去除步骤,直至得到期望的具有式I-a的线性多肽。下表列出了方法A的AA偶联和Fmoc脱保护条件。
AA偶联的通用方法
表1-1
下面列出的AA是通过采用DIC/Oxyma或HATU/DIEA引入的。
表1-2
Fmoc脱保护的通用方法
表1-3
步骤1:固相肽合成(SPPS)方法B:
本发明中的肽合成是在Liberty BLUE HT 12TM(CEM公司(CEM.Inc.))上根据制造商的说明进行的。实际上,Fmoc-Sieber酰胺树脂悬浮在溶剂(例如,DMF或DCM)中,然后加载到肽合成仪上。在Fmoc-Sieber酰胺树脂的Fmoc去除之后,重复继续偶联步骤和Fmoc去除步骤,直至得到期望的具有式I-a的线性多肽。下表列出了方法B的AA偶联和Fmoc脱保护条件。
AA偶联的通用方法
表2-1
Fmoc脱保护的通用方法
表2-2
步骤2:氯乙酰基的引入:
将步骤1中树脂上得到的树脂转移到带有滤板的注射器中。将树脂在室温下与下列试剂之一一起振荡0.5-2h。然后将溶液通过滤板排出。用DMF、CH2Cl2和Et2O依次洗涤树脂数次,以在树脂上得到具有式I-b的线性肽。
氯乙酰化条件列于下表中。
表3-1
步骤3:从树脂上切下以及侧链保护基(PG)的整体脱保护
将中间体I-b与下列切割混合溶液在室温下振荡20-90min。过滤树脂并用切割溶液洗涤。然后过滤树脂,将合并的滤液倒入冷乙醚中。将所得悬浮液离心(9000rpm,0℃下1min),并倾析出上清液。将沉淀悬浮于冷乙醚中,短暂涡旋,然后离心。在适当的情况下重复此过程。将含有肽I-c的粗品在减压下干燥。
切割条件列于下表中。
表4
步骤4:肽环化
将含有多肽I-c的粗品溶解于下列溶剂之一中,然后添加TEA(5-15当量)。然后将混合物在室温下振荡1h至约16h,直至反应完成。将所得反应混合物用GenevacE-2Elite浓缩、或冻干。将所得含有所期望多肽的残余物经制备型反相C18-HPLC纯化,得到具有式I的多肽。
肽环化条件列于下表中。
表5
通用方案B
本发明中的大环肽II可按照与方案A类似的方式在预负载树脂上合成。通用合成方案描述于如图3中所示的方案B中。
通用方案C
本发明中的大环肽III可按照图4中所示的方案C中概括的步骤合成。
步骤1:肽合成
按照与方案A的步骤1类似的方式合成树脂上的中间体III-a。
步骤2:alloc保护基的脱保护
将树脂上的多肽III-a悬浮于DCM中。将树脂与Pd(PPh3)4(0.2-0.25当量)和PhSiH3(10-15当量)在室温下振荡1 h。用DMF洗涤树脂。然后将树脂用DCM洗涤,再用DMF洗涤,以提供在树脂上的中间体多肽III-b。
步骤3-5:
以类似于方案A的方式,由树脂上的中间体III-b合成具有式III的多肽。
实例-1:PDC_EphA2_00007196-C002(SEQ ID NO:200)
按照通用肽合成方法A,在Fmoc-Sieber酰胺树脂(0.375mmol)上合成肽序列。将树脂上的所得肽经历通用方法ClAc-1。用切割混合物-A(18mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.375mmol)经历肽环化条件3。所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-A)。合并纯级分并冻干,得到标题大环肽。HPLC-MS(方法A-A):5.16min,ESI-MSm/z:988.9[M+2H]2+,AUC(UV 225nm):94%。
实例-2:PDC_EphA2-00008093-C002(SEQ ID NO:199)
按照通用肽合成方法A,在Fmoc-Sieber酰胺树脂(0.375mmol)上合成肽序列。将树脂上的所得肽经历通用方法ClAc-1。用切割混合物-A(18mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.375mmol)经历肽环化条件3。所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-A)。合并纯级分并冻干,得到标题大环肽。HPLC-MS(方法A-B):3.51min,ESI-MS m/z:998.0[M+2H]2+,AUC(UV 225nm):97%。
实例-3:PDC_EphA2-00019437-C002(SEQ ID NO:204)
按照通用肽合成方法A,在Fmoc-Sieber酰胺树脂(0.57mmol/g,0.25mmol)上合成肽序列。将树脂上的所得肽经历通用方法ClAc-2。用切割混合物-A(15mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.25mmol)经历肽环化条件3。所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-A)。合并纯级分并冻干,得到标题大环肽。HPLC-MS(方法A-A):5.07min,ESI-MSm/z:1071.6[M+2H]2+,AUC(UV 225nm):98%。
实例-4:PDC_EphA2-00019440-C002(SEQ ID NO:208)
按照通用肽合成方法A,在Fmoc-Sieber酰胺树脂(0.25mmol)上合成肽序列。将树脂上的所得肽经历通用方法ClAc-3。用切割混合物-B(15mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.25mmol)经历肽环化条件3。所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-A)。合并纯级分并冻干,得到标题大环肽。HPLC-MS(方法A-A):5.44min,ESI-MSm/z:1065.1[M+2H]2+,AUC(UV 225nm):99%。
实例5
以下实例按照上述实例中描述的类似方法制备。每种肽的氨基酸序列示于表6A和/或6B中。术语“末端”指肽的C末端处的官能团。
表6A
实例6:PDC_EphA2-00026626(SEQ ID NO:221)
按照通用肽合成方法A,在Fmoc-dk(Boc)-Alko树脂(0.7mmol/g,0.250mmol)上合成肽序列。将树脂上的所得肽经历通用方法ClAc-4。用切割混合物-A(15mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.250mmol)经历肽环化条件2。所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-A)。合并纯级分并冻干,得到标题大环肽。HPLC-MS(方法A-A):5.32min,ESI-MSm/z:1071.8[M+2H]2+,AUC(UV 225nm):93%。
以下实例按照上述实例中描述的类似方法制备。每种肽的氨基酸序列示于表6A中。
表7
实例7
以下实例按照上述实例中描述的类似方法制备。每种肽的氨基酸序列示于表6A和/或6B中。
表8
实例8:PDC_EphA2-00007196-C004(SEQ ID NO:224)
按照与方案A的步骤1类似的方式合成树脂上的中间体。按照与方案A的步骤1类似的方式在Fmoc-Sieber酰胺树脂(0.25mmol)上合成树脂上的中间体肽。将树脂与Pd(PPh3)4(0.2当量)和PhSiH3(10当量)在室温下振荡1h。然后按照通用肽合成方法A,在中间体上合成肽序列。将树脂上的所得线性肽经历通用方法ClAc-3。用切割混合物-A(25mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.375mmol)经历肽环化条件2。所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-C)。合并纯级分并冻干,得到标题大环肽。HPLC-MS(方法A-A):5.64min,ESI-MSm/z:877.6[M+3H]3+,AUC(UV225nm):92%。参见图5。
实例9:PDC_EphA2-00007196-C010(SEQ ID NO:231)
按照与方案A的步骤1类似的方式合成树脂上的中间体。按照与方案A的步骤1类似的方式在Fmoc-Sieber酰胺树脂(0.25mmol)上合成树脂上的中间体肽。将树脂与Pd(PPh3)4(0.2当量)和PhSiH3(10当量)在室温下振荡1h。然后按照通用肽合成方法A,在中间体上合成肽序列。将树脂上的所得线性肽经历通用方法ClAc-3。用切割混合物-A(18mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.375mmol)经历肽环化条件2。所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-C)。合并纯级分并冻干,得到标题大环肽。HPLC-MS(方法A-A):5.58min,ESI-MSm/z:920.3[M+3H]3+,AUC(UV225nm):96%。参见图6。
实例10
以下实例按照上述实例中描述的类似方法制备。每种肽的氨基酸序列示于表6A和/或6B中。
表9
实例11 PDC_EphA2-00026603-C001(SEQ ID NO:241)
按照通用肽合成方法A,在Fmoc-Sieber酰胺树脂(0.250mmol)上合成肽序列。将树脂上的所得肽经历通用方法ClAc-3。用切割混合物-A(10mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.250mmol)经历肽环化条件2。所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-A)。合并纯级分并冻干,得到标题大环肽。HPLC-MS(方法A-A):5.13min,ESI-MSm/z:685.5[M+3H]3+,AUC(UV 225nm):98%。
实例12
以下实例按照上述实例中描述的类似方法制备。每种肽的氨基酸序列示于表6A和/或6B中。
表10
实例13
以下实例按照上述实例中描述的类似方法制备。每种肽的氨基酸序列示于表6A和/或6B中。
表11
实例14使用Biacore(思拓凡公司(Cytiva))进行SPR相互作用分析
使用Biacore T200(思拓凡公司)进行SPR分析。
使用含有1%DMSO的HBS-P+缓冲液(10mM HEPES(pH7.4)、150mM NaCl、0.05%(v/v)表面活性剂P20)作为运行缓冲液。使用人抗体捕获试剂盒(思拓凡公司)捕获重组人EphA2 Fc蛋白(Fc标签,伊莱布科学公司(Elabscience))。将DMSO中的肽样品用运行缓冲液稀释,并制备五个梯度稀释液。使用这些梯度稀释液,在25℃、流速30mL/min下测量肽针对EphA2的动力学。针对样品测量采用的方法是单循环动力学方法。使用Biacore T200自带的评估软件3.0进行分析。对样品测量数据减去基线数据后获得的差值数据进行动力学拟合。KD值是根据结合速率常数(ka)和解离速率常数(kd)计算得出的。
表12
SPR(Kd(nM)):0<A≤1;1<B≤10;10<C≤100;100<D≤400
实例15 PDC_EphA2-00007196-L039(SEQ ID NO:293)
我们合成了由本发明的肽和有效载荷(荧光化合物Cys5)组成的缀合形式。
通用制备型HPLC纯化程序
方法P-F:XSelect C18 5um 19x150mm;17mL/min;(A)H2O+0.1%TFA/(B)MeCN+0.1% TFA;变化的梯度;检测:DAD-UV色谱图TIC,220nm
肽序列;按照通用肽合成方法A,在Fmoc-Sieber酰胺树脂(0.050mmol)上合成PDC_EphA2-00007196-L039。将树脂上的所得肽经历通用方法ClAc-3。用切割混合物-A(3mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.050mmol)经历肽环化条件3。浓缩后,将获得的环肽溶解在DMSO中,随后添加DIEA(5当量)和SulfoCy5-OSu(1.2当量)。然后将混合物在室温下振荡1h。用AcOH淬灭反应,并将所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-A)。将纯级分合并并冻干,得到标题大环肽-磺基Cy5缀合物。HPLC-MS(方法A-B):3.94min,ESI-MSm/z:1062.1[M+3H]3+,AUC(UV225nm):96%。
实例16 PDC_EphA2-00007196-L026(SEQ ID NO:307)
我们合成了由本发明的肽和有效载荷(生物素)组成的缀合形式。
按照通用肽合成方法A,在Fmoc-Sieber酰胺树脂(0.050mmol)上合成肽序列。将树脂上的所得肽经历通用方法ClAc-3。用切割混合物-A(3mL)处理树脂上的多肽,得到线性肽。将含有线性肽的粗品(基于所用的树脂,理论上是0.050mmol)经历肽环化条件3。浓缩后,将获得的环肽溶解在DMSO中,随后添加DIEA(3当量)和生物素-OSu(1.2当量)。然后将混合物在室温下振荡1h。用AcOH淬灭反应,并将所得残余物通过制备型反相色谱(HPLC)纯化(方法P-D)。将纯级分合并并冻干,得到标题大环肽-生物素缀合物。HPLC-MS(方法A-B):3.30min,ESI-MSm/z:924.9[M+3H]3+,AUC(UV 225nm):91%。
实例17其他PDC
我们根据上述工作实例合成了其他PDC,包括本发明的肽和Cys5或生物素。每种肽的氨基酸序列示于表13中。术语“末端”指肽的C末端处的官能团。
某些添加有接头的肽与包含此类添加有接头的肽的某些缀合物或没有该接头的“裸”肽相比,具有相同或基本相同的肽序列。虽然尚未直接测试此类添加有接头的肽的EphA2结合亲和力,但它们可能以与包含此类添加有接头的肽的缀合物或没有接头部分的“裸”肽相比相似的亲合力与EphA2结合。
本技术可用于生物相关行业和制药行业。
在适当用于教导另外的或可替代的细节、特征和/或技术背景的情况下,本说明书中引用的所有参考文献及其参考文献通过引用以其整体并入本文。
虽然本披露已参考特定实施例进行了具体展示和描述,但应当理解,上文披露的变体以及其他特征和功能或其替代方案可以理想地组合到许多其他不同的系统或应用中。此外,本领域技术人员随后可对其进行各种目前未预见或未预料到的替代、修改、变化或改进,这些也旨在涵盖在以下权利要求的范围内。
